天启六年（1626），这一年是丙寅年，明朝天启年间发生的“丙寅之祸”，指的就是这一年的事。当时，黄宗羲十七岁。
这一年，黄尊素与左都御史高攀龙、吏部文选员外郎周顺昌、谕德缪昌期、湖广巡抚周宗建、监察御史李应升、右佥都御史周起元共七人，被称为明朝的“后七君子”，被太监魏忠贤所害。
后来，崇祯皇帝即位，立即对他们进行平反昭雪，朝廷一一赠予他们谥号：黄尊素，谥忠端；高攀龙，谥忠宪；周顺昌，谥忠介；缪昌期，谥文贞；周宗建，谥忠毅；李应升，谥忠毅；周起元，谥忠惠。这是后话，暂且不提。
到天启六年（1626）三月为止，高攀龙、周顺昌、缪昌期、周宗建、李应升、周起元，先后被逮捕。
魏忠贤派人到苏州逮捕黄尊素，派去的人被苏州百姓痛打，连“逮捕令”都丢失了。这时，黄宗羲正好赶到绍兴府城，黄尊素也来到绍兴。黄尊素对刘宗周说，自己准备亲赴京城投狱。
刘宗周在寺院设酒席送行，黄尊素命黄宗羲跟随先生刘宗周学习，并把自己的次女许配给刘宗周的孙子刘茂林。一切安排妥当，黄尊素起身，千里赴锦衣卫监狱。
五月初六日上午九时，位于北京城西南隅的王恭厂火药库附近区域发生离奇的大爆炸。原因不明，现象奇特，灾祸巨大，自古至今从未有过这种情况。
这年正好有闰月，是闰六月。闰六月的初一日，黄尊素知道自己即将被魏忠贤所害，于是北向叩头谢君主，南向叩头谢父母。
黄尊素想到自己为官十年，政绩平淡，也谈不上优劣，虽有一腔刚直，却总是遭受殃祸。黄尊素想到了家乡，想到了家乡的钱塘江，又想到春秋末期的伍子胥。吴王夫差用“属镂”这把宝剑，逼伍子胥自杀。伍子胥说：“我死后，把我的眼睛挖出，挂在东城门上，我要亲眼看看越王勾践攻城的情况。”五月初五，吴王夫差把伍子胥的尸首用鸱夷革裹着，抛于钱塘江中。想到这些，黄尊素写下了一首七律：
正气长留海岳愁，浩然一往复何求。
十年世路无工拙，一片刚肠总祸尤。
麟凤途穷悲此际，燕莺声杂值今秋。(www.xing528.com)
钱塘有浪胥门目，唯取忠魂泣属镂。
这一天，黄尊素被魏忠贤秘密地杀害于锦衣卫监狱。他的临终诗高亢激越，正气凛然，让太监胆寒。最后两句，以伍子胥的典故表达了自己受冤而死的激愤心情。
死讯传到余姚，黄宗羲母亲痛哭至晕厥。黄宗羲劝解，母亲说：“你想劝我的话，就不要忘记你祖父挂在壁上的这句话啊。”
原来，黄宗羲的祖父曾经大书“尔忘勾践杀尔父乎”八字，挂在壁上。
春秋时，吴国兴兵攻打越国，越王勾践打败吴兵，打伤吴王，吴王临死前对夫差说：“你会忘记勾践杀了你的父亲吗？”
黄宗羲受教痛哭。他勤奋学习，冬天，书窗油盏的灯芯，时吐青珠，青珠比菜籽还要细，坚不可破，一整夜下来，这种青珠积起来可得“圭撮”（古代两种很小的容量单位）。像这种灯芯吐青珠的情况，持续了一个月多。
有人说：“这是草舍利。”高僧火化后有舍利子，这是油灯燃烧后的草舍利。
黄尊素去世后，其举荐为孝廉的吴县人金浑，最先到黄宗羲家吊唁。金浑与徐石麒、朱天麟，都是万历戊午科的举人。戊午，即万历四十六年（1618），江南乡试时，黄尊素是分房阅卷的官员，这几个人都是黄尊素录取的。
金浑来吊丧，痛哭而去。后来，金浑担任英德县知县，为国殉难。
黄尊素被害的第二年，黄宗羲十八岁。这一年，嘉兴人徐石麒渡江来吊丧。临行时，对黄宗羲说：“学不可杂，杂则无成。毋亦将兵、农、礼、乐以至天时、地利、人情、物理，凡可以佐庙谟、裨掌故者，随其性之所近，并当一路，以为用世张本。”这好比是苏东坡教秦观多看实用之书的意思。
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