FMT能重塑正常菌群平衡，恢复定植抵抗能力，进而治疗CDI。慢性感染CDI的小鼠，其肠道菌群多样性降低，炎症因子水平上升，丁酸水平降低。尽管万古霉素能抑制C.difficile，一旦停用万古霉素，C.difficile水平又恢复至治疗前水平。FMT能恢复肠道菌群多样性，增加丁酸合成菌如Lachnospiraceae的比例，提高SCFA，降低肠道通透性，从而降低CDI严重程度。
Gough对来自于发表的论文、会议投稿和未发表的数据的317名接受FMT治疗的RCDI病人进行了统计。其中输注途径包括通过下消化道的灌肠（35%），结肠镜（42%）和通过上消化道的灌注（鼻胃管或鼻空肠管）或胃镜（23%）。不同指标的比较结果如下：下消化道（89%～96%）输注优于上消化道（76%），亲属供者（93%）优于非亲属供者（84%），女性供者（100%）优于男性供者（86%），自来水（97%）稀释优于盐水（86%），FMT灌注液超过500 ml（97%）优于灌注液少于500 ml灌注液（80%）。虽然这些结果具有启发性，但因其缺少对照组，故不能得出确切的结论。尽管各研究具体细节各有不同，但FMT能治愈92%的RCDI病人。经历1次FMT治疗，89%的病人症状得以缓解，但4%的病人出现CDI复发，87.5%的病人在经历多次的FMT治疗后可得到缓解。2013年，Kassam也发表了相似的综述，但这次所选取的文献都是发表的，且样本量至少包括10名病人，结果与第一篇综述相似，89.7%的CDI病人经过FMT治疗后缓解，亚组分析提示FMT经下消化道输注的缓解率高于上消化道（91.4%vs.82.3%）。2013年，Van Nood及其团队首先进行了FMT治疗RCDI的RCT研究，粪便样本是通过十二指肠镜输注。病人被随机分成三组，分别为万古霉素5天治疗后进行FMT（n=16），万古霉素单独使用14天（n=13），或万古霉素使用14天伴灌肠（快速聚乙二醇溶液灌肠）。效果评估是腹泻症状消失为治愈或持续腹泻但3次连续的粪便检测C.difficile毒素阴性。这项研究提前中断了，因为FMT组94%病人治愈，其它两组治愈率分别是31%和23%。在一项由Youngster进行的试验中，病人被随机分成结肠镜或鼻胃管植入组，材料为冻存的粪便。每组10名病人，不同输注途径组无显著统计学差异。随后，他们又进行了一项研究，利用冷冻的粪便胶囊治疗20名反复多次发作的CDI病人及万古霉素治疗失败大于2次的重度CDI住院病人，最终总有效率可达90%。FMT能成功治疗RCDI，引起了人们治疗初发性CDI和严重CDI病人的兴趣。(www.xing528.com)
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