金奔巴瓶掣签是清廷确认蒙藏黄教大活佛继承人的法定制度，这是针对黄教僧俗贵族的辗转攀连，垄断政治、宗教的统治地位的现实情况而设立的。
西藏长期以来实行政教合一的体制，宗教领袖往往也控制了世俗的权力，并通过各种姻亲关系，对西藏形成稳定的统治，游离于中央政权之外。
如西藏六世班禅贝丹意希之兄仲巴呼图克图罗桑金巴是班禅主寺札什伦布寺的主管，其弟却朱嘉措是噶玛噶举派的沙玛尔巴十世活佛，他们的姊妹也是噶举派的女活佛，他们的外祖父是拉达克土王。
一门之中四个活佛，都是最高教主级活佛，外祖家又是土王，声势显赫。甚至八世达赖也是由六世班禅在自己的亲戚中认定的。六世班禅死后，八世达赖又从自己的叔伯家认定了七世班禅。值得一提的是，八世达赖的侄子是著名的喀尔喀蒙古的最大活佛哲布尊丹巴。
大活佛之间密切的血缘和姻亲关系，很容易导致某个家族对西藏的政治宗教的独控权力，严重威胁清朝的中央集权，同时他们为争夺财产与权位的纠纷，也经常引起西藏的动荡和外族的入侵。
乾隆时，六世班禅之弟沙玛尔巴就因为没有从其兄处得到财富，遂引廓尔喀兵入侵后藏，焚毁札什伦布寺。乾隆帝命大将军福康安前往平叛，才告平静。
这种情况，迫使乾隆必须想办法加强中央政权对西藏的统治。
他在了解到活佛传袭的程序后，知道出现这种状况的原因在于吹忠（西藏巫师）对达赖和班禅的指定权。
一般活佛圆寂后，由吹忠等四人降神指定若干转世灵童可能出现的地方、人家，然后再由吹忠降神，指定真正的转世灵童。这样西藏的政教人士，就可以货贿吹忠，任立私人。要改变这种状况，首先就应该控制并废除吹忠的指定权。
乾隆最初认为第一次降神指定无碍大格，遂在第二次降神指定上做文章，决定采用掣签制度代替它。
掣签具有很大的随机性，能有效防止吹忠受人之托、信口雌黄。谕旨道：以后在认定转世活佛程序上，先让吹忠等四人认真降神作法，指出可能是转世活佛的灵童若干人，把他们的生辰年月日，各写在一张签上，放在金奔巴瓶内，然后让达赖喇嘛和清政府驻藏大臣一起，当众抽签，抽中的作为转世灵童，不准再像以往那样胡乱指定，造成私相承袭的情况。
为此，清政府特别制作了金瓶。乾隆五十七年（1792）九月，乾隆派御前侍卫惠伦、乾清门侍卫阿尔塔锡第把金瓶送去拉萨，供在大昭寺内。
十月，福康安在给乾隆的奏折中，对选择转世灵童的方案又进行了完善：由吹忠降神指出若干灵异孩童，在驻藏大臣的监视下，写候选幼儿名姓于签上，贮签入瓶，由互为师徒的达赖或班禅抽签选出；如果吹忠只指出一名幼童，除名签外，另加一空签，倘若掣出空签，即另寻转世灵童，另行掣签；选定达赖班禅以外的西藏大活佛的转世灵童，由驻藏大臣会同达赖照例掣签。
但乾隆接到奏报后，却有了新主意。他主张废除吹忠的降神指定权，由驻藏大臣与活佛找出若干灵童，然后采用金瓶掣签，选出其一。是蒙古事件刺激了他，让他重新审视这项制度。
本来蒙、藏两地在宗教、政治上的联系传统很早就形成了，蒙古的活佛转世灵童由西藏达赖或吹忠指定，而西藏的达赖也有蒙古各部出来担任的。(www.xing528.com)
如四世达赖系蒙古土默特部俺答汗的曾孙，康熙时更发生了蒙、藏封建主争立达赖喇嘛的斗争，引起西藏的内乱。所以清朝要保证对蒙古和西藏统治的安定，必须割断两地政治上的联系，将他们的联系限制在宗教上的传承关系上。
于是乾隆决定，在北京雍和宫内也安设一个金瓶，当蒙古各部找到大活佛的转世灵童后，必须将幼童姓名呈报理藩院，由理藩院堂官会同掌印札萨克达喇嘛共同在雍和宫举行金瓶掣签，以决定真正的转世灵童。这样就将确定蒙古转世灵童的权力从西藏转移至理藩院，割断了蒙藏上层以宗教身份进行政治联合的渠道。
但这个决定刚刚发布，喀尔喀蒙古赛因诺颜部活佛就圆寂了，其管家僧人竟无视谕旨，径自到西藏，求指定转世灵童。结果，他们通同作弊，指定了蒙古土谢图汗之子。乾隆查明此事后，立刻宣布无效，派官员亲赴赛因诺颜部选出五名灵童，送雍和宫掣签指定，并宣布以后转世灵童不得在蒙古王公子弟中选出，将蒙古的政教严格分开，也禁绝蒙藏上层的勾结。
在这件事中，吹忠是公开露面的人物，同时也是问题的关键，所以难怪乾隆对他很恼怒。
借此机会，乾隆废除了吹忠对两大活佛——达赖和班禅的转世灵童的指定权，但由于当时尚未出现两大活佛圆寂的情况，也就没有产生太大影响，甚至所设金瓶一事也渐渐被淡忘了。
直到嘉庆九年（1804）八世达赖圆寂，三年后，西藏盛传出现了一位灵异的幼童，转世灵童该如何确定才提上了日程。
但这次，嘉庆帝竟接受班禅等免予掣签的恳请，使西藏僧俗封建主的阴谋又一次得逞。
但如此灵异的九世达赖，仅七年后就圆寂了，转世灵童仍须重新确定。
嘉庆帝这次斥责了免予掣签的请求，坚持金瓶掣签，严格按照当年乾隆时所设计之方案。但不久嘉庆去世，这件事就落到了道光身上。
道光二年（1822），按照乾隆时的规定，由呼图克图（其他活佛）先寻访出若干灵童，然后将幼童乳名、父名，开送驻藏大臣，然后在达赖主寺布达拉宫，由班禅带头诵经，副驻藏大臣将名签贮瓶，驻藏大臣拈出，遂选出十世达赖。
这是首次在西藏采用金奔巴瓶掣签制度选出的达赖，其后十一世、十二世皆如此选出，十三世由于只有一名灵异幼童，曾免予掣签。之后则由于英国势力侵入西藏，这件事不得不变通，金奔巴瓶掣签制度曾一度搁置。
转世灵童掣定之后，要经过披剃、取定法名，被称为达赖喇嘛“呼毕勒罕”，然后举行坐床典礼，正式迁入布达拉宫，启用金印，始称达赖喇嘛，满十八岁，才能成年任事。
清政府开始过问选定达赖喇嘛呼毕勒罕的重要活动，使许多原来纯属于达赖喇嘛个人的宗教修习次第上的例行事宜，以及披剃、取定法名的主持者、受小戒及大戒的师傅，从之学经的正副经师等等，也都要经过驻藏大臣奏报朝廷核准，明降谕旨，加委赐封，达赖喇嘛坐床典礼和成年接管事务的仪式，也都由中央派大员亲临监视，赏赐物品。这样清廷就将西藏宗教领袖的选定严格限制在宗教的领域内，阻止了蒙藏僧俗扩张自己的势力。
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