现在，在分子生物学和分子遗传学时代，我们把一个基因座上的能发挥功能的基因叫做显性基因，而在同一基因座上（别忘了，一对染色体有两个同样的基因座）不能发挥功能，或者所发挥的功能不及前一个基因强、因而被其掩盖的基因，叫做隐性基因。 “发挥功能”指的是合成有功能的蛋白质，或以其他方式起调控作用，如玉米的Ac和Ds基因通过“跳跃”方式的调控作用，等等。 例如人的各种酶，包括细胞内的酶和分泌出细胞的酶，它们的基因都是显性的。 调控人体内各种代谢的功能蛋白质的基因，也是显性的。 而有些基因虽然与显性基因处于同一个基因座，但是结构上与那些显性基因有所不同，因而产生的蛋白质功能比较弱，这些就属于隐性基因。 这些隐性基因中，有的是突变了的原显性基因，有的是在进化过程中形成的没有功能的基因（叫“伪基因”）。
显性基因只要有一个等位基因表达出来、而另一个与它不同的等位基因不表达或表达较弱（对该基因“杂合”），就能显现出特定的表型。 而隐性基因因为不表达功能蛋白质，或表达的功能蛋白质活力很弱，单独一个等位基因表达不足以形成表型。 只有和它对应的那个显性等位基因不表达时，或是这个基因座上的两个基因都是相同的隐性基因时（对该基因“纯合”），才会形成表型，而且形成的只是缺乏那个显性基因时的表型。例如，如果在一个基因座上有一个使花朵开红花的基因，还有一个产生无色物质的等位基因。 那么，如果在这株花的后代植株上，开红花的基因是“好的”——能合成红色色素，那么不管它的等位基因表达不表达，这朵花一定是红的。 但是如果红花基因发生突变不能表达红色色素了，在后代植株上这个基因座上将只剩下表达无色物质的基因在表达，那这朵花只能是无色（白色）的。 前一种情况就是显性遗传，后一种情况是隐性遗传。(www.xing528.com)
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