弘治元年，娄谅（1422—1491）之子娄性（生卒年不详）奏请从祀宋濂、吴与弼（1391—1469）、杨士奇（1365—1444）、薛瑄和吴讷（1372—1457）等明儒。礼部以从祀孔庙之事“未可轻议”，而且“其间亦有徇私妄举者”为理由，建议孝宗皇帝拒绝了娄性的奏请。[8]此次申请被拒或许是因为娄性的名单未免太长之故。而礼部所谓徇私所指为何也不清楚，或许与娄氏和吴与弼之密切关系有关。无论如何，此次申请因为所举明儒太泛，且不为重视，就薛瑄从祀始末而言只是一个小插曲。
4个月后河南陕州籍的张九功（1478年进士）上请从祀薛瑄。从奏章的内容除皆涉及薛瑄外，其主要论述与娄性的奏疏均不相同，同时也没有其他证据显示2人是共谋此事的。关于从祀问题，张九功提出了2个要点。其一，已经在祀典中的荀况（？—前230）、马融（79—166）、王弼（226—249）以及扬雄（前53—18）都应该被逐出。其二，当代真儒，即薛瑄，应该从祀。观张九功的奏章，他并没有直接回应刘定之的评语，所持薛瑄应该从祀的理由与李伸相近。可是有一论点倒是新提出的，即洪武与宣德年间，董仲舒（前179—前104）和吴澄（1249—1333）均已从祀，而薛瑄既然“无愧二子”，就应该允其从祀。[9](www.xing528.com)
与此同时，侍讲学士程敏政（1445—1499）亦就哪些祀典中的儒者应该罢祀和一些祀典中的其他问题提出看法。程敏政是疏其实并没有要求任何人从祀，也未提及薛瑄之名。由于罢祀问题非同小可，孝宗皇帝令诸衙门一并讨论。就薛瑄从祀问题，礼部在回复中重复了刘定之“明道著书尚未若黄干、辅广之亲承微言；金履祥、许谦之推衍绪（诸）说”的意见，从祀之请再次被拒。[10]值得注意的是，拒绝薛瑄从祀的原因首次被简约为“明道著书”上的不足。
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