月港开海后，成为合法的商民出海贸易港口，海外贸易也相应地进入繁荣期。对于月港贸易局面，史载：“我穆庙时除贩夷之律，于是五方之贾，熙熙水国，刳艅艎，分市东西路。其捆载珍奇，故异物不足叙，而所贸金钱，岁无虑数十万，公私并赖，其殆天子南库也。”[135]四方货物，奇珍异宝云集于此，“犀象、玳瑁、金刚、琥珀、沈木、檀楠、片瑰、珊瑚，以及未见未名之物，如篱落间，天下推华腴地”。[136]繁荣的商贸往来，促进了月港的繁荣与经济的迅速增长，福建地方开始逐步制定管理办法，对月港的贸易进行管理。
隆庆六年（1572年），漳州郡守罗青霄请求在月港设立征税机构征收商业税。此举得到福建政府同意，史载：
方今百姓困苦，一应钱粮，取办里甲，欲复税课司，官设立巡栏，抽取商民船只货物及海船装载番货，一体抽盘。呈详抚按，行分守道，参政阴覆议，官与巡栏俱不必设。但于南门桥柳营江设立公馆，轮委府佐一员督率盘抽，仍为柳营江巡检及府卫首领、县佐更替巡守，及各备哨船兵役，往来盘诘。又于濠门、嵩屿置立哨船，听海防同知督委海澄县官兵抽盘，海船装载胡椒、苏木、象牙等货，及商人买货回桥，俱照赣州桥税事例，酌量抽取，其民间日用盐米鱼菜之类不必概抽。候一二年税课有余，奏请定夺。转呈详允，定立税银则例，刊刻告示，各处张贴，一体遵照施行。[137]
征税机构轮流委任府佐官员进行盘抽，并非为专人负责，同时，海防同知也领有抽盘海船的职责。此种税收管理体制为后来督饷馆税制的开端。
万历年间，福建当局将海防馆改为督饷馆，在海澄县治之右。督饷馆配置税务官员1名、饷吏2名、书手4名。不同时期，督饷馆的税务管理由不同人负责。督饷馆税务官员设立之初由漳州府海防同知兼任，后因海防同知兼任督饷时间太长，日久生弊，遂于万历二十五年（1597年）改为福建各府佐官轮流充任。万历二十七年（1599年），市舶宦官高寀入闽，并获得市舶贸易的征税权，市舶税收归于内府，督饷馆成为闲置机构。万历三十四年（1606年），高寀被召回，月港税务由漳州府佐贰官轮流管理，漳州府独揽月港税务管理权。崇祯四年（1631年），督饷馆无饷可征。据李庆新的研究，万历三十四年至崇祯四年，轮署官员24人全为漳州府佐贰官，其中督粮通判6人，清军同知5人，海防同知4人，督捕通判4人，推官3人[138]。(www.xing528.com)
除征税外，督饷馆还负责管理商民出海贸易，如给出海船只发放船引、对商船进行检验和监督。商民船只从月港起航，首先得领有政府发放的船引。船只到督饷馆登记姓名、籍贯、住址等个人信息，还有商船计划到达的国家和地区、回销日期、限定的器械、货物名称等，然后交纳引税，督饷馆发给引票，方许出海贸易。据记载：
商引填写，限定器械、货物、姓名、年貌、户籍、住址、向住处所、回销期限，俱开载明白。商众务尽数填引，毋得遗漏。海防官及各州县，仍置循环号薄二扇，照引开器械、货物、姓名、年貌、户籍、住址、向往住处、限期，按日登记。贩番者，每岁给引，回还赍道复查；贩广、浙、福州、福宁者季终赍道复查，送院复查。[139]
领取船引后，商船要经督饷馆设在中左所（厦门）的验船处，接受浯屿、铜山官兵盘问，如果没有违禁物品方许出海。此外，商船出海贸易的时间也有规定，去往西洋的船只每年十一月、十二月起航，次年六月内回港。去往东洋的船只多于春初起航，五月内回港。因为每年的十一月至次年三月主要为东北风，去往东西洋多为顺风航行，此季节沿海商民便向督饷馆纳税请引出海贸易。
虽然允许商民出海贸易，但是福建、广东沿海海防依然紧张，部分官员提出要加强对商民出海贸易的管理。福建巡抚刘尧诲所奏《条议海禁事宜疏》提出多项具体意见，包括：“禁遏过番，以杜私交之党”“查编海船，以诘接济之奸”，“稽查保甲，以清接济之源”，“察验商船，以防混迹之患”等等[140]。
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