学校将《关于申办本科院校的论证报告》于2003年5月23日送教育厅后，省教育厅非常重视和支持我校的申办工作。5月27日，负责该项工作的教育厅计财处处长宋雷鸣、副处长侯铁军均在报告上签署意见：给予支持并即送厅领导。5月28日，省教育厅厅长漆权在报告上签批意见：“对南昌水专申请升格为本科院校应予以支持。请先行组织专家组考察论证，按有关规定程序做好申报的各项工作。”教育厅计财处随即组织专家组到校评估。
2003年5月29日晚和6月2日，学校接连召开两次全体中层干部大会。校“升本”办公室主任王锋通报了省教育厅对我校申办报告的批办结果和有关准备工作情况，校领导张乐天、王志锋就迎接省专家组来校评估进行再动员、再部署，明确提出申办工作形势喜人，任务压人，要求全体中层干部和教职工进一步统一思想，提高认识，发扬团结、协作、拼搏、奉献精神，建立迎评估工作责任制，举全校之力，力争通过评审。
2003年6月4～5日，正值传统节日端午节，省教育厅高校设置评估委员会专家组在彭桥校区对我校申报设置南昌工程学院进行了考察评估。专家组成员有：王仲才（组长、省教委原副主任，教育部高校设置评估委员会专家库成员）、孙一先（南昌航空学院原党委书记）、刘宜柏（江西农业大学原党委书记、校长）、金祖钧（江西财经大学教授）、徐征（华东交通大学教授）、曾昭轰（江西师范大学研究员）6人，秘书为省教育厅计财处刘江华。评估会由省教育厅副厅长洪三国主持，省教育厅高教处处长尹富庆，计财处副处长侯铁军和学校全体校领导、各部门负责人参加了评估会。校长王志锋在会上向专家组作了汇报，专家组成员通过听汇报，看“升本”展室和“升本”CD宣传片、实验室，分别召开了教师、干部和学生座谈会，同时到瑶湖校区实地察看了新校区建设情况，对我校的“升本”工作提出了许多宝贵的意见和建议。最后一致同意我校申报设置南昌工程学院。
根据专家组的评估意见，学校进一步组织力量进行申报材料的修改和学校工作的整改。
2003年6月10日，教育厅根据省高校设置评估委员会专家组的评估意见，将设置南昌工程学院的报告送省政府。
2003年6月24日，省政府召开省长办公会，讨论并同意设置南昌工程学院并于6月27日省政府赣府文[2003]50号《关于恳请批准设置南昌工程学院的函》向教育部发函，恳请批准设置南昌工程学院。
2003年7月4日，校长王志锋随省政府副省长赵智勇、省教育厅厅长漆权、副厅长洪三国等到北京，向教育部规划发展司汇报设置南昌工程学院事宜。王志锋同时还向学校共建单位水利部汇报了学校的“升本”工作，取得了水利部的大力支持，并于2003年7月11日，水利部水函[2003]78号文《关于支持在南昌水利水电高等专科学校基础上设置南昌工程学院的函》向教育部发函，支持我校设置为南昌工程学院。
为做好评估材料的组织工作，学校于2003年10月26日、29日、31日分别邀请省教育厅副厅长洪三国，教育部高校设置委员会委员、省人大教科文卫委员会副主任、省教委原副主任周绍森和省人大教科文卫委员会副主任、南昌航空工业学院原党委书记孙一先，省人大教科文卫委员会副主任、江西师范大学原党委书记熊大成，教育部规划发展司高校设置处处长戴井岗等到学校，对“升本”材料组织工作进行具体指导。
为做好教育部高校设置评估委员会专家组对我校设置南昌工程学院的评估准备工作，2004年1月，学校决定，全校中层以上干部除春节7天法定假日休息以外，寒假不放假，照常上班。(www.xing528.com)
2004年2月10日，省教育厅厅长漆权、副厅长洪三国率高教处，计财处负责人到校检查评估准备工作情况。13日，学校在瑶湖校区，进行迎接教育部专家组评估工作预演，省教育厅副厅长洪三国到现场指导。
为扩大学校“升本”工作影响，取得上级有关部门领导和社会的广泛支持。2004年2月，学校先后邀请了一些领导到校参观考察并指导工作。2月18日，水利部副部长敬正书到我校视察，陪同的有省政府副省长危朝安、长江水利委员会主任蔡其华、省水利厅党委书记汪普生、厅长孙晓山、教育厅副厅长汪忠武等。2月19日，教育部规划发展司副司长季平，水利部政策法规司司长高而坤等到校参观并指导工作。校领导张乐天、吴泽俊于2月19日专程赶赴景德镇当面邀请正在景德镇调研的教育部副部长张保庆到校视察指导工作，张副部长欣然答应。第二天（2月20日），张保庆副部长在教育部规划发展司司长牟阳春和省教育厅厅长漆权的陪同下，视察了我校瑶湖校区。同日，参加教育部“十五”规划工作会议的代表50多人到我校瑶湖校区参观考察。
2004年2月21日，教育部全国高等学校设置评估委员会专家组一行7人来我校考察设置南昌工程学院工作。专家组成员有：谢桂华（组长，国务院学位办原副主任）、陈谟开（副组长，吉林省教委原主任）、韩惠鹏（中国农科院研究生院党委副书记、副院长）、陈白玉（湖南省教委原副主任）、何长法（河北省教委原副主任）、陈君楷（四川大学原校长），秘书为教育部规划发展司高校设置处处长戴井岗。参加考察评估汇报会的有省政府副秘书长郑克强、省教育厅厅长漆权、副厅长洪三国、水利部人教司副司长陈自强和学校“升本”工作领导小组全体成员。汇报会在瑶湖校区举行。会议第一阶段由漆权主持，郑克强代表省政府致欢迎词；第二阶段由专家组组长谢桂华主持，校长王志锋向专家组作了申办汇报。专家组成员参观考察了两个校区，召开了座谈会。晚上，专家组成员观看了学校组织的一台短小精彩的文艺晚会。
2004年3月26日，从在四川成都召开的教育部全国高等学校设置评估委员会会议传来喜讯，专家们通过投票，全票通过我校升格设置为南昌工程学院。
2004年5月17日，教育部教发函[2004]116号文《关于同意南昌水利水电高等专科学校改建为南昌工程学院的通知》致函江西省人民政府，同意南昌水利水电高等专科学校改建为南昌工程学院，同时撤销南昌水利水电高等专科学校建制。
2004年6月10日，江西省人民政府赣府字[2004]53号文《关于同意南昌水利水电高等专科学校改建为南昌工程学院的批复》批转省教育厅，同意南昌水利水电高等专科学校改建为南昌工程学院，同时撤销南昌水利水电高等专科学校建制。学校“升本”工作主要过程见表4-16。
表4-16 学校“升本”工作主要过程
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