一破清军江南北大营后，天朝上下一片欢腾。不久，杨秀清命韦昌辉赴江西督师，石达开回武昌统揽上游大局，秦日纲率部追击江南大营残部，天朝进入从未有过的大好时期。然而就在这样的大好形势下，太平天国领导集团内部发生了内讧。
清咸丰六年六月十五日（天历丙辰六年六月初九日，1856年7月16日），杨秀清托天父下凡传旨，将洪秀全次兄洪仁达等人锁押东牢。一个月后的七月十五日（天历七月初九日 8月15日）晨，杨秀清又以天父的名义传旨：“秦日纲帮妖，陈承瑢帮妖，放煷（火）烧朕城了矣，未有救矣。”在杨秀清作出秦日纲、陈承瑢帮妖的重大宣布后，洪秀全感到十分震惊和不解。因事关重大，当天中午他亲自赶到杨秀清居住的九重天府问明其故。杨秀清又以天父的口吻强调：“朝内诸臣不得力，未齐敬拜帝真神。”[21]隐含朝内诸臣对杨秀清不敬不忠，要天王下诏予以处罚。太平天国文献中涉及“天京事变”的唯一记载即到此结束。十八天后事变发生，杨秀清被杀。
关于“天京事变”的真实起因，由于缺乏第一手资料，学界争议很大。主流观点认为，洪秀全对杨秀清要求处置包括秦日纲、陈承瑢在内的朝内诸臣敷衍不动。七月二十二日（天历七月十六日 8月22日）杨秀清再次以天父下凡的方式在九重天府召见洪秀全，言自己功高，逼天王封其万岁，天王不得不封。同时约期天历八月十七日（9月23日）杨秀清生日那天正式举行晋封万岁典礼。[22]洪秀全回宫后，立即召集心腹密商对策，认为威胁天京安危的清军江南北大营已被击垮，肘腋之患已除，天京及其周边地区已安然无事，现在杨秀清欲假其手诛杀朝内诸臣，逼封万岁，等于是把杨自己置于君臣的对立面，给诛杨提供了口实，铲除杨秀清的时机已经成熟，应先下手为强。他一面下密诏给远在江西、湖北督师的韦昌辉、石达开和在丹阳前线作战的秦日纲，要求火速回京“清君侧”；一面授意陈承瑢等人巧妙地与杨秀清周旋，制造假相，拖延时间，听任反杨同盟聚积力量，使杨对即将到来的杀身之祸毫无察觉而坐以待毙。
所以当北王韦昌辉在江西前线接到天王诛杨密诏后，立即放下手中军务，急率军三千、船二百，日夜兼程，于八月初三日（天历七月二十六日 9月1日）深夜赶至天京南门，与先期从丹阳返回的秦日纲会合。佐天侯陈承瑢早已在此接应。韦、秦进京后，迅即领兵趋城西堂子街、侯家桥一带，把九重天府团团围住。次日凌晨发起突袭，将熟睡中的杨秀清及其府内眷属、属官、护兵人等统统杀死，无一幸免。天明，韦昌辉将杨秀清首级送至天朝宫殿呈洪秀全查验，“标为老奸头，榜诸罪状”。[23]洪秀全下诏历数杨秀清谋篡罪状，斥其为“东孽”，传首示众，同时全面清洗城中东王部属。东殿尚书傅学贤等不得已率部抗争，在峨嵋岭至虎贲仓一线筑垒对付洪、韦联军。半个月后，天京城中2万余名被监禁的东王部属被集体屠杀，“结连捆缚”、“不可数计”的“长发尸骸”随秦淮内河漂入长江。[24](www.xing528.com)
翼王石达开在湖北武昌获悉天王诛杨密诏，于八月初七日（天历七月三十日 9月5日）离开前线，经九江驻屯安庆，并在皖、赣之间逗留观望10多天。当他得到京城内滥杀的消息，于八月二十八日（天历八月二十日 9月26日）星夜赶回天京，力图制止韦昌辉滥杀无辜，对诛杨扩大化表示强烈不满。穷凶极恶的韦昌辉不但不听规劝，反起谋害歹意。石达开连夜轻从自小南门缒城走安徽。韦昌辉遍索石达开不得，便将翼王府中眷属人等悉数杀死，并遣派秦日纲领兵沿江上驶，追杀翼王。同时他担心翼王军至，会利用残破的城南报恩寺塔作攻城的炮垒，先行下令炸毁。
石达开出逃后，韦昌辉一面继续加强对天京城中东王部属的围剿，处死一切敢于抵抗的人；一面效法杨秀清，“诸务皆自专”，蛮横更胜过于东王。洪秀全“愈畏其逼”[25]而无可奈何。韦昌辉的血腥屠杀和擅专朝政，不仅造成天京大批太平军精锐无辜被杀，也引起天王洪秀全的不满和猜忌。洪、韦矛盾逐步升级。出逃到安徽的翼王石达开，国难家仇集于一身，他在上游调集到足够的兵力后，具本章上奏天王，请求诛韦，以谢国人。石达开要求平息内乱的正义之举，符合太平天国的根本利益，得到天京城内外大多数军民的拥护。韦昌辉深感不安，竟于九月（10月）下旬派兵攻打洪秀全居住的天朝宫殿。洪秀全一面调集忠于自己的部队抗击韦氏部众，一面下诏诛韦。洪、韦之战仅进行了两天，十月初五日（天历九月二十七日 11月2日）韦昌辉战败被俘。洪秀全下诏将韦昌辉及其眷属、主要胁从人等二百余人处死，并将韦氏首级函送安徽宁国石达开军中。
韦昌辉伏诛，天京城中恐怖局面得以结束，人心始定。十月下旬（11月中下旬之交），翼王石达开自安徽宁国回到天京。十一月初一日（天历十月二十二日 11月28日），石达开奏请洪秀全下诏诛杀韦昌辉发动事变的首恶帮凶秦日纲、陈承瑢。是时，金田起义诸王仅存洪秀全和石达开二人。石达开文武兼备，正直耿介，深得人心，“合朝同举翼王提理政务，众人欢说”[26]，给内讧后的太平天国带来了新的转机。
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