武功军事会议在西农召开后，武功一带的百姓传说日军以为蒋介石还住在武功，或者为要害机关所在，因此武功多次遭到日寇飞机轰炸。但是，也有人认为两者并不相关，是日寇有计划地轰炸高等学校所在地，如同轰炸汉中西北联大驻地那样。
日机轰炸武功西农所在地：
第一次是在1940 年8 月30 日上午10 时许，日机24 架先后分两批轰炸西农，投弹120 余枚。
第二次是在1941 年8 月5 日上午8：30，日机7 架轰炸西农，投弹20余枚。
第三次是在1941 年11 月3 日上午8 时和下午4 时，日机1 架和4 架分两次轰炸西农，投弹30 余枚，炸死职员1 人、学生2 人（大学生1 人，高职考生1 人），校警1 人受重伤。除此之外，种猪、种马、亦有死伤，校舍、仪器设备被炸。其中师生宿舍被炸毁136 间，震毁门窗、墙壁、顶棚的房舍366 间，损失47 万余法币。[61]
以上多次轰炸，损失巨大。昔日召开“武功军事会议”的旧址——西农奠基大楼被多次轰炸，弹痕累累，至今清晰可见（图4—17）。刘均爱回忆：刘潇然先生就是1940 年间在日机轰炸西农时到校上课的，警报一响，多数师生仍会一拥而出，跑往野外，有时半天甚至一天也就不上课了。然而，同学们听刘先生的课时神情专注，即便防空警报响了，但刘先生的“农业经济”课没有讲完一小节，“讲授不到一个节段，学生无一离座。老师从容讲授，同学静心听讲，必等老师刹住话题，听完最后一句始走出教室躲避”。[62]
图4—17 遭日机轰炸后的西农主楼（三号楼）外景
这座高七层的奠基大楼，20 世纪三四十年代居西北第一高楼，在抗战中曾设为陕西省防空哨。日机飞临和轰炸内地后方，大楼警报钟声终日长鸣。其楼前和楼内防空洞口、及前几年校内挖出的那枚逾百公斤重的日军94 式未爆炸炸弹等，皆为当年抗战之遗存，警示后人。大楼2008 年已被陕西省人民政府确立为第五批文物保护单位。
就在西农遭日机轰炸之前，西工虽远避汉中，也曾遭到日机轰炸。1939 年10 月30 日上午11 时敌机数十架在南郑市区（今汉中）狂轰滥炸，不幸，西工驻南郑办事处房屋均被炸毁，“所有家具等大概损失过半，唯工友私人物品损失最多，幸人未受伤，刻下暂移东关汉城旅社办公，俟将损失数目于点清楚后再行呈报”，这次日机轰炸，造成西工南郑办事处损失公物共计52.65 元，工友李伯权、孟继修损失物品总计158.1 元。[63](www.xing528.com)
1939 年5 月6 日，7 日，敌机即曾轰炸医学院所在地，档案记载：“本月六、七两日，南郑迭遭敌机轰炸，计此二日经本所治疗者七十余人，其中重伤住院者21 人，自经此两次轰炸后，此间人心大起惶恐，每日晨起均纷纷逃至郊外，以致医学院方面亦不能安心上课。”[64]
1940 年5 月20 日晚9 时，12 架日机趁着月色，再次轰炸西北医学院及附属医院所在的黄家坡、文家庙。投弹40 余枚，火光四起，房屋倒塌。与学生同住在此的医学院教务长兼耳鼻喉科教授杨其昌因腹部重伤、籍贯江西赣县的25 岁四年级学生栾汝芹和籍贯山东黄县25 岁的学生陈德庥因头部重伤而亡，另有当地黄姓母子等14 人被日寇炸弹夺去生命，受伤者还有17 人。余晴初先生回忆，弹片上有日本昭和字样（另见有日军绘制的地图，图4—18）。[65]
当时已8 岁的徐佐夏之子徐褒回忆：当晚天气晴朗，月光很亮，日寇的飞机又来夜袭轰炸。当敌机飞临黄家坡上空的时候，人们纷纷躲避。杨其昌教授就躲在一棵大树后面。日机投弹之后，爆炸声此起彼伏。又听轰然一声爆炸，只见一个火红的巨大弹片在半空呼啸着将大树拦腰斩断，再飞过去从杨其昌教授的腹部穿过。轰炸过后，人们赶紧冲到杨教授跟前，只见他已倒在血泊之中，腹部开裂，肠子也流了出来。杨教授还不停地说“打康芬！打康芬！”（一种强心剂），终因失血过多无法施救而很快死亡。
图4—18 日军使用的《陕西省汉中附近要图》
据曾任山东枣庄市政协副主席的孙维林校友回忆：“医学院设在南郑县（即现在的汉中市）……在敌人空袭频繁时，学校被迫迁到城东15 华里的黄家坡。1940 年的一个夜晚，日机轰炸西北医学院时，我的左肩膀也受了伤。学院附属医院的外科董克恩教授在手术室为我作了局部麻醉，在左肘部取出了黄豆大的小弹片。我总算幸运，既保住了生命，也未留下后遗症，但事后得知炸死两名学生及一位耳鼻喉科教授，这位教授由于炸弹伤及背部及心脏，未送到医院，就停止了呼吸。日本侵略者所投炸弹，多半是杀伤弹，弹坑浅平，深约半米，坑口直径约三四米。炸弹爆炸后，弹片细小，向四周呈放射状炸出，据防空人员介绍，这种炸弹的目的主要是杀伤平民生命，而不是破坏建筑物（图4—19）。只有一枚巨型炸弹，其弹坑深约五米以上，坑口直径在十米以上，还发现一颗未爆炸的哑弹，敌机投下后栽入土中，后经防空部队挖出，是一枚500 磅的炸弹。事后，学校里照常上课，医院里照常门诊。在死难师生追悼大会上，群情激昂，大家异口同声地声讨日本帝国主义者的残酷和凶恶。”[66]
图4—19 日机轰炸汉中留下的弹坑
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