两栖动物中大鲵（Andrias davidianus）为国家Ⅱ级重点保护动物，属于《濒危野生动植物物种国际贸易公约》（CITES）附录Ⅰ禁止贸易的物种。
爬行动物中蟒蛇（Python molurus bivittatus）为国家Ⅰ级重点保护动物，列入《濒危野生动植物物种国际贸易公约》（CITES）附录Ⅱ。
鸟类中有18 种国家Ⅱ级重点保护野生动物，分别为鸳鸯（Aix galericulata）、鹗（Pandion haliaetus）、黑冠鹃隼（Aviceda leuphotes）、黑耳鸢（Milvus korshun lineatus）、赤腹鹰（Accipiter soloensis）、松雀鹰（Accipiter virgatus）、白腹山雕（Aquila fasciata）、普通
（Buteo buteo）、白尾鹞（Circus cyaneus）、红隼（Falco tinnunculus）、游隼（Falco peregrines）、红腹锦鸡（Chry solophus pictus）、雕鸮（Bubo bubo）、领角鸮（Otus bakkamoena）、斑头鸺鹠（Glaucidium cuculoides）、短耳鸮（Asio flammeus）等。
兽类中穿山甲（Manis pentadactyla）、水獭（Lutra lutra）、大灵猫（Viverra zibetha）、小灵猫（Viverricula indica）、斑羚（Naemorhedus goral）、鬣羚（Naemorhedus sumatraensis）、猕猴（Macaca mulatta）、黑熊（Ursus thibetanus）为国家Ⅱ级重点保护动物。水獭列入了CITES 附录Ⅰ，穿山甲列入了CITES 附录Ⅱ。(www.xing528.com)
百花湖麦西河入湖口发现的桃花水母是一类濒临绝迹、古老而珍稀的腔肠动物，已有至少6 亿年的生存历史，是地球上最低等级生物之一。珍贵度可媲美大熊猫，被《中国物种红色名录》列为濒危物种。
本区重要脊椎动物的特征和生态分布如下：
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