1991年—1997年，自治区公费医疗仍按照1979年、1989年的规定执行。即明确各级各单位享受公费医疗待遇的对象为：经批准保留公职，不领工资回家参加劳动的人员和要求保留干部身份，不领工资，不办退职手续的回乡或回家的老、弱、病、残职工，继续享受公费医疗待遇。凡经医院认为病情确实需要，并且由医院安装在病人身上的国产起搏器，可以在公费医疗经费中报销；如果装配国外进口的起搏器，只能报销国产相似类型的起搏器的费用。享受公费医疗的工作人员到外地出差的看病问题，按每人全年医疗费定额的5%拨给各单位掌握，包干使用。享受公费医疗的患者器官移植所需的费用，由公费医疗经费负担70%，单位负担25%，个人负担5%。凡在自治区直属在邕单位的中华人民共和国成立前（即1949年9月30日）参加工作的老专家、老教授（包括1989年是副教授、副研究员、副主任医师以及相当于这级职称以上的高级知识分子），以及中华人民共和国成立后参加工作，在1985年工资改革前工资达到国家技术五级以上的教授、研究员、主任医师（含主任药师、主任护师、主任技师）、编审、译审、研究馆员、高级记者、高级编辑、高级教练、高级工程师、高级农艺师、高级统计师、高级会计师、高级经济师、高级文艺工作者，可享受高干优诊医疗待遇。
1998年，国务院《关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》要求城镇所有用人单位，包括企业（国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等）、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，都要参加基本医疗保险。自治区人民政府作出广西建立城镇职工基本医疗保险制度总体规划，要在1999年年底前全面组织实施新的医疗保险制度。(www.xing528.com)
2002年4月1日，开始实施《中区直驻邕单位职工基本医疗保险暂行办法》，全自治区建立起城镇职工基本医疗保险制度（简称“医保”），公费医疗退出广西历史。
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