年三十八（1906年），正月初二日入都。陆军部组设陆军中学，已派金绍曾任总办，沈珍任监督，杨以来任提调。金任差后约余帮忙，任教务长。某日，铁公召余赴宅谈话，至则进入小书房。铁公云：“有人送黄花鱼数尾，请在此便餐。”餐毕，铁公云：“今早朝时，面奉谕旨谓日俄战后，极应收回东三省，决于三省设总督一缺，意在派余前往，余不敢辞，日内明降谕旨。执事先曾调查该省，应如何处置，须代为一筹。”答以：“如成事实，再赴三省详查一次，归来呈上意见书，请堂宪采纳。”
越数日毫无消息。忽一日电召余往，意谓事谐矣。及谒见，铁公曰：“前事化归乌有矣。”余讶之，铁公曰：“东督一职，袁主徐菊人往，藉以大展威权。彼知太后决派余，乃谋之其他枢臣，促庆邸单请起（单请觐见，谓之请起）。及觐太后，问以有何密陈？庆邸曰：“闻三省总督，皇太后将派铁良前去，可谓衔缺相当。惟东三省虽为陪都，究属东北一隅，若铁良出枢，奕劻无人帮助，必至误事，而况全国关系重要，奕劻实不胜此繁剧，老而无用，惭愧万分。”言毕泪下如雨，且呜咽不能成声。太后低头良久，乃问铁良外更有人能胜此任？庆邸曰：“容奴才与各枢臣商酌之。”遂退下。越日，用抬轿法推出徐世昌，虽瞿（名鸿玑）子久知袁跋扈，不以为然，时众浊独清，不能济事。越日，谕即下矣，宦场险恶，此为一斑。旋有谕：“东三省总督着徐世昌去，钦此。”
是年春（1906），徐将出京，谒博公请赐人才。博荐余，徐即汇案奏调赴东差委。徐履新时，日本在东京开博览会，农工商部派魏部郎（名震字梯云）与会，藉考商业。而陆军部铁尚书派余随往，考查军政，于秘密中行之，余因此得游东瀛（有《东瀛记程》一书）。余留东数月，秋季始赴奉天，徐问：“来此何迟？”乃述经过。督帅云：“可先办开垦蒙荒，因蒙古王公与汝接近，诸事易于协商。”旋委开垦蒙荒总办。
又以长白山边务吃紧，派往详查报告。余带测绘生六名前往，冬月初出省，腊杪回省复命，呈调查报告意见书，主张鸭绿江上游，长白山阳，应设一州于塔甸，松花、图门两江上游，各设一县，应使白山绿水间，不致任日人指名为西间岛，而藉词侵占（是时吉林六道沟，已被日人指为东间岛而侵入矣，虽吴禄贞为东边边务大臣，交涉经年，迄未解决）。督帅许为极得要领，奏派余为设治总办。旋挂牌试署临江县，余再三辞。督帅云：“固知汝为府班，但此番设治多在临江界内，兼署知县，免得中有阻挠。至县缺甚苦，汝可变通为之。”答以：“该县全凭陋规为收入，雅不愿为贪污吏。”此为决辞之由来。乃条列办法呈上，帅均允行。于是请开临通山道，请派奉吉、临通、临辑划界各委员，帅即派余为开通山道总办，并任各划界委员兼领营务处衔，以便管辖该县驻防军队，且有惩罚官兵之权。计一星期内，委七项要差，当时候补各官，称余为第二大帅，盖忌之。
年三十九（1907年），帅对蒙荒一事，仍派赴昌图府调查，及归呈条议，帅悉纳之。促余赴，乃聘杨香龢字炳初为交涉员，聘王恩第字绍芸为文案，聘花翎侍卫陈国璧字瑞卿为工程队长，聘李士珍字波为会计，聘李寿昌字泉为函牍主任，聘李土祥字云卿为调查员，聘石振邦字冠之为警察局长。
正欲起程，督帅传见。谓袁项城函荐张守凤台字鸣岐者，请量委一差。现各机关人员委定无可通融。余曰：“可委张守为设治督办，以余辅之。”帅曰：“此计甚嘉，但一切措正施行，仍惟汝是赖。”
余于四月初，驰赴临江接印任事。前任郑鸿勋字佩之，亏地方款七百余两，不能离任，余代垫还，鸣谢而去。张鸣岐随后到来，感余雅意，请与结盟。久之所有一切应办各事，分别切实进行，惟禀告督帅公文，请张列衔在先。
统计办理数月，妥设一府两县，而一百八十里山道全部开通，运输便利。长白山、鸭绿江全图绘就，上江胡匪，一律化为善良，韩人千余家，同时归化，混一齐民。省界县界，分划清楚。撤一木材厂长，而查办漂流木之多年积弊，为之一扫而空。撤一捕厅，而贪官被调省查看。因拿官兵窃盗，致马队统领摘去顶戴，留缉案犯，并撤一管带官，而两队官以明令悬拿，就地正法。又禀诘全厂总办、铁矿总办，均经撤换，以示薄惩。所有本县陋规，如斧头税（即入山砍木，每一斧纳税三钱，其实一两，内外把头尤多，每年伐木数万人之多，故所收甚巨）。他则领房基、领地亩，亦为大宗收入。又凡官用各物，均地方供给，官则不给分文，余均一律豁免，而领房基、领地亩者，接踵而来。惟建房垦地，予以限期，如逾限不建房、不垦地者，官仍收回另放。因此，地僻人聚，不一年增多八千余户（韩民归化，不在此内）。(https://www.xing528.com)
最重要者，以密函禀揭度支司使兼巡防营督办张锡銮七大罪状，函内叙明：如有一事不实，甘领极刑，且不除此奸，东三省必日增胡匪，倘督帅不肯法办，则请立即奏参，余甘赴刑部对质。结果，督帅以余函交张使，令其设法消融。张委私人刘雅南（天津人），持函赴临江，自认失察，请勿再追究，仅将营长撤差，且严惩官兵窃盗，作为了结。
是时帅拟派余署昌图府，以酬劳绩。先由帅府秘书刘心廉（刘与余为附生同案）寄函征求同意，内云此缺极优，足见督帅雅意。余以缺好必须人坏，决不往就，谢之。
适铁尚书以余任办俄韩边界、内外蒙、东三省及新疆伊犁等处军事密探有功，电达徐督，调余陆军部军政司长，余决解组进省，而腊月间两宫开避，势须稍待，乃划筹边策，以备进呈铁公。
年四十（1908年），正月卸任，继任者为熊达陶（名埴）。余抵省谒帅，帅曰：“知府不作，有何志愿？”答以：“督帅如肯提援，请奏送御史，且知县改任御史一职，不但衔缺相当，并有通行旧例。”督帅笑曰：“汝作知事，相传为四大金刚之一，决不可御史。铁帅调汝到京，余亦调归内用，此时汝先归去，余亦不久回都，抵京后再商变通方法。惟闻汝在任内亏款二千余两，可代汝措之。”答以：“廷玉与帅均津人，有此调剂，恐有烦言，应请收回成命。况亏款已有至友代交，自不应再领优赐。”遂一揖告别。
（1908年）入京谒铁公，公曰司长前已委人，兹先派为本部二等检察官，遇有相当机缘，再为设法。
余条议国境边界，须与各国分清界限，以免互起争端。附上计划书，内叙五年办结，制成图书，用款约二十五万金，由各督抚担任，饶有余裕。铁公据情上奏，两宫颇以为然。
（按）1906年，徐世昌外放，出任东三省第一任总督。当时李实忱正在以铁良为尚书的陆军部组设的陆军中学任教务长。徐因李曾先后去过东三省和内外蒙，进行考察，熟悉边务情况，特请铁良准其随往，以资有所匡助。李受差委后，写出意见书，并从事开垦蒙荒，设治府县，开通山道和清理伐卖木材积弊诸端，徐倚俾甚殷。后又由铁良调回陆军部。而徐世昌不久也内调，任邮传部尚书。
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