开发山区，为台湾近代化建设中最艰巨的工作之一。建省上谕发布之后，刘铭传即在奏折中指出：“现既诏设台湾巡抚，必须先渐抚生‘番’，清除内患，扩疆招垦，广布耕民，方足自成一省。”[51]实际上，自同治末年日兵侵台事件发生后，沈葆桢就已实行开山抚“番”，丁日昌巡台时继续推行。然十多年已经过去，成效依然无多。所开山路，不久复塞，“番”民旋抚旋叛。“番”社800余，人口约20万，每年戕杀民命不下1000。欺凌“番”人、侵占“番”地、诓诈“番”财者，多为不法之徒，因“番”人报复而被害者，多为良民。以防务论，台疆千里，防海又须防“番”。若全“番”归化，内乱无虞，外患虽来，尚可驱之御侮。既可减防节饷，又可伐内山之木，以裕饷源。所以刘铭传认为抚“番”为当务之急，不容再缓。遂于光绪十一年十一月奏明开办抚“番”事宜，于十二年四月设抚垦总局于大科崁，自任抚垦大臣，以林维源为总办，全台分南、北、东三路，分设抚垦局及分局，从事抚“番”招垦工作。
刘铭传的抚“番”策略为恩威并用，剿抚兼施。恩抚不从，方行威剿；威剿之后，仍归恩抚，汉“番”一视同仁。光绪十一年十月，淡水县东南“番”民滋事，刘铭传经派人劝谕，皆愿就抚。因为订立规章，派每社头目为社丁，按月给予粮银，各安生业，选子弟至城读书，并造桥开路。[52]刘铭传自驻新竹，林朝栋驻彰化，至十二年四月，半岁之间，招抚“番”社400余社，剃头归化7万人。[53]十二年，中路罩兰地区苏鲁等社“番”因汉人欺虐，官抑不伸，发愤报仇，而杀死垦丁多人。刘铭传不得不派兵往剿。事平之后，刘将罩兰垦抚委员撤换，另派熟悉“番”情者代之。并清结民“番”积欠，以息纷争。[54]刘铭传亲督大军开山抚“番”，自光绪十二年九月至次年四月，“数月间，后山各路凡二百一十八社，番丁五万余人咸奉约以归；前山各军亦续抚二百六十余社，剃发者三万八千余人”。[55]台北至宜兰的道路百余里，于光绪十一年十二月开通。接着又分别派总兵章高元率勇自彰化集集街向东，副将张兆连率勇自水尾向西，开辟中部横贯道路182里，于光绪十三年春竣工。前后山声气联络，“番”民闻风向化，为之设条教，立社长。南路则自嘉义开向台东。十四年，东部一度发生严重“番”乱，卑南被围两月后始定。十六年，宜兰、花莲之间“番”乱再起，不久亦平。于是，广招民户扩垦，使民“番”共处杂居，化之于无形。在重要“番”区各设抚垦局，教以耕织、货殖、振兴茶叶、樟脑、施医、施药、开设“番”市，增设义塾。另于台北设立“番”学堂，选“番”童入学，给予衣食，课以汉文、算学、官话、闽南语及起居礼仪，常令与汉人晋接，渐变其气质，消弭其疑忌。[56](www.xing528.com)
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