垃圾处理是农村人居环境提升的基础。农村垃圾主要可以分为两个组成部分：一部分是如各种塑料包装制品、电子电器设备、玻璃金属制品等来自城市的垃圾；一部分是农村自己产生的，多以食品残余、各类果蔬、畜禽粪便为主。其中农村自己产生的垃圾占有很大比例，且基本都属于可降解和循环利用的有机物，可以通过传统的处理方式堆肥还田或作为畜禽饲料。简单机械的垃圾收集和转运，把很多农村可以自我消化的垃圾运往城镇，加剧了城镇垃圾处理压力。同时，吉林省的垃圾处理系统也尚未完善，全省生活垃圾收运处置体系建设仅完成48%，全省还有一半以上的行政村没有实现生活垃圾统收统运统处理。
污水处理是农村人居环境提升的又一重点问题。全省集中或部分集中供水的乡镇564个，占91.1%；集中或部分集中处理生活垃圾的乡镇469个，占75.8%；集中或部分集中处理污水的村470个，占4.9%；集中或部分集中处理生活垃圾的村3968个，占40.9%；完成或部分完成厕所改造的村2311个，占23.8%。全省建制镇生活污水处理设施开工建设比例为30.4%，进入城市管网和建设生活污水处理设施的行政村仅有300个左右，占全省行政村的3.2%，即使加上厕所治理污水，农村污水处理率也仅为13.8%。同时，吉林省农村居民居住较为分散，村屯之间距离较远，农村地区用水量与城镇相比并不大，一味盲目的追求集中式污水处理方式不但成本高昂，而且污水还没有流到处理厂，直接干涸在管道里的现象也时有发生，处理效果并不理想。
表10 乡镇、村卫生处理设施(www.xing528.com)
全省目前仍有亟待改造的老旧厕所150万户以上，吉林省推广水冲厕所，要求条件高、费用大，农民用不起、用不好、用不上的现象仍有发生，有的农户室内不具备改厕条件，厕所甚至建在了灶台边。全省使用水冲式卫生厕所的8.39万户，占2.6%；使用水冲式非卫生厕所的0.60万户，占0.2%；使用卫生旱厕的34.23万户，占10.5%；使用普通旱厕的281.50万户，占86.2%；无厕所的1.99万户，占0.6%。全省规模饲养场、户粪污资源化利用比例虽然逐步提高，但是农村小规模饲养户畜禽粪污随处排放问题仍然普遍存在，农村水污、厕污处理也不到位，“三污”治理问题比较突出；吉林省是农业大省，粮多、秸秆多，畜禽多、粪污多，冬季寒冷清理不便，基础设施建设又相对滞后，农村环境污染问题还十分突出。
表11 按家庭卫生设施类型分的住户构成
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