祁连山区是一个结构庞大、功能多样、不断演化的复杂系统，对于保护与修复工作应综合考虑自然因素和人为因素双重作用的影响及其相互间的耦合影响。
在全球变化的大背景下，全球变暖是目前全球变化中最严重的环境问题，祁连山作为西北地区对气候变化敏感、生态环境脆弱的地区之一，其气候和生态环境发生类似变化。气温上升导致冰川加速消融，雪线上升使祁连山生态保护面临严峻的局面。
图8 祁连山排露沟流域气温年际变化图（1994—2012）
气候变暖造成的生态退化在加剧。气温和降水是影响冰川消融、冻土冻融的因素之一，同时也影响着降水形态以及河川径流的组成。根据祁连山水源涵养林研究院的地面气象站监测数据，从1994年到2011年间祁连山排露沟流域年均气温和年均降水量的变化均存在一定幅度的波动，但总体趋势是一致的，气温呈现出持续的增温态势，降水表现为缓慢增加的趋势，气温持续增高可以加速水循环，强化局地对流，而降水的增加反过来抑制气温的上升。从图8可以看出，年均气温0.6—2.6℃，平均为1.7℃，平均每10年上升0.23℃，已上升0.46℃。从图9可以看出，年均降水量374.06mm，平均每10年上升约为18mm。有研究表明，温度升高是中国冰川面积减少的根本原因，冰川面积变化对气温变化更为敏感。当冰川面积占到流域面积的5%以上时，冰川变化引起的冰川融水将对河川径流产生显著影响。虽然祁连山排露沟流域年均降水量增加了，但仍会引起冰川的消融，主要原因是夏季温度上升会导致冰川消融增强、冰川积累区面积减少，同时夏季温度上升会引起高海拔地区液态降水的增加，使得冰川消融量增加，积累量减少，且冬季的积累量不足以弥补冰川物质的亏损，使得冰川退缩速度加快。祁连山冰川退缩的加速，会直接影响其水源供给和生物多样性保护。
图9 祁连山排露沟流域降水年际变化（1994—2012）
祁连山排露沟流域多年冻土监测结果显示：近16年来季节冻土最大冻结深度减少了27cm。近20年排露沟流域河川径流量平均为166.7mm，流域河川径流呈波动性上升趋势，上升速度约为每年1.8mm。冻土退化释放了储存的水分，因此短时间内可以增加河流径流量，但长期的消融大于积累，将导致冰川退缩乃至消亡。冻土退化还会导致地下水位下降，引发生态系统演化和植被类型更替，加剧草地退化和沙化。气温上升导致冰川加速消融，雪线上升使祁连山生态保护面临严峻的局面。根据中科院卫星遥感资料，对比分析2007年1月29日与2016年1月31日祁连山区积雪面积。结果表明祁连山东段积雪面积减少了6.5%，中段减少了8.7%，西段减少了18.6%（图10、11）。冰川消融、冻土冻融等一系列自然环境变化进一步加剧了祁连山生态环境恶化。
图10 祁连区2007年积雪面积图 (www.xing528.com)
图11 祁连区2016年积雪面积图
历史性的矿山探采、水电开发项目与现行生态保护政策相矛盾；祁连山保护区设立于1988年，历经4次调整，最终确定边界范围是2014年，但在20世纪70年代以后已经有大量的矿山探采、水电开发项目获批建设。依照当时的政策规定，绝大部分企业属于合法经营，且已投入了大量的资金，但按目前的《自然保护区条例》和政策法规，一部分企业处于保护区范围内，甚至在缓冲区和核心区范围之内，致使生态保护政策陷入多目标紊乱状态。
部分地方和部门没有站在政治和全局的高度深刻认识祁连山生态保护的极端重要性，片面追求经济增长和显绩，在贯彻落实党中央决策部署上作选择、搞变通、打折扣，长期存在生态环境为经济发展让路的情况，从综合管理部门到具体审批单位，责任不落实、履职不到位问题比较突出，不按法律规定程序报批、核准、验收生产建设项目，以致在保护区内随意设置探矿、采矿、旅游、水电等一些违法违规项目畅通无阻。
生态保护是一项复杂的系统工程。祁连山保护区在行政区划上地跨武威、金昌、张掖三市8县（区）及山丹马场，县与县之间经济、社会发展差异性较大，统一的政策推行起来有一定的困难。一山跨两省且管理体制不对等，祁连山在甘肃省境内是国家级自然保护区，在青海省境内又是省级自然保护区。山丹马场地跨甘、青两省6县，隶属于中国农业发展集团有限公司，企业经营与生态保护矛盾突出。另外，祁连山的管理属于多重管理，行政管理权分散、职能相互交叉，保护区内中的大部分资源，如林地、草地、水域、耕地、矿产、森林、未利用地等涉及环保、农业、林业、气象、国土等多个部门管理。但由于各部门之间缺少沟通和协调，缺乏统一土地利用规划、有效的管理机制和专门有话语权的管理部门，对保护区内环境资源的利用方向和目标不一致，不同部门采取的政策措施与制定的规划相互冲突，审批和管理脱节、未批先建等问题的存在，致使祁连山保护区掠夺式开发造成的重大生态污染和破坏。
祁连山是甘青两省重要的牧业和特有少数民族区之一。区内森林、灌丛和草地镶嵌分布，形成了独特的林草交错带生态系统。随着生态文明建设战略的深入实施和国家对自然保护区管理的不断加强，《中华人民共和国自然保护区条例》规定，禁止在核心区、缓冲区内开展人为活动（砍伐、放牧、狩猎、采药、开垦、烧荒、开矿、采石等），保护区内及周边居民的生产、生活和经济活动受到了很大限制和制约，导致区域民生与生态承载力间的矛盾突出。由于社区居民对经济价值的过度追求，加之对生态资源承载力的认识不清和缺乏引导，严重打破了生态系统的平衡，甚至有些地方处于严重超载状态。另外，肃南县部分乡镇和村落千百年来就是农牧民的居所，保护区规划后“被保护”了进去，完全退出存在补偿安置、社会稳定等问题。
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