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克隆植物凤眼莲的入侵生物学研究数据分析

时间:2023-10-18 理论教育 版权反馈
【摘要】:取扩增产物10μL,在1.5%琼脂糖上,用3V/cm电压电泳约2h,经SYNGENE凝胶成像系统成像记录条带。根据不同样品同一分子量带的有无分别记为“1”和“0”。把所有样品同一分子量都具有的带所代表的位点,称为单态位点,其余均称为多态位点。同时,为了评价种群间的遗传联系,对RAPD和ISSR数据,利用软件NTSYSpc 2.02中的Jaccard系数计算各自样品之间的条带相似,并对样品间的遗传关系进行了UPGMA聚类分析。

克隆植物凤眼莲的入侵生物学研究数据分析

取扩增产物10μL,在1.5%琼脂糖上,用3V/cm电压电泳约2h,经SYNGENE凝胶成像系统成像记录条带。根据不同样品同一分子量带的有无分别记为“1”和“0”。把所有样品同一分子量都具有的带所代表的位点,称为单态位点,其余均称为多态位点。对于克隆植物凤眼莲,把具有相同带型的个体看作同一个基株,即同一基因型

实验中所得到的“1”和“0”组成的矩阵软件POPGENE 1.31(Yeh等,1993)分析种群遗传多样性水平,计算出多态性位点百分率(percent of polymorphic bands,PPB)、Nei's基因多样性(H)(Nei,1973)、Shannon信息指数(I)(Lewontin,1972)、Nei's遗传距离(D)(Nei,1978)等评价遗传多样性的指标。(www.xing528.com)

为了描述种群间的遗传结构和变异性,利用欧几里得遗传距离矩阵进行无参变量的分子变异分析(AMOVA,Excoffier等,1992),以ΦST来衡量种群之间的遗传分化程度。该软件的输入文件由AMOVA-PREP软件生成,显著性检验通过1000次置换进行。同时,为了评价种群间的遗传联系,对RAPD和ISSR数据,利用软件NTSYSpc 2.02(Rohlf,1998)中的Jaccard系数计算各自样品之间的条带相似,并对样品间的遗传关系进行了UPGMA(无权重配对算术平均数法)聚类分析(Sneath和Sokal,1973)。种群间遗传距离与地理距离以及RAPD和ISSR之间的相关性用Mantel测验进行检验(Mantel,1967)。

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