“做完《幽灵公主》之后我已经觉得非常疲倦了。连续制作这些复杂难懂的电影，我心想不能再这样下去了！《幽灵公主》《千与千寻》《哈尔的移动城堡》……我们决定换一种风格，于是我们就制作了《悬崖上的金鱼公主》。”
最卓越的，往往是最简单的。宫崎骏能够有这样的理念，反而是历尽千帆之后的一种澄澈。
什么是简单？“在两个人的世界里，管他风雨雷电飞沙走石天崩地裂，只要能在一起就足够了。”
人越成长越成熟，却反而会变得越胆小。因为当我们懂得太多，就会被太多的人事顾虑束缚，所以往往年轻时才敢大胆行事，这便是年轻的资本。
很多时候，世间都没有那么多的复杂事情，大多是庸人自扰。如果每个人都是敢爱敢恨，每个人都能够简单行事，每个人都可以把世界看得简单，或许世界就会变得简单美好。
为了能够与宗介在一起，波妞奋力挣破束缚，以自身的魔力打破了结界。波妞借由宗介的人类之血，长出了脚和手，却又不完全是人类脚和手的模样。在涌入结界的巨浪里，波妞误入了父亲的生命之泉密室。外界涌入的海水将生命之泉灌满了水，波妞也受到了影响，手脚变成了人类的样子。她欣喜地看着自己的变化，甚至还拉开了自己的衣服，看自己圆鼓鼓的肚皮。然而她不知道，因为她的行为，给人类世界引发了一场巨大的海啸。
“爱是需要付出代价，爱是需要担当，爱是需要努力争取，爱是需要你为了对方而放弃一些事情，并改变自己。”波妞为了宗介，就已经做出了这样的改变。她想变成人类，想为了宗介变成人类，不顾一切。
此时的宗介，放学之后正待在母亲所在的疗养院里。因为海啸的影响，附近一带都断了电。宗介边和这里的老奶奶们聊着天，边等待着母亲。他看着窗外的滔天巨浪，心里不知道在想着什么。或许他在想着波妞，巨浪之中会不会出现波妞的身影？
不久后，理纱下班了，她开着车和宗介一起行驶在海滨公路上。身侧就是滔天巨浪和悬崖，这样的路况已经不适合再开车前进了。当理纱想要通过港口的时候，有工人们出来阻止却没能够拦下。高高的大浪像一堵厚实的墙壁，正朝着港口扑来，大家都慌乱着躲开了，理纱却仍旧选择了开车过去。汽车在马路上打了几个旋儿，最终还是安全行驶上了路。
这是宫崎骏赋予的魔力。在现实生活中，大多数母亲都不会选择冲过去。因为身边坐着唯一的孩子，她们愿意堵上自己的性命去冒险，但是没有一个母亲会真的愿意堵上孩子的性命。所以这里只是为了剧情需要，宫崎骏制造出的一个紧张刺激的环节，如此一来，在紧密的音乐配合下，能够很好地带动观众们的情绪。
影片从一开始，就设置了一个特别之处。宗介从来都是直呼父母姓名，而不是称之为父亲母亲。如果说他是没有礼貌，但是他对待幼儿园的老师，对待疗养院的老奶奶们，又非常懂礼貌。其实，这未尝不是宫崎骏心中的另外一个设想。他并不希望宗介只是把父母仅仅当作父母，或者父母也正是这样想的，更多的时候，父母也可以是孩子的朋友。如果能够以一个平等的视角去看待双亲，或者对待孩子，有些沟通和交流也会变得不一样。很多时候，这样彼此也能够得到更多的理解。影片中的宗介会安慰母亲，理解父亲，也正是因为宫崎骏站在了这样一个成人的出发点吧，想让宗介不完全从小孩子的思维去看待与对待父母。
在那条不算宽阔的弯曲公路上，理纱觉得浪潮特别缠人，而宗介却从其中发现了不一样的地方。在母亲看来，浪潮就只是普通的浪潮，浪潮努力吞噬着原本不属于它们的陆地空间，想要吞没一切。这种极具侵略性的浪潮，从不受人喜欢。而在宗介眼中，浪潮却是一群奔腾着的鱼儿，大鱼小鱼，都在大海中狂欢似地跳跃着。此时的大海，像是正在开办一场绝世盛宴，所有的海洋生物都齐聚在这里，跃向空中，努力飞走。
宫崎骏曾说过，创作这个故事的初衷也有受到那几年全球气候变暖的影响。因为冰山融化而导致的海平面上涨，让他不觉产生了一种强烈的危机意识。尽管他想到了海平面上涨带来的可怕恶果，甚至他也曾半开玩笑地说过，渴望有一天看到海洋能够淹没东京，但事实上在他内心深处，并不愿意这样的事情发生。(www.xing528.com)
在影片中，尽管海啸来袭，正在疯狂地清扫一切，宫崎骏却让这些画面里没有出现人。似乎所有的人都得到了消息提前避难，即使是海上工作者们，也在后面的故事里生还。宫崎骏故意淡化了现实的悲哀，努力营造出一种人与自然能够和平共处的局面。比如在大海啸来临之后的第二天清晨，一切都被海水淹没了，宗介打开门，看到的就是一片汪洋。台阶之下就是海洋，他们的小木屋成了一座海上孤岛。宗介把脑袋探到水下，见到的却是被大海淹没的奇妙水下世界。没有残缺，没有破坏，安安静静的海面，安安静静的海底世界，一切都是温暖和平的样子。
这是宫崎骏想要表达的一种共存方式。仿佛那夜的大海侵袭没有带来任何危害，人类也可以继续和大海和平相处，即便是被大海淹没也不会有任何残酷的灾难。
还是那天的夜里，理纱开着车躲避着身后的海浪，正在一路狂奔。宗介透过车窗，看见了奔跑在海浪之巅的波妞。波妞撒开脚欢快地奔跑着，追寻着宗介。她越过一个又一个的浪潮，轻松自在，看起来只不过是在玩耍。
当波妞以人类小女孩的姿态同宗介相认之后，她便被邀请进了宗介的家门。理纱带着两个小孩子回了小木屋，一起发电，并且将无线电支在高高的山坡之上，希望能够得到一点藤一的信号。在这黑寂的夜里，天空垂挂着异常明亮的星子，灿烂不凡。无线电的信号在夜空中不断发出，寻找着大海中心的人们。此刻，小木屋得益发电而来的温暖灯光，成为了航海者能够看见的唯一光亮，就像生命中的灯塔一般。
刚来到这里的波妞，对一切都充满了好奇，她在屋子中四处窜动，模仿着宗介的一举一动，学习如何用手做事情。晚饭吃泡面，宗介给波妞示范如何将袋子里的泡面倒出来。宗介倒进碗里的面块是一整块的方形，而波妞倒出来的却是散碎的。这样的处理，不由得让人联想到，一定是波妞捏碎了泡面块。
理纱为他们泡好泡面，在两个人闭眼的期间，理纱往碗里加入了火腿和煎蛋。当解开盖子的一刹那，两个孩子惊喜地叫出了声。本来就喜欢吃火腿的波妞见状，更是直接用手捏着火腿就送进了嘴里。
关于波妞吃火腿的细节，也有一个小插曲。在原画稿中碗里也是画了两片重叠的火腿，波妞吃火腿的时候，原本画的是波妞拿起最上面的那片正在吃，而宫崎骏看到以后不是很满意。他解释，被汤汁浸泡着的下面的一片，应该才是热气腾腾的，波妞应该会下意识拿起下面的一片来吃，这样更加符合常理。于是才有了动画影片中的修改。
夜里，波妞睡着了，海潮也都退回去了，理纱决定回到疗养院去看看老奶奶们的状况。宗介请求她带上自己和波妞，却被理纱拒绝了。理纱告诉宗介，现在木屋的灯光就是为航海人指引方向的灯塔，家里必须要有人留守。
因为波妞随意使用魔法在世界开了一个大洞，卫星开始坠落，世界面临着毁灭。慌乱中的藤本不知所措，直到见到海洋之母——他的妻子，才静下心来。这个美丽得如同圣母一般的海洋之神，带着星辉从海中出现，她的声音柔美动听，飘逸的长发像是大海的波浪。
宫崎骏创造海洋之母这样的形象，灵感完全来源自他看到的世界名画《奥菲利亚》。高贵典雅的奥菲利亚，身上就有着慈母圣母的光芒。在宫崎骏心目中，海洋之母最重要的特点就是无边的包容力，这也是他心中伟大母亲的最理想形象。海是博大的，母亲的爱和胸怀也是博大的，海洋之母也应当如此。
她出手平息了大海的怒波，并告诉藤本她愿意使用古老的魔法让波妞和宗介在一起。得到了海洋之母的祝福，究竟波妞和宗介的故事会怎样发展呢？
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