湘黔滇旅行团1938年2月20日出发。黄钰生、李继侗、曾昭抡、袁复礼组成湘黔滇旅行团指导委员会，由黄钰生担任主席，负责日常具体的领导工作。临行前，李继侗致信家人说：“抗战连连失利，国家存亡未卜，倘若国破，则以身殉。”李先生当时爱国心之强烈，民族情感之深厚，对日寇之仇恨，令人敬仰。
师生上路时，李继侗和闻一多相约留起胡须，以志纪念。笔者看到的一张照片，拍摄于旅行团的行旅之中，两位教授的胡须浓密，露出乐观、自信的微笑。大概是因为李继侗想到参加旅行团可以借机考察湘黔滇植被和生物状况，沿途所见是研究生态的好机会，能指导学生采集植物标本，旅行还承担着田野考察的科研任务。
旅行团在湘西遭遇过几次土匪，所幸土匪们也还尊师重道，纷纷让路。1938年3月25日，旅行团到达贵州炉山（今凯里市），访问苗族居住的山寨，26日举行汉苗联欢会。苗胞跳起民族舞蹈欢迎旅行团，受到热烈欢庆气氛的影响，李继侗教授为了助兴，临时拉出旅行团的医官徐行敏与他一同表演交谊舞。头戴礼帽、脚穿马靴的李继侗，以优美的舞姿赢得阵阵掌声。
长沙临时大学时期生物系的课程在韭菜园圣经学校讲授。生物系教授会主席由李继侗担任。1939年6月开始，教授会主席改称系主任，仍然由李继侗担任。在西南联合大学，李继侗讲授普通植物学、植物生态学，时常带领学生到昆明西山考察植物，把课堂安排在大自然中。
李继侗（右）和闻一多在旅行途中休息金炎提供(www.xing528.com)
在教学中，李继侗对学生要求极严格，学生的实验报告一定要字迹工整，否则就得重写。考试成绩及格与否，从不迁就，无论学生怎样求情，不及格者仍给予不及格，即使是59.5分也不轻易给予及格。在叙永分校主持先修班期间，对学生更是一丝不苟，不徇私情。他儿子先后读了三届先修班，直到学习成绩达到要求才准许升入大学。
李继侗住在昆明北门街71号“唐家花园”。“唐家花园”是云南军阀唐继尧为庆祝自己生日修建的戏楼，楼上楼下有20个包厢，成为联大单身教授的宿舍。这里还住着未带家眷的朱自清、陈福田、沈同以及终身未娶的陈岱孙和金岳霖。他们组织了一个膳团，请了一对四川籍的夫妇做饭，大家推举李继侗担任膳团的总干事。据陈岱孙的回忆：“我们的工资除了勉强付饭费之外，更无甚余钱。每个月初，领到薪水的当日，我们几乎把各自全部的月薪交给了这位总干事，他也就立即同厨师一起上街把本月的柴米油盐和其他厨房用品购买齐全，还得余下一部分钱为每日买荤素菜肴之用。”由于物价上涨，买菜的钱也不够了。于是，他们在“唐家花园”废弃的苗圃开辟菜园子。陈福田写信给檀香山的美国亲属，从美国邮寄来菜籽。大家推举李继侗作为负责人和指导员，种菜自给。
在这样困难的生活环境下，李继侗总是尽其所能帮助学生。当曹宗巽和敌占区的家属断绝了联系，失去经济来源时，李继侗默默为他提供了一个机会——批改普通植物学实验报告，使他每月得到20元的报酬，从而完成学业。事后，曹宗巽才知道是李继侗教授暗中帮助，但李先生从未对他说起过。
由于生活艰辛，营养不良，联大的教授健康受到影响。1941年夏，李继侗的生物系同事吴韫珍教授胃病发作，住云南大学医院开刀治疗。李继侗十分关心，跑前跑后，送汤送药，还派自己的儿子和吴韫珍的弟子吴征镒轮流守护。遗憾的是，医术没有回天之力，吴韫珍病逝于云大医院。李继侗亲自料理吴韫珍后事，在盖棺前抚尸痛哭，凡在场的人无不为之动容。[2]
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