从今天历史研究的眼光看，《史记》自然还是有缺点和不足。纪传体这种方法容易把一件史实割裂为许多碎片，错陈于各人的纪传之中，或者人物散在各篇，看不到事与事、人与人的联系，如果不完整阅读很难认识全貌，了解作者的意图。
另一方面，司马迁本人具有很高的文学造诣，他创造性地把文、史熔铸于一炉，为我们展现了一部形象生动的历史画卷。从正面影响看，《史记》既是伟大的史学著作，也是杰出的文学作品。鲁迅先生对之高度评价，称“史家之绝唱，无韵之离骚”。但就负面影响看，在过于追求文学化的情况下，故事化叙事往往就会偏离历史的事实，增加了对历史的真实把握的难度。例如鸿门宴是司马迁基于历史写下的场景，但是他不可能在现场，所以就有他对历史的重构、虚构和想象。所以，读者需要知道，《史记》是司马迁理解和诠释的人和事。
其实，人的记忆都难免发生偏差，更何况是记述已经消失的事件、人物，所以历史本身具有两重性，历史是过去发生的事，更是人对过去的事有选择的记录，绝对真实地还原历史是不可能的。对历史学家来说，就是尽可能广泛搜集史料，真实地重建历史，从这个意义上看，历史具有主观性，历史学家必然受时代条件、自身认识的限制。
今天，中国历史的研究与传统史学相比，增加“古今”“中外”等分析框架，将秦汉文明放在世界文明与历史发展的长河中去深入探讨。研究的方法，也在文献之外，增加了考古发掘与田野调查，以力求多元互证，对历史资料进行更客观全面的审视，以更大程度地追寻历史的真相。历史领域内的研究已在向多学科、跨学科综合分析研究发展。(www.xing528.com)
但是，就如同需要放在特定的时空去考察、认识历史一样，对《史记》的认识也应该放在两千多年前那个特定时空去认识。衡量一部历史著作的好坏，主要还是看它是否经得起所有已知历史事实的验证与核查。《史记》本质上是一部求真求实的真正的历史著作，河南安阳殷墟和甲骨文的发现，已证实了司马迁笔下商王朝和商王世系的部分真实性。里耶秦简、张家山汉简等考古文物的出土，也印证了《史记》的记载与当时一般民众所处的社会形势符合。《史记》是中国古代历史上一部空前的光辉灿烂的著作，它开创了纪传体的体例，成为历代修“正史”的典范。“究天人之际，通古今之变，成一家之言”的著史追求，显示了司马迁作为杰出史学家的品格。由《史记》开启的二十四史仍然是中国古代各式各样史书中第一重要的历史著作。正如近代历史学家翦伯赞先生所言：“现在历史学已经进入了科学的阶段，纪传体的历史方法已经成为过去。但中国的历史资料大半部都保存在纪传体的历史著作中，为了找历史资料，我们应该知道纪传体的历史方法。并且即使在今天，纪传体的历史仍不失为一种保存史料最好的方法之一。”
韩城司马迁祠墓远眺图（华东师范大学第四附属中学2020届学生邱诗源绘）
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