一九一五年二月二十日袁世凯为巩固在四川的统治，任命其亲信陈宦督理四川军务，并调李炳之的第一混成旅，冯玉祥的第十六混成旅和由第二十师抽出伍祥桢的第三十九旅扩编为第四混成旅，随同开赴四川。鹿钟麟在第四混成旅第二团第二营充任营附，亦随营入川。
为反对袁世凯称帝阴谋，以蔡锷为首的护国军迅速组成，讨伐袁世凯并进攻四川。袁则急调曹锟任总司令，坐镇重庆，指挥第三师和第七师会同先期入川的第十六混成旅、第四混成旅，在泸州叙府主要战场上展开激战。恰巧第十六混成旅和第四混成旅共同担任叙府的战斗任务，致使鹿钟麟和冯玉祥得有机会在滦州起义失败、各自东西达五年之后重新相会。鹿即要求回到冯部，得到应允。适冯旅扩编成立一个团，鹿被委为第三团（团长张之江）的营长。
冯玉祥同情护国军的义帜，便在暗中与护国军谋取局部和解，同时设法促使袁的心腹大将陈宦通电反对帝制宣布独立。鹿钟麟在其中出谋献计起了一定作用，因此冯曾说过鹿“急智多谋”。
一九一六年六月六日袁世凯死后，黎元洪继任总统，段祺瑞任国务总理，段对冯在四川迫使陈宦独立深为不满，于六月六日电令冯玉祥率部北上进驻廊坊。转年四月，又借故免去冯的旅长职务，遗缺以被段祺瑞收买的第一团团长杨桂堂升充。鹿钟麟在此期间先后担任参谋、军法官、炮兵营营长等职务。(www.xing528.com)
黎元洪、段祺瑞在对德参战和派系斗争中，意图相左，明争暗斗，酿成历史上的“府院之争”，一九一七年六月七日长江巡阅使兼安徽督军张勋以调停为名，率辫子兵五千余人，由徐州入京，先逼黎解散国会，继迫使黎离位出走。七月一日张捧出溥仪，宣告复辟。段祺瑞从天津发出通电讨伐张勋，令第八师在马厂誓师。第十六混成旅官兵素有反对帝制的传统，鹿钟麟、邱斌、张之江、李鸣钟等要求旅长杨桂堂出兵讨伐，杨不但不听，反而入京晋谒张勋。鹿等见时机已到，公推薛笃弼前往迎请冯玉祥回旅主持大计。冯到廊坊后率全体官兵通电讨伐张勋。
张勋复辟失败后，冯国璋以副总统名义代理总统，段祺瑞重任国务总理，大权独揽，一意孤行，借口对德宣战向日本借款，扩编参战军，坚决贯彻武力统一政策。一九一七年七月孙中山由上海到广州，发出护法的号召。八月间召开了护法国会，成立了护法军政府，讨伐北洋军阀。段祺瑞政府调动大军开赴湖南一带，阻止护法军北迸。一九一八年一月，段祺瑞命冯玉祥旅自南京驰援湘西，该旅乘船沿江上驶经安庆抵九江武穴地区，通电响应护法号召，反对武力统一政策，主张和平解决争端，迅速恢复国会。段祺瑞愤怒之下，免去冯玉祥旅长职务。第十六混成旅的全体官兵一致表示誓与冯共生死，拒受段祺瑞命令。旋经曹锟调解，着令冯玉祥留任，率部开往湖南，戴罪立功。第十六混成旅进驻常德后，段祺瑞随任命冯兼湘西镇守使。
冯旅由艰险环境中冲出，在湘西重镇常德得以喘息，又借口地处前线，请准招募新兵扩充实力，并加强官兵的教育训练，在常德驻防两年中，成立教导大队，分期分批轮训军官、军士。由炮兵团团长鹿钟麟兼任大队长，负责主持训练事宜。十六混成旅以后发展成一支庞大的国民军，其骨干力量的基础，就是在这时奠定的。
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