选科制（选课制）是允许学生自己选择学习学科、专业和课程的一种教学制度，[62]最早在德国柏林大学实施，在传入美国后得到了完善与发展。选科制（选课制）是现代大学制度发展的重要标志。20世纪20年代前后，随着五四运动与新文化的发展，解放个性、尊重自由的呼声日益高涨，国立北京大学在留美学者的建议下，率先于1919年实行了选科制。紧随其后，国立东南大学也于1919年通过了《改良课程案》，实行选科制。郭秉文在校务会上针对选科制的优点做了说明：“第一，选科制使学生能依兴趣发展其天赋之特长；第二，能使优秀的学生、资质普通的学生根据自己的能力和水平选择学习进度；第三，实行选科制，可以打破各科的界限，使学生知识面得以拓宽，博学多才；第四，对教师来说，现科目规定不能增减，其弊在于或有功课而无相当之教员，或有教员而强迫其担任非所长之功课，实行选科制，则有伸缩之余地，教师的特长也能得到发挥；第五，按现行制平均分数及格者即可升级，即便有些科目不及格亦不再重习，采用选科制则此弊可除。”[63]在郭秉文看来，选科制既可以扩宽学生知识面，使学生的天赋特长得以彰显，又可以充分发挥教师的专业特长。
国立东南大学的选科制是一种主、辅系选科制。所谓主、辅系是指学生大学一年级结束后，可以在各系中选择一系作为修课的主业，按照所属专业规定的课程的统一规定进行必修科学习，同时安排一定的选修科目，供学生自由选择。辅修是由学生根据自己的能力、爱好和特长自主选择一个系作为自己的辅系，一般由主系指定几个系供学生选择。这种主、辅系选科制是美国大学在20世纪初普遍采用的一种做法，将课程分为三大类：公共必修课、主辅系必选科和随意选科。学生可以根据自身特点以及未来就业取向选择自己的主辅修的专业与课程。以东南大学文理科为例，学校规定：
1.国文（6学分）和英文 （12学分）两门课程为必修科目。其他有5组选修科目，每组须选4—8学分。
第一组：国文、英文、西洋文学；
第二组：历史、政治、经济；
第四组：生物学、地学；
以上5组至少要选修30学分，总计必修学分不少于56学分。
2.自选主系、辅系。具体做法是由学生于本科各系中，自选一系为主系，然后由主系教师提出若干系，任学生选取其一为辅系，主系课程至少应修40学分，最多不能超过60学分。辅系课程至少要选15学分，最多不能超过30学分。(www.xing528.com)
3.除上述规定外，只要征得指导教师的同意，学生还可自修别科的课程。
依据这一课程设置的规定，该科的国文系开设的课程分为预科课程、本科必修、辅系选修、他科选修几类（表4-9），主辅修制充分考虑了学生的知识结构与兴趣爱好，课程学时、学分分布合理，充分体现了通专并重的人才培养要求。
表4-9 国立东南大学文理科国文系课程[64]
续表
为了配合选修制的实施，国立东南大学在20世纪20年代还采用了学分制。规定修满若干学分作为毕业的依据。学分是学校计算授课时数的单位，一般以每学期每周上课一课时为一学分，南京高等师范学校规定每周上课及自修合3小时，历半年者为1学分。每名学生每学期以学习15分学分为标准，若遇特殊情形，可减少至12学分，可多加至20学分，满120学分者毕业。国立东南大学时规定每半年以学习16学分为标准，比原来多要求一个学分，满160学分者（包含预科阶段，预科满32学分为毕业，本科以修满128学分为毕业，合计160学分）方可毕业，授予学士学位，比原来多40学分。[65]
选科制推行后，受到了师生们的积极响应与支持。由于能够充分发挥教师的学术专长，教师教学积极性空前高涨，各种新课程陆续开设，教师的最新研究成果不断被充实到课堂内容中。1921年国立东南大学共开设课程150门，到1922年猛增到234门。灵活自由的选科制满足了学生对多种知识的需求，激发了学生的学习热情。在国立东南大学实行选科制的几年间，培养了大批综合性人才，受到了社会的广泛赞誉。
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