1937 年7 月7 日卢沟桥事变后，于7 月30 日北平、天津相继沦陷，抗日战争全面爆发，中华民族面临着生死存亡的紧要关头。1938年5月，李厚基的家乡江苏丰县沦陷，他正在老家邢桥居住，亲眼看到日寇到处奸淫烧杀，老百姓四处逃难，他一家也未能幸免。那时，人们都认为，丰县城南离邢桥不远的戴套楼天主教堂比较安全。于是，李厚基派人联络，带着一家老小逃进了这座教堂。值得一提的是，李厚基在逃离邢桥前，先将自家防务的数十枪支，主动交给丰县政府，帮助当地政府组织抗日武装。
1939 年12 月身为国民党副总裁的汪精卫，认贼作父，公开投降日本，成了中国最大的汉奸。李厚基的旧部、曾任第三师师长、福建兵败后受通缉的王献臣，摇身一变，成了丰县的日伪县长，并且拉起了两千余人的伪军。王献臣公开投敌后，曾以老部下的身份，出面来找正在戴套楼天主教堂逃难的李厚基，动员他出山，充当汉奸，为日军效劳。李厚基听了王献臣的话后，非常严肃地向他指出：“你是中国人，跟着日本人干，败了是罪人，胜了也是罪人。”当即拒绝了王献臣的劝说。
后来，李厚基带领全家，历经周折又回到天津。当时天津形势更为复杂，他蛰居日租界吉野街（今察哈尔路）兴隆里14 号住宅，也同样受到汉奸的拉拢和利诱。李厚基身在日人眼下，不便像对待王献臣那样，公开加以拒绝，而是采取婉拒的办法，让他们的阴谋不能得逞。据李任先生讲，当时李的旧相识殷汝耕、王克敏、王揖唐等人，都已当了汉奸，殷汝耕与李厚基比较熟，王揖唐原为皖系军阀首领，华北沦陷后，当上了日伪华北军政委员会委员长。他们极力拉拢李厚基与之同流合污，其活动十分频繁。有一次，王揖唐甚至带着军服、军衔，亲自登门，均被李婉言拒绝。李厚基亲口对李任说过：“小叔，我最近得去沧州住一段，避避风头。”当时他外出的借口，是佯称有病，而实际上根本没有病。李任先生还亲耳听到李厚基对家人交代，他走了以后，如何同王揖唐等人周旋。(www.xing528.com)
因为李厚基住在日租界，日本人九井龙曾亲自出马，请他出山，李厚基不为所动，婉言拒绝。这一时期，对李厚基来说，是一个非常困难的时期，但是，他终于抵住了敌人的劝降利诱，保持了一个中国人的民族气节。解放后，李厚基被家乡定为开明绅士。
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