公元前213年，秦始皇已将北疆拓展到内蒙包头，将南疆拓展到广西、广东，及越南北部，为此增设一批郡县，兴高采烈地“置酒咸阳宫”[17]，尽情享受群臣的歌功颂德。博士淳于越在席间大唱反调，提出取消郡县制度，恢复封建诸侯的旧制。丞相李斯认为：“私学而相与非法教（私学一起反对法制教化的政策），人闻令下（他们一听说法令下达），则各以其学议之（就以各自的学说加以评论），入则心非（进入朝堂时心存不满），出则巷议（退出朝堂后又鼓动街谈巷议），夸主以为名（欺骗君主以盗取名誉），异取以为高（标新立异自以为高明），率群下以造谤（带头制造谣言）。”[18]他要求：“请史官非秦记皆烧之（清理出秦国史记之外的书籍全部烧毁）。非博士官所职（除担任教职的博士之外），天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之（全部责令郡守、郡尉一起烧毁）。有敢偶语诗书者弃市（在集市上公开斩首）。以古非今者族（灭三族）。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦（处以脸上刺字的墨刑并罚做筑城的苦役）。”[19]秦始皇采纳李斯的意见，下令焚书，“所不去者（不焚毁者），医药卜筮种树之书”[20]，史称“挟书律”。(www.xing528.com)
公元前212年，奉命寻求仙药的侯生、卢生因无法交差，只好归罪于秦始皇“贪于权势至如此，未可为求仙药”[21]，同时选择逃亡。秦始皇联系到咸阳书生“或为妖言以乱黔首（有人制造谣言蛊惑民众）” [22]，一气之下下令逮捕不法书生。书生们经不住刑讯，“传相告引，乃自除犯禁者四百六十余人，皆坑之咸阳”[23]，这就是中国史籍首次记载集体屠杀读书人的暴行，史称“坑儒”。秦始皇的长子扶苏因为持有不同意见，也被逐出咸阳，调到上郡（陕西榆林市）充当蒙恬所部边防部队的监军。秦始皇焚书坑儒，是要排除不同政见，压制读书人的议论，维护统一的中央集权，这对私学的发展打击很大，被视为中国文化史及教育史上的倒行逆施，但正如后人所言：“坑灰未冷山东乱，刘项元（原）来不读书。” [24]由此可见，尽管读书人能够影响社会舆论，但决定历史走向者并非只是读书人。
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