为了剿灭王恭等人发动的内乱，司马道子的儿子司马元显深感兵力不足，而且当时的北府兵是东晋最为精锐的近卫部队，也不听司马元显的掌控。为了缓解这样尴尬的状况，司马元显只得强制征发浙东诸郡“免奴为客”的壮丁。所谓“免奴为客”就是一些改变了原先在西晋的奴隶身份南迁为“客民”的一些民众。司马元显将召集的这些人集中在东晋的首都建康，服兵役。建康的防卫工作本来应该由北府兵进行负责。司马元显这样去做实际上是想架空原先的北府兵，而建立一支专属于自己的亲卫部队。这些人随后被司马元显称之为“乐属”。
虽然司马元显认为这个举措既能帮助自己树立在朝廷当中的威望，又能够缓解朝廷现在缺兵员的现实。但是底下的民众可不这么想，尤其是那些常常使用“免奴为客”者的基层士族地主们。因为本来“免奴为客”者的绝大多数是这些基层地主所使用的劳力，司马元显现在把这些人征收成了士兵，势必会影响基层地主手中的劳动人口的数量，再进一步影响到了基层地主的经济利益。
对于“免奴为客”者来说，原本自己就是奴隶的身份，现在好不容易能够以一名农民的身份安安心心地过日子，谁想到又被征用去做随时都有可能面临生命威胁的士兵，这势必会影响到他们自身的利益。
随着民众不满的加剧，在东南民间已经储存了相当的反抗朝廷的能量，时时刻刻准备爆发出来，现在仅仅缺一根导火线，此时一个叫作孙恩的人粉墨登场了。
孙恩属于琅玡孙氏，同广为熟知的琅玡王氏一样也是世家大姓。但是他们家族有个跟其他士族显著的区别。他们家几辈人都信奉由东汉末年张鲁所开创的“五斗米道”。
孙恩的叔叔孙泰一直以钱塘人杜子恭为师，在“学习”的过程当中学了不少“方术”，孙泰精于此道经常干这样坑人的勾当。
于是王珣向司马道子陈说孙泰以妖术惑人时，司马道子认为这个孙泰不过是个方士，对自己也没有什么用途就流放了吧，于是就把此人流放广州。
别看现在的广州是座大城市，在东晋的时候也就是个小渔村的样子，属于极其偏远的地方。因此把孙泰流放到这个地方反而起了反效果，这回不单单是民众，连广州当地的地方官都被孙泰的“幻术”迷惑住，竟然派这个流放犯作为郁林太守。(www.xing528.com)
到了孝武帝末年，孝武帝已经日益衰老，颇想长生，便下诏把孙泰召还京师。到王恭起事的时候，孙泰假借讨伐王恭为名，眩惑士庶，私聚徒众，渐渐地有了一支属于自己的武装。
后来孙泰的胆子越来越大，在吴地广诱百姓，用“五斗米道”的名义召开密会，阴谋作乱。
原本司马道子只是想把这个孙泰当作一个宠臣给养起来，谁想到他势力做大之后竟然想威胁自己的位置，于是司马道子便下令杀掉了这个孙泰和他的六个儿子。由此，孙恩就算跟朝廷结下了仇恨，时刻在等待着完成他叔叔未能完成的“事业”。
“免奴为客”令的发布恰好满足了孙泰在盼望着的时机。于是，他便利用长期秘密传教的优势，发动自己的教徒进行起义。孙恩发动起义的原因实际上很简单就是报仇，于是这场大乱一下子风起云涌，箭镞直指建康的东晋政权。
这场大乱起事不到十天的时间，孙恩便发动了数十万人参与到他的乱军当中。这群人专事屠杀掳掠，破坏不遗余力。孙恩起事的会稽地区是江南地区的重镇，也是王羲之、谢安等北方士族聚居的名郡，吴郡、吴兴（包括义兴）是南方士族的中心居地，这三郡号称三吴，是东晋朝经济文化发达的地区。这时候孙恩所谓的“五斗米教”已经彻底成为邪教。
到了东晋安帝元兴元年（402），孙恩投海自杀，其徒党说他成了水仙，于是跟着投水的多至百余人。在大乱当中，平民百姓被孙恩掳去的达二十余万人，在这三四年间，他们不是战死就是溺死，还有的被贩卖作奴隶，到孙恩死时只剩下数千人。
孙恩之乱直接打击了当时的东晋政权，从此之后东晋朝廷的权威一天比一天衰落。
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