长江拥有独特的生态系统，蜿蜒贯穿中国大陆地势的三级阶梯，流域辽阔，地貌和地质条件差异大，各地气候多样、独特，水系发达，径流充足，孕育了丰富的水生生物资源。目前，长江流域水生态系统遭到破坏，生态安全面临较大威胁。流域开发对生态环境造成不利影响逐步显现，江湖的纵向和横向连通性降低，生境条件改变对水生生物的多样性、完整性构成威胁，江湖关系变化对水生态环境造成持续影响逐渐显露。珍稀、特有物种生存困难，重要野生经济鱼类资源枯竭。然而，长江水生态监测开展较快但总体上仍处于起步阶段，水生生物监测工作主要以藻类试点监测为主，其他水生生物及生境指标监测开展较少，流域水生物保护监测能力有待进一步提高。
（1）鱼类资源性多样性降低、渔获量减少
长江源为高原河源水系、沼泽和湖群湿地生境，通天河下游为峡谷激流生境，水温常年偏低，抗干扰和自我恢复能力差，是典型的生态脆弱地带，分布有适应高原环境的裂腹鱼亚科和高原鳅属鱼类。金沙江及长江上游为滩潭交替、水流缓急相间的峡谷河流生境，是长江众多珍稀特有鱼类的栖息地，长江上游共分布鱼类286种，包括126种长江上游特有鱼类。华缨鱼属、华鲮属、鮈鲫属、异鳔鳅鮀属、高原鱼属、球鳔鳅属、金沙鳅属和后平鳅属是长江上游特有属。空间上，金沙江水系共有鱼类179种，特有鱼类66种，占其总种类数的36.9%；岷江水系共有鱼类157种，特有鱼类51种，占其总种类数的32.5%；嘉陵江分布有鱼类157种，特有鱼类40种，占其总种类数的25.5%；乌江分布有鱼类142种，特有鱼类36种，占其总种类数的25.4%。长江上游各支流鱼类多样性统计见图2-11。
赤水河、青衣江等流程相对较短的支流，鱼类多样性也十分丰富，生态价值较高。赤水河作为目前长江上游一级支流中唯一没有筑坝的河流，分布有鱼类160种，其中长江上游特有鱼类49种，占总种类数的30.6%。青衣江水系分布有39种特有鱼类，占总种类数的31.2%，其中隐鳞裂腹鱼、异唇裂腹鱼和宝兴裸裂尻鱼等3种特有鱼类是该水系的独有种。高原湖泊如属都海、纳帕海、碧塔海、程海、泸沽湖等生态环境独特且敏感，分布有程海白鱼、厚唇裂腹鱼、宁蒗裂腹鱼等49种特有物种。
图2-11 长江上游主要区域鱼类多样性
历史上，圆口铜鱼、长鳍吻鮈等既是长江上游特有鱼类，又是重要的经济鱼类。岩原鲤、厚颌鲂、长薄鳅等也是上游常见的特有鱼类。鲤、鲇、长吻鮠等经济鱼类有一定产量。20世纪60年代中期，长江上游主要经济鱼类有50余种，其中产漂流性卵的洄游性鱼类在渔获物中约占40%。至90年代，受梯级工程阻隔后，主要渔业对象的种类进一步减少至20种左右。江海洄游型和江湖洄游型种类在长江上游及主要支流成为稀有种，河道洄游型鱼类大幅度下降，而产黏性卵的定居型种类产量较稳定，相对数量有所上升。
长江中下游为东亚季风气候下形成的洪泛平原区，水系纵横交织，湖泊星罗棋布，并与江河连通，形成了独特的江湖复合生态系统，是珍稀水生动物长江江豚、“四大家鱼”等重要经济鱼类的栖息地和繁育场所。该地区鱼类资源丰富，共有261种，许多种类具有江湖洄游习性。长江宜昌至城陵矶江段有四大家鱼产卵场11处，产卵量约占全江产卵量的42.7%。“四大家鱼”、鳜、团头鲂等鱼类在中、下游渔业中占有较高的比重，是重要的经济鱼类。(www.xing528.com)
20世纪70年代，宜昌江段渔获物中“四大家鱼”重量比为34%，圆口铜鱼重量比为9%，铜鱼重量比为4%，鲇重量比为1.3%，长吻鮠重量比为10%。进入90年代，宜昌江段渔获物中“四大家鱼”重量比降为10%，圆口铜鱼重量比降为1%，长吻鮠重量比降为3%。2000年以来，荆州、岳阳、湖口等江段江湖洄游性鱼类由20世纪70年代占渔获量的46.2%下降到10%左右，而南方鲇、鲤、黄颡鱼等定居型鱼类在渔获物中的比重相对上升，成为主要捕捞对象。长江下游有鱼类230余种。而2000年来仅调查到74种，物种数明显减少。主要经济鱼类在渔获物中已丧失绝对优势地位，小型鱼类及甲壳类占64.3%。数据显示，安庆段鱼类群落结构发生了显著变化，江海洄游型、江湖洄游型鱼类减少，小型种类取代了大型种类，捕捞个体小型化，渔获物以小型定居型鱼类黄颡鱼、鲫、䱗占优势。2002—2005年，刀鲚在渔获物中的重量比为1%，鳗鲡在15年的监测中只出现2尾，经济鱼类比例明显偏低，“四大家鱼”等基本为春季禁渔期放流的大规格余种，个体均重200克左右。
（2）白鱀豚功能性灭绝、长江江豚数量急剧减少
长江是我国乃至世界上最为重要的河流生态系统之一，也是我国生物多样性资源最为丰富的淡水生态系统。长江中生活着两种鲸类动物：白鱀豚和长江江豚。
白鱀豚（Lipotes vexillifer）是世界上仅有的五种淡水豚类之一，也是最为濒危的鲸类动物，仅生活于我国长江中下游及其大型湖泊中。在20世纪80年代早期，白鱀豚的数量仍有400头左右，最近30多年来，种群急剧下降，2006年长江淡水豚类考察没有发现其踪迹，认为可能已经“功能性灭绝”。白鱀豚灭绝被《时代周刊》评为2007年十大人为灾难之一。白鱀豚的灭绝是近50年来在地球上消失的第一种大型脊椎动物，是由于人类活动而灭绝的第一个鲸类动物，也是自公元1500年来第四个哺乳动物科的消失。
长江江豚（Neophocaena asiaeorientalis）是唯一的江豚淡水亚种，是我国水生野生动物保护旗舰物种，也是长江水生生态系统指示物种，仅分布于长江中下游及洞庭湖、鄱阳湖中。根据相关调查，1991年，长江江豚数量约2700多头，其中长江干流里至少有2550头。随着人类活动加剧，长江江豚急剧减少，到2006年，长江江豚数量约1800头，其中长江干流里至少有1225头。1991—2016年的25年中，长江江豚数量减少了1/3，其中长江干流江豚数量减少了1/2。2012年调查时，长江江豚只有1040头，较2006年减少了40%，较1991年减少了60%。其中长江干流里只有505头，较2006年减少了约1/2。之后，长江江豚种群数量大幅下降的趋势得到遏制，2014年长江江豚约1045头，到2017年约为1012头。目前，鄱阳湖是野外江豚分布密度最高的区域，长江江豚数量约占总数的45%。长江江豚数量变化见图2-12。
图2-12 长江江豚种群数量变化
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