1998—2007年，自治区人民政府组织实施一系列广西与中国台湾经贸和文化交流活动。其间，据不完全统计，台湾同胞来桂参观、探亲、旅游、考察、经商累计超过400万人次；广西赴台进行公务交流、经贸洽谈、探亲旅游累计超过5万人次，其中因公赴台参观考察超过3500人次。广西累计批准台资项目1251个，实际到位台资19.64亿美元。台资成为广西利用境外资金的第二大来源。
1998年，自治区党委、自治区人民政府将赴台立项权授予自治区台湾事务办公室（简称“台办”）办理，对赴台立项、报批、行前教育、归后总结等作出规定，对桂台交流交往的规模、水平、效果和内容均作出详细的规定和计划。全自治区县级以上党委政府均有1名领导分管对台工作，自治区各部、委、办、厅、局均有1名领导分管对台工作，对台工作较多的部门有专人专职负责对台工作。是年，自治区人民政府贯彻执行《中华人民共和国台湾同胞投资保护法》，设立相应机构负责处理台商投诉及台商纠纷案件，依法维护在桂投资台商的合法权益，激发台商到广西投资置业的热情，是年广西引进台资项目43项，实际利用台资7733万美元。9 月，中国台湾13名主流媒体负责人参观考察桂林，是台湾新闻界到大陆最高级别的参观团。
2000 年开始，广西每年都举办桂台少数民族（民俗文化）交流周，邀请中国台湾少数民族前来感受广西民族风情，了解广西实施民族区域自治制度，增进桂台两地的民族情谊。是年，台湾电路股份有限公司捐款20万元建立都安希望小学；台湾影光基金会羌勇捐款180万元资助天峨县、大化瑶族自治县修建7所希望小学。
2001 年，自治区人民政府邀请中国台湾17家主流媒体来桂对广西发展新貌进行报道，在台媒发表17个专版40 余篇稿件。
2002年开始，自治区人民政府加强对台招商引资，对于到广西投资建厂、发展事业的台湾企业，采取“同等优先，适当放宽”优惠政策，简化办事程序，对投资审批实行一条龙服务，减少审批环节和事项，提高办事效率和透明度，吸引越来越多台商到广西投资置业，一批台湾重点企业和项目相继落户广西。
2003年，自治区党委、自治区人民政府印发《关于我区处理涉台突发事件的意见》，对处理涉台突发事件的机制、人员、职责任务等作出明确规定，为桂台各领域交流提供安全保障。自治区台办与自治区旅游局共同印发《关于加强涉台旅游管理的通知》，桂台旅游交流进一步规范化、制度化。2004年，桂林市与台湾的100多家旅行社共同建立台湾桂林旅游大联盟。
2005年11月，自治区人民政府在南宁市举办第一届桂台经贸合作交流会，自治区党委书记曹伯纯、自治区主席陆兵出席开幕式，470名台湾知名人士及工商企业界代表应邀参加大会；中国国民党主席马英九、中国台商发展协进会理事长蒋孝严为交流会发来贺电。其间，桂台双方签订投资合作项目37个，总投资额8.89亿美元，广西对台招商引资创历史新高。是年，台塑集团捐助2000 万元在广西修建“明德小学”50 所；台湾商人彭荫刚捐助 80万元在上林县、田东县修建希望小学4 所；台湾慈济基金会向梧州市太平镇、和平镇捐赠价值940万元的救灾物资。(www.xing528.com)
台湾台东少数民族参访团与龙胜各族自治县少数民族群众交流联欢（2006年摄）
2006年，中共中央批准桂林市为全国新增5个与台湾县市党际交流城市之一。4月，国务院台湾事务办公室批准设立“海峡两岸（广西·玉林）农业合作试验区”，台湾水泥股份有限公司台泥（贵港）年产900万吨水泥项目在贵港市正式开工，总投资35亿元。6月26日—29日，自治区人民政府在南宁举办第二届桂台经贸合作交流会暨两岸产业市场论坛，通过举办交流会和论坛，围绕桂台在农业、旅游、商贸物流、电子等四个重点领域的交流与合作，共谋桂台经贸关系的深化和发展。交流会共签订投资合作项目56个，总投资10.9亿美元。10月22日，自治区人民政府在南宁市举行“走进西部、面向东盟”——桂台农业合作商机推介会，其间，介绍广西的区位优势、基础设施和优惠政策等。12月，桂台经济科技文化交流协会成立，自治区人民政府引导该协会平台开展各种桂台交流活动，推动桂台经贸文化交流合作向纵深发展。
2005年11月21日—23日，首届桂台经贸合作交流会在南宁市举行。图为桂台经贸合作项目签约仪式
2007年，自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅印发《关于加强我区对台交流工作的若干规定》，就广西对台交流工作流程等提出更加明确要求，对台交流的组织管理进一步完善。自治区人民政府按照规定要求，是年建立完善并启动对台经济工作联席会议制度、台商百企入桂工作机制、台资企业联络员工作会议制度、台商权益保障工作联席保障会议制度等工作机制。8月，自治区召开会议，专题研究推进桂台经贸合作有关事宜，要求充分发挥各方面的积极性，共同推进桂台经贸合作；积极引导台商投资工业、农业、物流、旅游等产业；主动到广东、福建、江苏、浙江等台商聚集的地区，依托当地台商协会，积极开展招商引资工作。8月30日—9月2日，自治区人民政府在南宁市和玉林市分别举办第二届两岸产业共同市场论坛、第三届桂台经贸合作交流会，不断提升桂台经贸交流合作的规模和层次，进一步加大对台引资力度。交流会共签约项目62个，总投资6.86亿美元。是年，“海峡两岸（广西·玉林）农业合作试验区”签约入园企业8家；全球第一大电子制造商——台湾富士康科技集团启动南宁市富士康项目计划。10 月，自治区人民政府办公厅印发《关于成立自治区富士康项目推进领导小组的通知》，自治区党委副书记、自治区常务副主席郭声琨任组长，自治区副主席穆虹任常务副组长，为富士康项目落地提供全方位服务。
2007年9月2日，第三届桂台经贸合作交流会在玉林市召开，桂台两地的企业界及各界代表 600多人参加
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