现在，目光再回到蜀汉。
后主继位后，诸葛亮以托孤大臣的身份主持蜀汉朝政，摆在他面前的任务如此艰巨，先不说继承先主遗志完成复兴汉室的大业，就说如何解决南部诸郡发生的叛乱，就是一副千钧重担。
凡事都要从一点一滴做起，扎扎实实，不能有半点马虎和偷懒，对于已经开府治事的诸葛亮来说，尤其如此。
所谓开府，就是组建官署。诸葛亮虽身为丞相，但在先主刘备在世时，其实没有组建单独的官衙，他的角色是执行者，所有重大事情都由刘备亲自决策，诸葛亮只负责建议和执行。
现在，诸葛亮既是执行者又是决策者，他必须尽快建立起一套精干高效的工作机构，也就是丞相府。
之前，大事都由刘备做主，诸葛亮负责执行落实，所以当时没有必要组建一个丞相府，或者说即使有一个丞相府，也只是为诸葛亮履行职责服务的一个小的工作班子，而不是蜀汉政权的核心。
现在情况不同了，诸葛亮要组建一个完整的、规模庞大的丞相府，这个丞相府将成为蜀汉的权力中心。
参照曹操组建的丞相府，其基本结构是：
丞相以下设长史，类似于秘书长；
再设主簿，类似于办公室主任；
再往下设若干曹，类似于一个个处，各曹的处长称掾，副处长称掾属。
汉代丞相府的标准编制是13个曹、382人，比曹操丞相府的人数少很多。各曹中西曹和东曹最为重要，西曹负责丞相府内的吏员任用，东曹负责天下2000石官员的升降，包括军中的武将在内，2000石相当于部长级，在地方上是太守一级，在军队里相当于将军，所以这个曹权力极大。
其他还有负责祭祀、农桑的户曹，负责管理朝廷章奏的奏曹，负责民事法律诉讼的诉曹，负责交通以及邮驿等的法曹，负责运输的尉曹，负责侦办盗贼的贼曹，负责刑事审判的决曹，负责兵役的兵曹，负责管理货币、盐铁的金曹，负责管理国家粮库的仓曹，以及类似于丞相府总务处的黄曹。
从这些执掌看，丞相府的职权涵盖了行政、司法、经济等方方面面，还有许多与军事有关的部门和人员，如军谋祭酒、军谋掾、军祭酒等，执掌军权。
在丞相府里长史最重要，是丞相的第一助手，这个人必须很得力，诸葛亮物色的人是王连。王连此前担任司盐校尉，多年从事的是与盐务有关的经济工作，这是项苦差使，在常人看来也是个不容易建功立业的岗位，但王连干得很好，很有成绩。
益州政坛向来有派系之争，本土派和外来势力一直暗中较量，王连是荆州刺史部南阳郡人，不属于益州本土派，但他又不是跟随刘备来益州的，他来得比较早，算是刘璋的旧部，所以也不属于荆襄派。但反过来说，以上两派或许又都认为王连是他们的人。
诸葛亮请后主封王连为平阳亭侯，并兼任屯骑校尉。屯骑是北军五营之一，屯骑校尉是中央禁卫军里的高级将领，王连有了这个身份也方便与军方打交道。
次于长史的是主簿，诸葛亮选的是担任过巴郡太守的杨颙，这也是个实干型人才，诸葛亮认识他比较早，对他的才能比较了解。本来杨颙的同宗杨仪或许更适合这个岗位，但之前杨仪由于和尚书令刘巴闹矛盾，被刘备用弘农郡太守的名义给挂了起来。
各曹负责人中，诸葛亮选的东曹掾是他一直以来都十分看好的蒋琬。刘备对蒋琬似乎很有成见，甚至曾要将其处死，幸亏诸葛亮求情蒋琬才得以保全。蒋琬目前担任尚书郎，在尚书台相当于科长这一级的低层级官员。
由蒋科长提拔为蒋处长，表面看只升了一两级，但东曹掾的分量和实权甚至比朝廷的九卿还大，由科长直接提拔成部长，体现了诸葛亮在用人方面的魄力。
东曹负责人是荆襄人士，西曹的负责人诸葛亮就选了益州本土出身的李邵。李邵字永南，益州刺史部广汉郡人，刘备在时他担任益州府内的书佐部从事，大约是秘书或秘书处长一类的职务。任用他为西曹掾，也是破格提拔，并且大出很多人的意料。
李邵的其他情况史书记载得不多，他哥哥李邈却特别出名，可以称为蜀汉的头号书呆子，也在丞相府任职。
李邈字汉南，在刘璋手下担任过牛鞞县长，刘备来益州后提拔他当了州府的从事。有一次正旦节，按礼制这是有些类似团拜的贺岁活动，李邈得以见到刘备。大过年的，人家都是祝领导身体健康、万寿无疆之类，这个李邈却说了一大堆让刘备不爽的话。
李邈对刘备说：“刘璋将军因为你们同是宗室，所以拜托你来替他讨贼，什么功劳都没立，你却把他灭了。在下认为，将军你取益州，十分不合适（邈以将军之取鄙州，甚为不宜也）。”(www.xing528.com)
好在刘备脸皮还算厚，又是过年，没有和他计较，而是开玩笑说：“你既然知道我不对，为何不帮刘璋来打我？”
领导很有风度，李邈却不够幽默，他认真地说：“不是不敢打你，是打不过你。”
刘备脾气再好，也有点儿恼了，让有关部门把李邈抓起来要杀他。最后诸葛亮出面求情才把他放了。李严卸任犍为郡太守时诸葛亮专门推荐李邈接任，应该说对他是相当器重的。诸葛亮开府治事后把李邈调过来担任丞相参军，相当于丞相府高级参谋，但是这个李邈以后还犯过更大的傻劝。
李邈、李邵兄弟可能出身于广汉郡的大族，对于益州本地这样的家族，只要他们之中有可用的人才诸葛亮总是格外关注，他希望通过重用他们达到团结益州本土人士的目的。
跟李邈一同担任丞相参军的还有马谡，此前他一直担任越嶲郡太守，但诸葛亮发现他的特长在军事方面，虽然刘备临终前专门交代对马谡不可重用，但诸葛亮觉得让马谡当太守也是对人才的浪费，何况担任参军只是出谋划策，算不上重用，所以就把他调了过来。
诸葛亮在丞相府里还设了一个门下督，任命的是马忠。门下督是一个不常设的职位，具体职责不太清楚，根据与之类似的职务进行比较，从事的可能是巡察、巡视兼保卫方面的工作。这个职务也不低，“建安七子”之一的陈琳曾任曹操的门下督，他是由军师祭酒转任的，军师祭酒相当于参谋长，所以这个职务不比各曹掾低。
马忠此前只是巴西郡下面一个县的县长，永安救驾给刘备留下了深刻印象，把他看作益州出身人士中黄权一类的人才。刘备临终前给诸葛亮交代过不少人事方面的事情，马忠可能就是刘备交代给诸葛亮的可用人才，所以受到重用。
诸葛亮开府治蜀后不久，后主下诏由诸葛亮兼任益州牧。
丢失荆州后，蜀汉的地盘其实仅限于益州一地了，所以在治理地方方面益州牧府也很重要。州政府里最重要的职位是别驾，相当于副州长，诸葛亮选的是秦宓。
这项任命多少有些出人意料，不是因为秦宓名气太小、能力不强，而是之前说过刘备伐吴前担任从事祭酒的秦宓苦劝，惹得刘备大怒要杀他，也是诸葛亮求情才免一死。秦宓此刻还是带罪之身，没有任何职务，直接提拔为万众瞩目的副州长，的确让人吃惊。
州政府里次于别驾的是功曹，相当于人事处长，诸葛亮任命的是五梁。五梁字德山，益州刺史部犍为郡人，益州本地名儒，有深厚的儒学才识，个人品德也比较突出，刘璋在时就是座上客，刘备称帝后担任议郎。这是一个德高望重的人物，又是本土出身，让他负责人事工作，别人不好说什么。
五梁有个同学叫杜微，也是本地出身的名儒，诸葛亮请他做州政府办公室主任（主簿），但这一次却碰了个钉子。
杜微字国辅，益州梓潼郡人，和五梁都受教于广汉郡大学者任安。刘璋时任命他为从事，因病去官。刘备来益州，杜微也称病不出。诸葛亮请杜微出来做事，杜微一再推辞，后来诸葛亮专门派车去才把他请来（舆而致之）。见了面，诸葛亮发现杜微耳朵有些聋，听不清别人说话，就在座中写了一段话给杜微，希望杜微能因天顺民、辅佐明主。
虽然是现场随手写的，但这段话还是保存了下来：
“常听说您的道德品行，早就想拜会您，但因为清流、浊流不相来往，所以没有机会当面请教（清浊异流，无缘咨觏）。王元泰、李伯仁、王文仪、杨季休、丁君干、李永南兄弟和文仲宝等人经常赞叹您的高尚志趣，我没有什么才学，受命统领本州，德行浅薄、责任重大，常感忧虑。
“后主今年刚刚18岁，仁爱聪敏，爱惜有德行的人，谦恭地对待贤良之士，人们纷纷追慕汉室，这里想请您遵循天意、顺应民心，辅佐当今的明主，以建创复兴汉室功业，功勋将被写在竹帛上。我也知道，因为贤者与愚者不在一起共事，所以您过去谢绝刘璋，只在家中劳动，是不想屈辱自己。”
诸葛亮提到了清流、浊流，汉末品评人物常以此分野，诸葛亮言下之意杜微是清流而自己是浊流，确有抬高对方之意，但这应该看成是自谦而不是自贬，说的是在朝与在野的区分。诸葛亮提到的那些人，指的是王谋、王连、杨洪、李邵、丁厷、文恭等人。
诸葛亮如此谦恭让杜微无法再推辞，只好勉强答应下来，但不久又请病假回家养老（自乞老病求归）。诸葛亮还是想把他留下，给他又写了一封信，告诉他这个职务就是挂个名，不必朝九晚五，杜微不好再说什么，就留了下来。
《三国志》的作者陈寿的老师谯周是蜀汉后期最知名的学者，他也是此时进入诸葛亮领导的益州州府任职的，职务是劝学从事，负责文化教育方面的工作。
谯周字允南，益州巴西郡人，幼年丧父，和母亲以及兄长一起生活，家境清贫，但耽古笃学，诵读典籍，废寝忘食。陈寿是这样描绘老师的：身材很高，个子跟诸葛亮有一比（身长八尺），长相看起来很纯朴，不喜欢修饰自己（体貌素朴，性推诚不饰）。
这是陈寿对老师长相的委婉描写，其实谯周的外貌很有特点。有一部史书记载，诸葛亮初次召见谯周，左右的人看到这个有点憨又有点萌的大个子都忍不住笑起来。诸葛亮一向对左右要求很严，谯周走后，有关人员向诸葛亮举报刚才有人发笑（有司请推笑者），诸葛亮摆摆手说：“算了算了，我尚且差点忍不住，何况大家呢（孤尚不能忍，况左右乎）？”
有人看到这里会说诸葛亮怎么能自称孤呢？其实是可以的，称孤不是为了炫耀，而是谦称。除帝王外，侯爵也可以自称孤，诸葛亮此时已有了侯爵，是可以称自己为孤的。
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