作为科研费管理主体与绩效第三方评价机构，独立行政法人日本学术振兴会（Japan Society for the Promotion of Science，JSPS）的前身是设立于1932年的财团法人日本学术振兴会。其以振兴日本学术研究为己任，在资助学术出版及学术研究发展方面发挥了举足轻重的作用。自1999年起，文部省将科学研究费补助金事业中的基础科学研究领域移交日本学术振兴会管理，旨在强化和提升其地位和功能，使其业务范围从高级研究人才培养扩展到高水平研究项目以及世界顶尖教育研究基地的评价与资助。2003年，依据《独立行政法人日本学术振兴会法》，日本学术振兴会“变身”成为受文部科学省管辖的独立行政法人机构（Incorporated Administrative Agency，IAA）。评价对象为国立、公立、私立大学的自然科学和社会科学研究活动。
评价机构的独立性是评价结果客观性、公正性的重要保障。法人化改革前，日本学术振兴会代表政府提供公共服务，缺乏自主权，万事“听命”于上级主管部门——文部科学省。法人化改革后，日本学术振兴会实施自主管理，虽由政府主导建立，机构运营经费来自政府财政拨款，但与文部科学省之间不存在隶属关系，不执行行政职能，两者之间通过“契约”，即3～5年的中期目标及计划来履行各自的职责，发挥各自职能。简言之，独立行政法人日本学术振兴会是具有高度自主和独立性的、介于政府和社会团体之间的“准”政府组织，其对大学的评价是基于学术的角度而非行政的角度。
科研费分配审查基本原则的政策依据是文部科学省咨询机构——科学技术与学术审议会通过的“独立行政法人日本学术振兴会实施科学研究费助成事业审查的基本考量”。日本学术振兴会组建了“科学研究费委员会”和“学术系统研究中心”，前者制定了“科学研究费助成事业审查与评价章程”，负责评审细则的制定、项目审查及监督评价项目实施效果等相关事务。后者负责专业审查委员的选拔。委员会根据项目类别设置了12个部会进行各研究大类项目科研费的分配与管理，12个部会下面又分设了1235个运营小委员会负责不同学科领域方向的同行评议（Peer Review）等具体事务。例如，审查与评价第一部会负责特别推进研究与国际联合研究加速基金归国发展研究领域科研费的分配与评价考核，其下设的运营小委员会又根据学科类别进一步细分为人文社科类小委员会、理工类小委员会和生物类小委员会共计3个小委员会。[18](www.xing528.com)
第三方评价机构人员构成的专业性、权威性以及多样性是影响评价质量和评价结果专业性、权威性、公平性及合理性的重要人为因素。科研费的同行评议评价体系早在1968年就初具雏形。科学研究费委员会现由委员及7815名（2020年度数据）专业审查委员组成。专业审查委员隶属于各运营小委员会，主要由日本国立、公立、私立大学教授与附属研究机构负责人、企业研究机构负责人与研究人员组成，人数基本控制在6～10人，任期最长为3年。2004年以来，专业审查委员由学术系统研究中心研究员根据审查委员候选者数据库提出委员候选人初步人选建议方案，交由日本学术振兴会最终确定入选人员。在此之前，专业审查委员的人选推荐渠道单一，都是由日本学术会议单方面推荐决定的。2019年度，审查委员候选者数据库登录人数约有12.6万人，比2004年启用伊始增加11.8万人，增幅达94.1%。[19]评价主体的多元化和多样性可以互相弥补不同领域的认知盲区和短板，提高评价结果的客观性与公正性。此外，为确保评价人员能从客观立场做出专业判断，从而取得公信度高的评价结果，日本学术振兴会还从审查评价目的、内容及方法等方面对专业审查委员进行了严格培训。[20]
在信息公开方面，为便于研究者和一般民众熟悉和了解既往研究成果，日本学术振兴会在国立情报学研究所主页内设置了“科学研究费助成事业数据库（KAKEN）”链接。该数据库收录了研究立项数据（采纳课题）、研究成果概要（含研究实施状况报告书、研究实绩报告书、研究成果报告书概要）、研究成果报告书以及自我评价报告书等日本所有学科领域的最新研究信息。通过该数据库检索，既可以查阅自1965年以来的立项项目信息，如项目负责人相关信息、研究课题名称、经费配置额度、研究年限、研究概要等，也可以查阅自1985年以来的研究实绩报告书概要。
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