道光二十年(1840年)以后，驻藏大臣继续设置，代表清王朝管理西藏一切事务。道光二十四年，到任不久的驻藏大臣琦善因掌办达赖商上事务的噶勒丹锡勒图萨玛第巴克什“欺压达赖，残害生灵，勒索财物，侵占田庐，私拆房间，擅用轿伞，强据商产，隐匿逃人，奸贪狂妄”[1]，与帮办大臣钟方联合上奏《酌拟裁禁商上积弊章程》二十八条[2]，对驻藏大臣的职权、地位和地方官员应遵守的章程，重新审定并作了部分改动。此外，琦善还以前任驻藏大臣文弼于嘉庆十四年(1809年)随意增加规例，令商上出纳每隔六个月，造册报告，由驻藏大臣咨送理藩院，一方面稽核商上各公所用收支; 一方面达赖、班禅“例应需用”又听其自便，是自相矛盾。他还认为，地方所交实物名目繁多，银钱品色互异，前后藏仅一名粮员，远非内地专职审核官员能比; 且驻藏人臣不懂藏语藏文，不过是照葫芦画瓢[3]，于是提出: “嗣后拟即不令呈报，以归简易。”清廷根据他所奏“商上布施请仍归商上经理”，决定: “商上布施出纳向由驻藏大臣稽查核办，但凭商上呈开，仍属有名无实，嗣后商上及扎什伦布一切出纳，着仍听该喇嘛自行经理，驻藏大臣毋庸经管。”[4]这样，驻藏大臣失去了对于达赖喇嘛和班禅额尔德尼两处商上收支的审核权。道光二十五年，琦善还上奏提出: “西藏所属哈喇乌苏以外按年派设巡查卡伦，只属具文，徒滋扰累。”清廷根据他的上奏决定: “哈喇乌苏既设有营官，着即责成该营随时防范，所有按年派员巡查之处着即行停止。”[5]这样，驻藏大臣又失去了对边界的巡查权。不仅如此，琦善还认为，操练前后藏番兵时，若将噶伦“置身事外，不惟遇有征调兵将，素不相习，难期得力，即平日修治军装，亦恐难诿有词。且防备将备，仅此数人，川省距藏窎远，每值更换，动辄经年，遇有缺出，往往以千把外委越级暂护，官卑职微，不但难资统驭，且亦呼应不灵，似当量为变通，应请嗣后番弁兵丁一切操防事宜，均责成噶伦等经理，经禀驻藏大臣核办”[6]。对此，清廷又作出了相应决定。这样，驻藏大臣又失去了校阅营伍、操练番兵的权力。
近代历史上，不但驻藏大臣的职权有所削弱，已如上述，而且在建置上亦有所改变。驻藏大臣联豫在宣统二年(1910年)提出:“各省地大事殷，督抚同城，尚经裁并，况藏地规模较简，驻藏大臣两员，政见一有参差，治理即多窒碍，贤者依违瞻顾，不贤者各逞意见，遇事掣肘，内启番人之轻藐，外贻友邦之讪笑，现在驻藏大臣尚未简放，应请助予裁撤。”[7]次年，清廷决定，裁驻藏帮办大臣，设左、右参赞各一人，以罗长椅为左参赞，禀承驻藏办事大臣旨意筹划全藏一切要政; 以钱锡宝为右参赞(后藏参赞)，禀承驻藏办事大臣旨意监督三埠商务。不久，清王朝被辛亥革命推翻，清代的驻藏大臣建置亦告结束。
[1] 《清宣宗实录》，卷四一〇，道光十四年十月庚子。
[2] 《清代藏事辑要》，西藏人民出版社，1983年版，第417～429页。
[3] 参见邓锐龄: 《关于琦善在驻藏大臣任上改定藏事章程问题》，载《民族研究》，1985年第3期。(www.xing528.com)
[4] 《清宣宗实录》，卷四一二，道光二十四年十二月乙未。
[5] 《清宣宗实录》，卷四二〇，道光二十五年八月乙未。
[6] 《清代藏事辑要》，西藏人民出版社，1983年版，第444页。
[7] 《清宣统政纪》，卷四七，宣统二年十二月。
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