明代经历“土木之变”后，国势渐衰，统治者无充足的财力去发展朝贡贸易，对海外国家的赏赐也不像永乐时期那么丰厚，海外诸国获利减少，对朝贡贸易也不再那么积极，前来朝贡的国家逐渐减少。同时，明代中期为防止倭寇，对朝贡贸易的管理也更加严格。史载“自弘治元年以来，番舶自广东入贡者，惟占城、暹罗各一次”[96]。据李庆新的研究，正统年间循海路前来朝贡的国家有琉球、占城、暹罗、满剌加、爪哇、榜葛剌等6国，共39次。景泰间，有7国朝贡，次数为15次，天顺以后，朝贡国家不超过6个，次数在11至36次之间[97]。
朝贡贸易的费用主要由地方政府承担，其收入却主要归内府所有。朝贡衰落导致内库收入减少，皇家所用珍贵货物严重不足。天顺三年（1459年），司礼监太监福安奏：“永乐间差内官下西洋，并往广东买办采捞珍珠，故国用充足。今久不采，府库空虚。”[98]皇帝于是命监察御史吕洪同内官往广东雷州、廉州二府杨梅等珠池采办。
朝贡国家减少，并且朝贡次数大不如前，朝贡关系也是时断时续，并未严格按照贡期朝贡。如安南久不入贡，嘉靖十五年（1536年），皇帝怒斥安南“不修职贡且二十年”[99]，并欲发兵征讨，“安南国……自正德十年进贡以来，迄今二十余年，贡使不至。逮朕登极下诏，道阻而返。叛逆之罪，昭然明著，在法当兴问罪之师。”[100]户部侍郎唐胄上疏极力劝阻，“力陈用兵七不可”，方才作罢。唐胄并指出：“安南虽乱，犹频奉表笺，具方物，款关求入。守臣以其姓名不符，拒之。是彼欲贡不得，非负固不贡也。”[101]各国久不入贡，导致皇宫也缺乏香料等物品。龙涎香为明代皇室用香，多产自东南亚，明中期朝贡国家减少，皇家所用龙涎香也不敷使用。至嘉靖帝时，皇宫对龙涎香的需求量增大。嘉靖三十四年（1555年），皇宫生活上需要的龙涎香也求而未得，只好命司礼监差官员前往香山澳访买，“仅得十一两以归”，皇帝大怒，谕户部：“龙涎香十余年不进，臣下欺怠甚矣，其备查所产之处，具奏取用。户部覆请差官驰至福建、广东，会同原委官于沿海番舶可通之地，多方寻访，勿惜高价。委官并三司掌印官住俸待罪矣，获真香方许开支。”[102]嘉靖三十五年（1556年）八月“壬子，命于福建、广东番舶购龙涎香”[103]，十一月，“广东布政司进龙涎香一十七两”[104]。次年，“（嘉靖三十六年七月）丙子，……广东抚臣进龙涎香十九两有奇”[105]。但龙涎香还是不够用，不得不前往澳门采买，“（嘉靖三十六年十二月）乙未，先是遣主事王健等往闽、广采取龙涎香，久之无所得。至是，健言：‘宜于海舶入澳之时，酌处抽分事宜。凡有龙涎香投进者，方许交商货买，则价不费而香易获，不必专官守取’。”[106]朝贡贸易的衰微由此可窥一斑。
明代后期，朝廷对于朝贡贸易的态度也较为随意，对朝贡贸易重视度较低，朝贡回赐物也不像永乐时期出手阔绰，赏赐丰厚，并且质量堪忧。同样的，朝贡国的进贡品也多数质量低劣，“今诸夷进贡方物，仅有其名耳，大都草率不堪。如西域所进祖母绿、血竭、鸦鹘石之类，其真伪好恶皆不可辨识。而朝廷所赐缯帛、靴帽之类，尤极不堪，一着即破碎矣。夫方物不责，所以安小夷之心，存大国之礼，犹之可也。赐物草率充数，将令彼有轻中国之心，而无感恩畏威之意。”[107]各国贡使为追求经济利益，也不依贡道而来，如《广东通志》记载：“吕宋国，例由福建贡市。万历二十六年八月初五日，径抵濠镜澳住舶，索请开贡。两台司道咸谓其越境违例，议逐之。诸澳番亦谨守澳门，不得入。九月，移泊虎跳门，言候丈量。越十月，又使人言已至甲子门，舟破趋还，遂就虎跳径结屋，群居不去。海道副使章邦翰饬兵严谕，焚其聚。次年九月，始还东洋。或曰此闽广商诱之使来也。”[108]本应由福建入贡的吕宋，却违例前往澳门请求入贡，其逐利之目的显而易见。(www.xing528.com)
明中叶官方合法的朝贡贸易衰落，但是民间非法的私人贸易却较为兴盛，且能为地方带来收入。因此，地方政府对非法私人贸易持一种默许的态度。正德年间，广东地方官员为增加收入，开始对私人市舶贸易征税，史载：
查得正统年间以讫弘治，节年俱无抽分。惟正德四年，该镇巡等官都御史陈金等题，要将暹罗、满剌加并吉阐国夷船货物俱以十分抽三。该户部议，将贵细解京，粗重变卖，留备军饷。至正德五年，巡抚两广都御史林廷选题议各项货物着变卖存留本处，以备军饷之用。正德十二年，巡抚两广都御史陈金会勘副使吴廷举奏，欲或仿宋朝十分抽二，或依近日事例，十分抽三，贵细解京，粗重变卖，收备军饷；题议只许十分抽二。[109]
正德四年（1509年），广东都御史陈金开始对市舶船只征收百分之三十的进口税；正德十二年（1517年），陈金和吴廷举重申抽分制，户部最终批准，将税率定为百分之二十。抽分制的公开实行打破“是有贡舶即有互市，非入贡即不许其互市”的朝贡贸易原则，使贡舶贸易遭到巨大冲击。嘉靖年间，市舶贸易发展成为广东对外贸易的主要形式，朝贡贸易名存实亡。
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