国立西北工学院和国立西北农学院是第一批自西北联大母体分出并独立的两个学院，时在1938 年7 月21 日。消息传出，工学院先有拟乘机恢复“北洋”之议，原北平大学农学院师生亦觉复校无望，复有维持现状之议。为此，徐诵明、潘承孝等59 人“为农工两院教授聘书如不续送恐各教授他往”致电教育部[1]，表示反对。西北联大农学院全体学生亦于1938 年7 月27 日联名呈件《呈请维护西北联合大学组织完整，恳请诸公同心协力据理力争》[2]。1938 年12 月15 日，国立西北农学院筹备委员会向教育部报告了1938 年8 月至11 月底的筹备工作，表明接收重组工作已经大致完成。
1936 年9 月开始的西北农专与北平研究院的合作，延续至西北联大和西北农学院成立之后。其中北平研究院植物研究所的金树章、刘汝强、林镕、汪德耀先后在西北联大文理学院生物系任教，复转西农任教。刘慎谔、孔宪武等被聘为西农教授，既为调查所的研究员，又为西农兼课，后来孔宪武又被聘为西北师院教授，长期留在了大西北。加上北平研究院物理研究所岳劼恒、历史研究所周国亭、何士骥、吴世昌等人留在西北联大文理学院历史系或国文系，这在某些程度上维持了与北平研究院的联系，弥补了该院最终未能成为西北联大一部分的缺憾。
对于工农两院的分出，教育部的解释很明确：一是工、农两院的分立，是“调整国立各校院系计划和抗战建国纲领”的一部分，其目的是要“谋全国高等教育机关设置之合理”和“确立西北农工教育基础之计”；二是“农工两院设备简陋，不易发展，令与附近院校合并改组成独立学院，使人力物力集中办理”，使其更为充实；三是关于战后复校问题，“至北平收复后如有设立两院必要时，仍得照旧设置，此时毋庸过虑”。当然，战后的实际情况是，教育部关于“仍采维持”“仍得照旧设置”的承诺并未兑现，北平大学的工、农两院以至全部北平大学并未复校，这是后话。但是，这显然已经从国家层面拉开了“致力于发展西北教育既定方针”和“确立西北农工教育基础之计”的帷幕。(www.xing528.com)
1939 年8 月8 日，西大、西师、西医最后自西北联大母体分出。1946年8 月西医复并入为国立西北大学医学院。1949 年，陕西省师专、师专南郑分校、商专、医专等又并入西大，实现了新的联合。
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