进入20世纪90年代，特别是1992年邓小平同志视察南方发表重要谈话以后，我国高等教育进入全面改革和发展的新时期。在这个时期，党中央、国务院先后发布了《中国教育改革和发展纲要》(1993年)、《面向21世纪教育振兴行动计划》(1999年)等具有纲领性的文件，国家教委(教育部)根据党中央、国务院的文件对高等教育的改革与发展作了全面的部署和安排。党中央、国务院在《中国教育改革和发展纲要》等文件中对这个时期高等教育提出的总要求是“坚持走以内涵发展为主的道路，努力提高办学效益”。高等学校深层次改革被提上日程，改革进入攻坚阶段。1993年12月至1994年3月武汉大学集中师生员工的智慧制定了《武汉大学面向21世纪改革与发展纲要》，并着手进行学校综合改革，先后出台了《武汉大学综合改革方案》、《关于教学改革的意见》、《科技体制改革方案》、《关于加强和改进党的建设与思想政治工作的意见》、《武汉大学校内管理体制改革方案》、《武汉大学学位和研究生教育改革与发展方案》、《武汉大学后勤管理改革方案》等7个改革文件，并在1996—1999年加以实施。
综合改革主要内容包括:精简机构，转变职能;实行“三定一聘”和工资总额包干、奖勤惩懒、优胜劣汰的人事分配制度;对后勤工作实行事企分开;对院系进行调整重组等。经过综合改革，学校原有17个学院、59个学系调整重组为9个学院、41个学系，学院数减少8个，学系数减少18个;34个正处级单位减少到26个，机关裁员20%，克服了过去力量分散、相互制约、专业划分过细、课程建设低水平重复、教育资源浪费、人浮于事、吃大锅饭等弊端，探索出长期困扰学校的“办学经费从哪里来，富余人员往哪里去”的新路径，形成了教育资源配置合理、办学效益明显提高、人人都有紧迫感、危机感和责任感的良好局面。(www.xing528.com)
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