如前所述，人类肠道含有10万亿～11万亿细菌，包括500～1 500种不同的细菌。放线菌、厚壁杆菌、蛋白杆菌和拟杆菌是占优势的四个门类，并且已经定义了微生物物种的系统发育核心，该核心由存在于大多数个体中的66个操作分类单元（OTU）组成。管腔微生物群具有更大的多样性，它们比黏膜微生物群更紧密聚集。管腔菌群中固着菌和放线菌较多，黏膜菌群中蛋白杆菌较多。
肠道微生物群因不同种族而异，这种多样性可能反映遗传因素、人口问题（年龄、性别、社会经济地位）、生活方式特征（酗酒、吸烟、肥胖）和长期饮食不合理。在同一个国家的少数民族之间（农村与城市化）和国家之间（非洲与欧洲、跨欧洲和跨亚洲），肠道微生物群存在差异。长期饮食的性质可能是受社会经济地位影响的关键因素。
在肠道微生物的多样性中，有共同的功能和系统发育元素。这些共同元素对于个体的健康可能是必不可少的，因为肠道微生物可以产生短链脂肪酸，合成维生素，并帮助消化、新陈代谢和免疫防御。(www.xing528.com)
肠道微生物群对于肠道免疫应答的发展也是必不可少的，而肠道免疫应答又维持微生物群的耐受性。与野生型小鼠相比，无菌小鼠肠道固有层CD4＋T淋巴细胞较少，发育不良的派尔集合淋巴结较少，免疫球蛋白A产生较少，脾脏和淋巴结中T和B淋巴细胞缺乏组织区。通过引入脆杆菌，纠正了这些免疫缺陷。定植还可以诱导IL-10分泌的调节性T细胞（Tregs）的产生，可能是由于细菌分泌多糖A和直接激活Foxp3＋Tregs上的TLR-2所致。梭菌属的引入引起类似的变化。
新出现的证据表明，肠道微生物可通过激活TLR和促进肝脏内炎症小体的形成影响全身免疫应答。由抗生素、遗传因素或疾病（生物障碍）引起的肠道微生物组成的改变可通过克服或规避对共生细菌的正常耐受性反应来维持或增强先天和适应性免疫应答。细菌成分可充当抗原，刺激全身免疫应答或肠内原代免疫细胞，随后进入外周淋巴组织。微生物和宿主衍生的抗原之间的分子模拟以及抗原致敏的淋巴细胞混乱的靶向可能随后启动或加强遗传易感个体的自身免疫反应（图5-1，见彩图）。
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