既然PCR那么值钱，它究竟有哪些用途呢？
PCR的第一项用途，就是从极少量的DNA“生产”大量超级纯的特定的DNA片段，例如一个基因。 使用PCR，可以从几万个到几千个细胞所含有的DNA，分离纯化足够用于分子克隆的一个完整基因。 这是发明PCR之前根本不可能的事。 这极大地简化了分子生物学和分子遗传学的研究工作。
PCR的一项重要用途是在医学上用于鉴定与遗传病有关的基因突变，做法是对受试者的细胞DNA（最常用口腔的脱落细胞）进行PCR扩增，扩增的是其中的特定DNA片段，然后对该扩增后的片段进行序列测定。 从序列测定的结果就可以判断是否存在可能引起遗传病的突变。PCR可用来诊断一些恶性肿瘤，据说这样的诊断灵敏度比其他方法高一万倍。 在器官移植时，PCR被用来鉴定组织的分型，还有人建议用PCR代替常规的抗体反应来做器官移植前的配型。 在胚胎发育早期，为了检查胚胎是否患有将严重影响胎儿成活或出生后正常发育的遗传病，也可以用PCR，此时只需要极少量的羊水或绒毛作为样品，甚至少量在母体血流中循环的胎儿细胞也可拿来做PCR检查。
PCR又一大用途是特种传染病的诊断和治疗。 有些微生物如黏细菌、厌氧性细菌或病毒等，很难人工培养或在培养中生长很慢，这时用PCR就能方便地鉴定它们。 PCR还能鉴定不同菌株中的不同基因，以此区别致病性菌株和非致病性菌株。 希特斯公司的研究人员（包括莫里斯）已研发出一种PCR检验方法，可以检查出少至人的5万个细胞里才有一个的HIV（艾滋病病毒）［3］。结核病病菌不易从病人处取得样本，在一般实验室也生长不起来；以PCR为基础的检验却能从普通医学样品中检出少量的结核病菌，包括活菌和死菌。 PCR还被用来快速检验微生物的药物抗性，使得可以迅速对病人开展有针对性的治疗。(www.xing528.com)
PCR还在亲子关系鉴定和法医学检验中起着不可替代的重要作用。关于这些，我们将留到下几章去说。
最后提一下，在考古学界，有的科学家想利用PCR来扩增远古时代人类和动植物化石中可能还有的DNA。 甚至有些想象力丰富的人还设想通过PCR来重新克隆恐龙之类的古生物。 不过，直到现在这些探索还没能成功。
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