1991年，广西国家、地方铁路用地由柳州铁路局房地产管理处（土地管理办公室）、柳州、南宁铁路分局土地管理办公室和各地区土地管理所实行三级管理。柳州铁路分局设柳州、桂林、融安、金城江地区土地管理所，南宁铁路分局设南宁、凭祥、玉林地区土地管理所，铁路局设柳州地区直属土地管理所，全局有土地管理人员85人。广西合资铁路用地由南防铁路公司管理，公司设土地监察定员3人。随着铁路建设的发展和铁路改革的深入，铁路土地管理体制进行过多次调整。
1997年8月，广西地方铁路有限公司设立土地管理办公室，定员7人，管理地方和合资铁路用地。11月，柳州、南宁铁路分局土地管理办公室及其所属的土地管理所撤销。12月，柳州铁路局成立柳州、南宁土地管理所，由局房地产管理处（土地管理办公室）领导和管理，全局有土地管理人员50人。
1998年3月，经自治区土地管理局批准，成立广西铁路土地管理局和柳州、南宁铁路土地管理分局。广西铁路土地管理局内设土地管理科，建设用地、土地监察部；柳州铁路土地管理分局下设桂林、融安、金城江土地管理所；南宁铁路土地管理分局下设凭祥、玉林土地管理所，形成新的铁路土地管理局、管理分局、管理所三级铁路用地管理体制，全局土地管理定员62人。1999年2月，南昆铁路临管处百色土地房屋管理所成建制划归广西铁路土地管理局（局房地产管理处）领导和管理，全局土地管理定员69人。
2000年6月，广西铁路土地管理局机构再次调整，撤销建设用地、土地监察部，建设用地、土地监察职能由柳州、南宁铁路土地管理分局承担，百色土地房屋管理所划归南宁铁路土地分局领导和管理，其他土地管理机构保持原有建制，全局土地管理定员62人。(www.xing528.com)
2003年3月，成立广西沿海铁路公司土地管理局，管理合资铁路用地。
2005年4月，局房地产管理处更名为局土地房产管理处，同时称“局土地管理办公室”和“广西铁路土地管理局”，柳州、南宁土地管理分局及其下属土地管理所保持原有建制，全局有土地管理人员56人。广西沿海铁路公司土地管理局有土地管理人员3人。
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