在英国于1939年9月3日对德宣战之后，德国海战指挥部在当天下午13点30分下达了“立即开始对英作战”的命令。
1939年9月17日，德国格拉特斯海军上尉率领的U－39号潜艇在作战海区发现了一艘正在游弋的英国“皇家方舟”号航空母舰，并对其发起攻击。U－39号潜艇向航空母舰发射了3枚磁性鱼雷，由于引信过早起燃，使鱼雷未触及航空母舰就已在水中爆炸了。此外，由于鱼雷过早爆炸而引起的巨大水柱使伴随航空母舰的敌驱逐舰发现并击沉了这艘潜艇。但艇员最终还是被救上来了。
1939年9月19日，德国舒哈特上尉率领的U－29号潜艇在其作战海区对英国“勇敢”号航空母舰进行了袭击。该潜艇很幸运，它发射的鱼雷爆炸及时，炸沉了敌航空母舰。
由于这两件意外事件的发生，英国海军部感到派遣如此贵重的航空母舰在这一海区执行警戒任务太冒险了，于是他们从大西洋撤回了所有的航空母舰。显然，这大大有利于邓尼茨潜艇对敌商船进行作战。
英国的商船是通过无线电装置发现潜艇的。当他们发现潜艇时，就发出“SSS”信号，并同时报告潜艇的位置。通常，信号发出后，英国的飞机或海上兵力就迫使潜艇下潜并放弃对商船的攻击。这种特殊的无线电信号（是SSS而不是SOS）的反复出现使邓尼茨们确信，这种信号是根据英国海军部下达的某个合同命令而确定的，该命令把商船也编入了敌通信网。不久，英国海军部在1938年下达的一些命令都落到了德军手中。
1939年9月6日，德军U－38号潜艇在观察时被一艘商船发现，遭到其火炮攻击。两周后，英国发表了一篇关于商船向一艘潜艇开炮并将它驱逐的报道，显而易见该报道是将这件事作为一个值得效法的例子而大加宣扬的。9月26日，英国海军大臣丘吉尔宣布，英国的商船装备了对付潜艇的武器。1939年10月1日，英国海军部通过无线电广播要求商船从侧面撞击德国的潜艇。
其他中立国的商船也采取了上述措施。一天，瑞典‘冈’号商船被德国U－3号潜艇截住。德军对该船进行了搜查，当时船长在船上，证件可疑，据称船上的36吨炸药是运给比利时国防部的。但商船的位置却在林纳斯内斯以南15海里、280度的航线上。当德舰正准备将其捕获时，商船突然急转舵高速向潜艇撞来，德军潜艇竭尽全力迅速避开商船的船首，尔后，根据捕获法将其击沉。
英国采取的各种措施增加了潜艇按捕获法进行经济战的困难，此外，德国在潜艇战方面也采取了一些限制措施。促使德方采取限制措施的直接原因是在战争开始时发生的一起事件：1939年9月3日U－30号潜艇击沉了英国的“雅典”号客船。该船在微光下偏离正常的航线作曲折机动航行。U－30号潜艇的艇长认为该船是一艘辅助巡洋舰，因而将其击沉。尽管该艇长处理这件事的愿望是好的，但邓尼茨还是严厉地批评了他。如果他再稍微仔细一点的话就会发现，该船并不是一艘辅助巡洋舰。由于这个事件，潜艇在1939年9月4日接到了下述命令：“根据领袖的指示，目前在任何情况下都不要对客船采取敌对行动，即便它采用护航编队也罢。”
由于这个命令，就使客船处于一种特殊的地位，因为按照国际法的规定，客船若采用护航编队航行，就可立即将它击沉。(www.xing528.com)
对所有法国的舰船，也指示要给予特殊的对待。1939年9月3日，潜艇接到命令：“法国宣布从17点起它同德国处于战争状态。我方所有对敌行动，包括对敌商船的行动，暂时只能是防御性的。”
1939年9月6日，潜艇接到了比上述更为严厉的命令：“德法之间的局势还没有明朗。我方的对敌行动，包括对付敌商船的行动，只能是防御性的，对发现的法国商船不要阻拦，严防与法国发生意外的冲突。”
由于这些命令，任何一艘法国商船受到的待遇甚至比任何一艘中立国家的商船受到的待遇还要好；因为根据捕获法的规定，潜艇可对中立国家的商船进行拦截和搜查，在它运载禁运品的情况下可将其俘获，甚至击沉。根据1939年9月6日的这个命令，潜艇艇长在拦截每一艘商船之前必须确定该船不是法国商船，如果是法国船，他就无权进行拦截。这对他来说是十分困难的，往往是难以做到的，尤其是在夜间更是如此。
所有这些命令都严重地限制了潜艇的作战行动，同时对潜艇艇长在采取每一个行动之前的观察和判断能力提出了更高的要求，他们的责任更大了。此外，这意味着潜艇面临的危险性也更大了。为了能准确判断所发现的目标，潜艇在白天不得不较长时间使用潜望镜，这样就容易暴露自己。夜间，位于敌舰船附近危险区的潜艇为了识别目标经常延误攻击时间，甚至顾不上抓住最有利的战机，迅速采取行动来应付瞬息万变的情况。
被德军潜艇击中的一艘11，000吨的油船
这些命令是希特勒下达的，因为他想让英法单方面采取敌对行动，尤其希望避免真的扩大同法国的战争，尽管法国名义上已经宣战。直到这个希望完全破灭，他才于9月底撤消了束缚潜艇对法国舰船采取行动的命令。
从1939年9月3日至1940年2月28日，德国潜艇按照捕获法和上述不断更改的命令，总共击沉199艘商船，总（登记）吨位达701985吨。
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