明末活动于今甘肃境内的反明武装主要是李自成领导的农民军。宁州、真宁之战后，李自成农民军曾长期转战于秦中及陇东、陇南等地。崇祯四年（1631）三月，农民首领刘五、可天飞、混天飞、独行狼、混天猴等率众攻略平凉、固原、耀州、泾阳、三原、宁州、环县、武安、华亭、庄浪等地。十一月，饥民不粘泥、张存孟等率三千余人内应外合，自鱼河川入安定。崇祯七年（1634），“临洮营兵蔡虎作乱，率众焚掠，欲杀巡按御史李嵩。寻为其同党所杀”。崇祯九年（1636）二月，李自成、过天星、满天星等率众八九万，与洪承畴转战于陕西澄县、韩城、宜川、鄜州、延安及今甘肃环县、庆阳、兰州等地，后绕塞东走宁夏。崇祯十一年（1638）三月，李自成自羌中还走临洮，屯住于洮河一带。四月，李自成强渡洮河，自宁远（今甘肃武山县）南入西和、礼县山中，再南越成、阶二州，进入略阳，以图东山再起。崇祯十四年（1641）四月，秦陇州县大饥，斗米银1.5 两，人相食。九月，三边总督傅宗龙被农民军击毙。崇祯十五（1642）年三月，三边总督王乔年被农民军击毙。崇祯十六年（1643），李自成攻克西安后，又遣兵攻下榆林、庆阳，俘获明韩王。
为了牵制明朝西北边兵援助京师，李自成令部将贺锦、田秀等攻取今甘肃、青海各地。贺锦等先后攻破秦安、安定、会宁，兵临金县。金县守军开门迎降。农民军随即兵临兰州城。明朝甘肃总兵马爌、副将欧阳衮等人见形势危急，力劝肃王朱识鋐西走甘州。朱识鋐驽马恋栈豆，未采纳这一建议，马爌等人自行赶往甘州。崇祯十五年（1642）十一月二十一日，兰州百姓开城降迎农民军。肃王朱识鋐在慌乱中被校尉张鼎背着从王府水洞钻出逃亡，潜行至哒什哱啰（今甘肃永靖县三条岘乡塔什堡村），被明朝卸任总兵杨麒派人擒获，并将肃王当作自己投诚农民军的见面礼。贺锦厌恶杨麒卖主以牟取富贵，既不忠于明王朝，也不是真心投顺农民军，遂将杨麒父子斩首。同时认为张鼎忠义可嘉，释放而归。肃王则被送至西安李自成营下处死。贺锦进驻兰州后，农民军继续向西挺进，庄浪、凉州二卫相继投降。农民军进逼甘州，击毙巡抚林日瑞、马爌等，甘州遂破。山丹、永昌、镇番（今甘肃民勤县）、肃州等地悉归农民军。甘州陷落后，贺锦得知农民军将领鲁文彬在攻打西宁时被甘青土司打败阵亡的消息，立即率大军由甘州南下，在北大通（今青海门源县）与土司鲁允昌交战。允昌兵败，退守连城。在农民军步步紧逼之下，连城不满土官长期欺压的土民纷纷阵前倒戈。农民军很快攻破鲁土司城堡，杀鲁允昌，俘获其子鲁宏。至此，陕西三边之地悉归农民军。(www.xing528.com)
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