截至2006年，分析DNA的仪器——新一代测序仪（第二代测序仪）投入使用，能够同时对数千万个随机切分出的DNA片段的核酸序列进行分析。过去的测序仪只能分析线粒体DNA，而新一代测序仪还能分析核DNA。
2010年，研究者公布了一项研究成果：通过对三个尼安德特人开展DNA分析，复原出了他们基因组（所有遗传物质的总和）的大约六成信息。将非洲人、欧洲人和亚洲人的基因组与尼安德特人对比分析，结果显示，尼安德特人与非洲人的基因组在种类上有着巨大差异。
过去，科学家们推算尼安德特人和智人的分歧点大约在80万年前。而线粒体DNA的分析结果显示分歧点在60万年前，结果相当接近。
◆走出非洲的智人前往世界各地
如果尼安德特人的确是在这一时期和智人产生分歧的话，非洲人、欧洲人和亚洲人的基因组与尼安德特人基因组的差异应当差不多。但实际上，非洲人、欧洲人和亚洲人中，只有非洲人与尼安德特人有很大差异。假设走出非洲的智人在那之后和尼安德特人混血，并前往亚洲和欧洲生活的话，便能够解释这个现象。如此一来，欧洲人和亚洲人在非洲人之外还继承了尼安德特人的DNA，所以彼此之间的差异会更小。
通过这一发现，我们可以认为尼安德特人并没有灭绝，而是将DNA留存在我们现代人类体内了。
在不久前，人们还普遍认为“走出非洲的智人驱逐了尼安德特人和原人的后代，占领了全世界”，但到了现在，我们已经有必要对非洲起源学说进行部分修正了。
2014年开展的高精度尼安德特人DNA分析证明了，即便考虑到个体差异，在现代人类体内还是遗传了1%——3%的尼安德特人基因。日本人也有百分之几的尼安德特人基因。
和智人混血的古代人类不仅只有尼安德特人。2008年，在俄罗斯西伯利亚的“丹尼索瓦洞穴”里，发现了很小的骨骼碎片。根据放射性碳定年法测定，这是4万年前的化石。在2010年开展DNA分析时发现，这具化石与尼安德特人、智人都不相同，便被命名为“丹尼索瓦人”。丹尼索瓦人曾在长达数万年的时间里和尼安德特人、智人共存。(www.xing528.com)
欧洲或东亚的智人并没有得到丹尼索瓦人的DNA遗传，但东南亚原住民、巴布亚新几内亚和澳大利亚原住民身上带有5%左右的丹尼索瓦人的基因片段。这些地区的原住民是最初来到东南亚和澳大利亚的智人的后代，可能他们和已经生活在那里的丹尼索瓦人产生了混血。
就这样，智人在6万至7万年前开始“走出非洲”、走向全世界的简单构想土崩瓦解。尼安德特人、丹尼索瓦人和智人在大约80.4万年前从共同祖先产生分歧。在大约60万年前，尼安德特人和丹尼索瓦人产生分歧。
与此同时，智人经历6万至7万年前的走出非洲时代，在数万年前在世界各地扎根栖息，虽然分为非洲人、亚洲人、欧洲人、美拉尼西亚人，但除了非洲人以外，都是智人和尼安德特人或丹尼索瓦人的混血。
混血使得智人获得了不同的基因，其中也包括有利于生存的基因。例如，有学说认为智人从尼安德特人身上继承的DNA能够提高免疫力。
如今，在我们现代人类内部并不存在足以分出种或亚种的差异，也有人类学家认为“把人类按照人种分类是没有生物学依据的”。因此，所谓的人种是将身为同一种生物的人再进一步细致划分的概念，是人类学家根据人类的体格、皮肤颜色、毛发等能够遗传的身体特征划分的。例如，鸡被认为创造出了许多品种，这些品种就相当于我们所谓的人种。
人种的区别是不同人类群体彼此独立繁衍的结果，同时受到地理环境的影响，长年累月下来便以特征的形式呈现，能够为人所区别。
必须提醒大家的是，以肤色、瞳孔颜色等特征作为划分标准，将人类分为不同种类的人种概念，在现今生物学领域有观点认为这是无效的。从针对人类的基因组分析来看，各个人种的基因组成也并无差别。
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