要做好高校财务管理工作，首先必须理清高校的财务领导体制问题。对于高等学校的“校长负责制”领导体制，国家有明确的法律规定，高校是没有自主决定权的。因此，高校财务领导体制必须与高校领导体制一致，在统一的领导体制下，财务管理工作的具体管理办法和管理措施可以根据最优原则来选择。
（一）管理层财务领导体制的相关规定
高校财务管理工作校长负责制，是由法律赋予校长的职责。《中华人民共和国高等教育法》明确规定了“国家举办的高等学校实行中国共产党高等学校基层委员会领导下的校长负责制”。
《中华人民共和国会计法》规定了“单位负责人对本单位的会计工作和会计资料的真实性、完整性负责”。
《高等学校财务制度》也提出了“高校财务工作实行校（院）长负责制。符合条件的高校应设置总会计师，协助校（院）长全面领导学校的财务工作”。
从以上相关法律法规可以看出，校长是学校的法定代表人，具有全面领导和管理学校各项工作的法定权力，是学校各项工作的总负责人。因此，为理顺财务关系，落实经济责任制，根据责权相结合的原则，高校的财务工作由校长负责，只有这样，校长才能及时了解财务工作状况，全程监控财务活动。
（二）管理层领导财务工作的实施形式
高校管理层领导财务工作的形式多种多样，主要有校长直接领导学校财务工作、学校领导班子共同管理学校财务工作、财经委员会管理学校财务工作、总会计师管理学校财务工作等。
1．校长直接领导学校财务工作
校长直接领导学校财务工作，是指校长亲自负责全校的财务工作，并指挥财务部门具体管理财务工作．财务部门负责人直接向校长汇报财务工作情况。校长领导财务工作，财务部门负责人具体管理财务工作，这种校长负责制和财务处长管理制，是高校对学校财务进行管理的主要形式。(www.xing528.com)
2．学校领导班子共同管理学校财务工作
领导班子共同管理学校财务工作，即校长委托分管财务的副校长管理学校财务工作，委托分管学院及部门的副校长管理本学院及本部门的经济工作及预算资金使用等，在校长的领导下，学校领导班子共同管理学校财务工作也是高校管理层领导财务工作的一种主要形式。
3．财经委员会管理学校财务工作
财经委员会管理学校财务工作，是指学校成立由校领导和相关部门经济管理人员组成的财经委员会，协助校长管理学校的财务工作。相对来说，财经委员会由懂经济的人组成并实施管理，因此从理论上讲对学校财务工作的管理更为有利。
4．总会计师管理学校财务工作
总会计师管理学校财务工作，即由总会计师协助校长全面管理学校的财务工作。根据《总会计师条例》中对总会计师的定位：“总会计师是单位行政领导成员，协助单位主要领导人工作，对单位主要行政领导负责。”“凡设置总会计师的单位，在单位行政领导成员中，不设置与总会计师职权重叠的副职。”
总会计师制度是中国经济管理的重要制度，在高等教育未普及前，高校的资产和收支总量不大、经济业务比较简单，财务管理的主要任务是管好、用好经费，所以高校总会计师制度没有得到重视和推广。随着我国市场经济的完善和高校的发展，对财务管理专业人才的需求越来越迫切，客观上要求高校加快财务管理专业化的进程。在这样的背景下，2011年教育部、财政部颁布实施了《高等学校总会计师管理办法》，高校总会计师制度将会得到前所未有的发展，总会计师管理高校财务工作将成为未来的主要形式。
（三）财务管理机构的设立
财务领导体制确立后，管理层必须设立财务管理的机构，负责日常财务工作的管理。根据高等学校财务制度的要求，高校管理层必须单独设置财务处作为一级财务机构即校级财务机构，在校长负责和管理层的领导下，统一管理学校的各项财务工作。因工作原因，需要设置二级财务机构的，二级财务机构的财会业务必须由一级财务机构统一领导、监督和检查。
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