抗战胜利后，许多曾在敌伪政府或机关服务人员，自知犯下罪行，将要受到正义审判，因此大多选择躲避或者流亡。陈焕镛亦预知其将有麻烦，但还是可以澄清，所以选择留下。假如主动离开，即说明附逆为实，不证自明，此其一也；其二，他乃纯粹学者，保存这些标本目的实为中国植物学事业，亦包括其本人之研究事业，他不能离开这些研究材料。反过来说，假若他能舍弃这些标本，早就一走了之，何必在抗战之初自己出资迁运；香港沦陷，又何必冒险与伪政府合作。陈焕镛内心经受怎样煎熬，是局外人难以体会的。
陈焕镛不能走，只能静待将要发生的一切。1945年10月11日，日军投降后不久，中山大学已开始在广州复员，陈焕镛致函重任农学院院长的邓植仪，简述农林植物所在抗战时期曲折经过，最后云：
数年以来本所同人闭户读书，埋头研究，对抗战工作愧无建树，然保存本所文物，自谓尽心。八月中旬，暴敌降服，喜讯传来，镛与同人等如囚出狱，重见天日，合率领所内员工检点标本、图书、仪器等归还本大学，俾解除责任，听候处分。仅将本所文物历次脱险幸获保存之情形，连同经过记载，录备两份，随函奉呈鉴察。请烦转校长查核，并派员来所接收。[1]
从陈焕镛“听候处分”可见其自问无愧而又忐忑不安之复杂心理。在随函所附《国立中山大学农林植物研究所保存文物经过记载》中，表述则更加明白，
其云：
镛等多年之含苦茹辛，身肩本校暨中华教育文化基金董事会以及科学界之保存文物重大使命，至此如囚出狱，死里昭苏，仅率全所同人，将全部豪末不损之标本、图书、仪器等向我校当局自首，藉明心迹，表我愚诚，功罪是非，默候拟处，尤盼早日派员接管，以卸仔肩，俾获恢复数载之疲劳，而得片刻之喘息，感甚幸甚。[2]
中山大学农学院接管伪广东大学植物研究所，将其与蒋英在栗源堡所创植物所合并，并恢复“中山大学农林植物研究所”之原名。中山大学校长金曾澄有鉴于陈焕镛一片苦心，于11月派人来康乐植物所造访陈焕镛，以致慰问，并携带聘书函件，继续聘任陈焕镛为农学院教授兼农林植物所所长。与此同时，12月19日农学院全体教授联名呈函教育部，请给予陈焕镛以奖勉。翌年1月24日教育部复函云：“关于奖勉陈焕镛一节，候奖励办法颁布后，再行办理。”
但是，金曾澄在聘任陈焕镛不久，却接教育部特派员张云来函，称：“依照教育部收复区专科以上学校教职员甄别办法第三条第四项‘曾在敌伪专科以上学校担任教员或重要职务者，不得继续任教育工作’，该陈焕镛不得聘用。”[3]与此同时，以张云为负责人之教育部广州区教育复员辅导委员会致公函于中山大学，也以此督促中大照办。张云与中大渊源深远，有留学法国背景，1927年回国在中大设立数学天文系，为理学院元老，1941年7月曾一度代理校长。其与朱家骅关系密切，此时，朱家骅任教育部长，委其为广州区特派员。中大校长金曾澄未及处理陈焕镛事，便已去职，改由王星拱继任。
王星拱到校后，邓植仪于12月31日就陈焕镛事件始末呈函相告，言明其对此事意见，并转呈此前陈焕镛所作报告：
查所称各节与及经过之记载，确属实情。该员忍辱负重，历尽艰危，完成本校原许之特殊任务，保存该所全部文物，使我国之植物学研究得以不坠，且成为我国植物研究机关唯一复兴基础，厥功甚伟，其心良苦，其志堪嘉。理合检同原记载两册，随文送请察核办理并转呈教育部察照，以明其志为荷。
图4－1 1942年秋吴印禅在中央研究院西北史地考察团
但是，王星拱还是于1946年5月底将陈焕镛职务解聘，并将植物所从农学院改隶于理学院，聘任理学院教授吴印禅任所长。吴印禅（1902—1959），字韬甫，江苏沭阳人。1928年毕业于武昌高等师范学校生物系，同年9月被聘为中山大学生物系助教。1934年五月赴德国柏林大学学习，从事植物区系研究，并在柏林植物博物馆从事研究。1940年回国，任中山大学生物系教授。1941年至1945年任同济大学教授，兼任生物系主任，理学院代院长。1946年回中山大学任教。曾编写《植物分类学》讲义，并著有《广西大瑶山水龙骨科植物》等著作。
解聘陈焕镛之后，教育部广州区专科以上学校教职员甄审委员会及中山大学工学院院长陈宗南向广东省高等法院指控陈焕镛曾担任日伪广东大学教授和日伪国际宣传局局长。陈宗南为中山大学理学院之旧人，曾任院长，此任工学院院长。在陈焕镛受到追查期间，中大理学院教授任国荣向陈焕镛转达朱家骅意见，劝其出国，以避风头。在此之前，1946年1月哈佛大学阿诺德树木园主任梅尔为陈焕镛申请到在该园工作一年之经费。然而，陈焕镛不愿离开广州，哪怕香港、澳门也不曾涉足，否则他认为有畏罪潜逃嫌疑，只能静待审理结果，他主动往法院自首，乞等判决。在等待判决时，陈焕镛备受煎熬，在致梅尔函中，忍不住有所流露：“在那刚刚度过的忧虑不安的4个年头中，我常常想念着您。现在我的生死关头日渐临近，但我从您对我的工作加以赞赏的意念中获得安慰。……我过于脆弱而难以拟制感情，当我提取笔来都在我心里汹涌起伏。”[4]
攻击陈焕镛者主要来自理学院，其目的是将植物所纳入理学院管理；当目的达到后，还要追加陈焕镛汉奸之罪。此中深层原因，是植物所成立之初，一直在农学院与理学院之间摇摆，尤其在抗战开始时，陈焕镛被任命为理学院院长兼生物系主任，将理学院一些标本、图书归并于植物所中。
对陈焕镛之指控，农学院不能坐视，当负起道义责任，为之辩白。于是，1946年12月23日农学院院长邓植仪致函广东高等法院检察处首席检察官，要求对陈焕镛作不起诉处分。27日，邓植仪率领农学院全体教授又联名致函该首席检察官，作同样之请求。此两函文字大多相同，摘录不起诉之理由部分，有助于对陈焕镛案有更深入之理解。
陈先生秉承教育部暨本校以及本学院设法保存科学文物之意旨，在前复能舍身毁家，完成目的；于后其忍辱负重，委曲求全之苦心与事实，可谓罕有其匹，虽因当时困于敌伪压迫之下，为求达成其特殊任务起见，尝忍受其聘约。然详考其动机与一切行动，暨所率领员工十四人绝不参加其他敌伪工作之真实经过，实纯为保存国家文化之元气，绝无负面作用。核与其他附逆者迥然不同，事实俱在，彰彰可考，是非已清，功罪自能分判。
假若当时本院院务会议能议定一切实可行之具体办法，由校函知陈先生照办，则陈先生当不至困守标本、图书直至香港沦陷，终至于为保存标本图书不得不忍辱而就伪校诸职。追究实因，当时教育部训令校长妥筹保管办法，而校长、农学院同人等均举手无措施，无确切之处理办法，率将妥筹保管之重大责任独加于陈先生一人之身。今标本图书幸获无恙，而陈先生则反被列为汉奸检举，同人等抚心自问，实亦与有责焉。且惩治汉奸，均是有明文，虽将陈先生保存标本图书之功置诸不论，陈先生只在伪广东大学每周任教授二小时之植物分类学而已，其他绝无任过任何伪职，更绝无做过任何有利于敌伪或不利于本国人民之行为，其用意只是保存本校之标本图书，按之惩治汉奸条例，固在不罚之列；律之处理汉奸条例，亦非在必须检举之范围。因特函请鉴核，敬祈对陈先生之汉奸嫌疑案，予以不起诉处分，冀可有慰陈先生忍辱负重、保存公物之苦心而维公道，无任盼祷。[5]
邓植仪明确承认中山大学乃至农学院之于植物所标本、图书本应负保管之责，在危急关头却束手无策，才导致陈焕镛选择与伪政府合作。邓植仪敢担当、重道义，令人敬佩。此函联署签名者有张巨伯、丁颖、利寅、蒲蜇龙、林亮东、利翠英、张农、王仲彦、吴恺、侯过、梁澄、冯子年、邓植仪、侯宽昭、谢申、蒋英、余蔚英、周文衡、黄枯桐、温文光等34人，均农学院人士。邓植仪率领农学院人员除作公开之呼吁外，还敦请中大前任校长金曾澄、中大法学院政治系主任薛祀光等人向法院为陈焕镛斡旋。(www.xing528.com)
图4－2 邓植仪
与此同时，在美国之梅尔也致电致函美国驻华大使，希望大使馆向国民政府教育部转达其对陈焕镛案的关切。电文曰：“确实知道陈焕镛为中大和中国做了出色的工作，我代表阿诺德树木园、哈佛大学和其他美国植物研究机构，要求教育部妥善考虑这一事件。”[6]其函则说明他与陈焕镛已有25年密切交往，完全知悉其为人为学，保存植物标本，则集中表现陈焕镛诚实、坚毅和毫无自私之精神。梅尔在致函于美国驻华大使馆同时，也将该函抄送给陈焕镛。陈焕镛将梅尔此函及其他几份文件作为证明材料，摄影复制并翻译成中文，寄给几位有影响的人物，包括广东省高等法院检察官。这些文件使他们有所震动，认识到一个中国研究机构在国际科学界受到高度重视，也影响到他们对植物研究所之认识。
图4－3 梅尔
当法院开庭审理之日，植物所代理所长吴印禅及其他员工侯宽昭、陈淑珍、何椿年、李仲洛等人陪同陈焕镛出庭。关于庭审经过，陈焕镛如是说：“公审时，庭长问：有人控告你为汉奸，在日伪占领广州时，做过日伪宣传局长。我回答：我没有做过日伪的国际宣传局长。我不知道有这个机构。庭长说：经过调查，确实没有日伪国际宣传局这个机构。”[7]李仲洛言：“陈焕镛因精神一时过于冲动，乃请求检察官准予委托李仲洛代将情况申述并作答辩”。[8]其后不几日，1946年12月30日广东高等法院检察官吴念祖、书记官司徒星作出“不起诉处分”的判决，节录如下：
依惩治汉奸条例第二条、第三条规定，以有通谋敌国或凭藉敌伪势力，为有利敌伪或不利本国或人民之行为，始能论罪。本案被告陈焕镛虽经承认曾任伪广东大学植物研究所所长兼特约教授，讲述植物分类学，但核其所负任务性质，仅在研究植物科学或为学理上之讲述，已无政治经济意义，又非宣传奴化教育，复无其他犯罪行为，谓为通谋敌国，固嫌无据；指为有利敌国或不利国民亦属不当，自难因其曾任伪职即以论罪科刑。中大农学院院长邓植仪暨黄枯桐等三十四人先后来函证明，该被告出任伪职之动机纯为保存文物而起，其情亦无不可原。
至谓被告任伪国际宣传局长，讯之被告，固不承认，票传告发人陈宗南，又不到案质证。复查敌人所编之华南商工人名录及广东省党部编印之广东省伪机关人员调查录，亦无被告任国际宣传局长之记载，且无此机构，从而告发人指控被告任此项职务即难采信。基上理由，被告之犯罪嫌疑，委有不足，爰依惩处汉奸条例第一条、第五条，刑事诉讼法第二百三十一条第十款规定，予以不起诉处分。[9]
判决之后，陈焕镛致函梅尔，道出其心情：“我们曾走过死亡的幽谷，而现在我感觉疲乏而又烦恼。这是我一生中的转折点？是否已达到顶峰，再不能高攀，而只有走下坡路呢？我不知道。或者前面是否还有更高的山脊隐藏在云雾中？我感到茫然。”[10]经此事件，陈焕镛身心受到摧残，开始嗜酒，甚至影响到健康。
判决后，告发人陈宗南反为诬告，被法院通缉。至于最后如何处置，则有不知。陈焕镛案至此总算得到公正处理，1948年6月陈可忠任中大校长，重新恢复陈焕镛所长之职。但1949年6月，张云复掌中山大学，来校视事不几日便又下令撤去陈焕镛植物所所长，由副所长吴印禅担任。陈焕镛再受其侮，愤然离开广州而赴香港。其时，国民党已节节败退，当获悉共产党即将夺取政权，华南将被解放，陈焕镛由香港赶到广西桂林，等候新政权到来。
60多年后之今日，再回首所谓陈焕镛附逆案，显而易见，不仅无罪，而是有功，无须法院审理即可作出判断。抗战胜利后，林汝珩也认为其对陈焕镛保存标本有功，在逃至香港时，曾有一函致陈焕镛云：
□□[11]先生惠鉴：
自别□颜，瞬经一载，仰望□□，神驰不已。弟以过去关系，将受国法之裁判，惟所颁条例，如曾作有利于民之事者，则可宽减。窃思弟于香港之际，曾冒险赴港，救援正在艰危饥困之侨胞五千余人，运□险境，加以接济；而当时流落在港之植物标本，在我国学术上有重大价值者，更与兄尽心竭力，设法取回，得免为敌所损毁。此两种事实，望吾兄深知，恳请加以证明，俾生效力。素仰兄见义勇为，而昔年患难，相从相知有素，想必能俯念，予以救援也。兄知交甚多，均盼设法维护，进行营救，实不胜感祷之至。
敬请
大安
弟 林汝珩 谨上[12]
陈焕镛接到此函时，本人正在接受“汉奸”指控，自顾无暇，又怎能对林汝珩有所关顾，故置之未曾理会。
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