北边叛乱平定，杨坚腾出手来，可以对巴蜀的王谦和郧州的司马消难用兵了。
他首先命令梁睿加快进攻巴蜀，并给他增加援兵，使之达到二十万人。
梁睿（530—595），又一位久经沙场、能征惯战，有方面之才的名将。杨坚选中他，还有一个原因，他曾在巴蜀各地担任刺史多年。
当他率步骑二十万经汉川到达巴蜀门户龙门（今四川广元）时，王谦部下将领赵俨、秦会已拥兵十万在此据险为营，周围三十里严密布防。
梁睿深知，巴蜀地形险要，自己远道而来，利在速战，不可持久。便采取分兵突袭、各个击破的战术，将部队分为若干支队，昼伏夜行，从小道近路悄悄包抄，发起突然攻击，遂全线突破敌人防线。
突破第一道防线之后，梁睿并不恋战，而是甩开背后的敌人不管，督率部队单刀直入，在剑阁、葭萌关一带遇到了敌人的第二道防线。
面对第二道防线，梁睿兵分四路：一路攻取剑阁，一路直奔巴西（今四川阆中），一路由嘉陵江水道迂回包抄，自己则率主力正面突击。经过一昼夜激战，大败敌军，然后千里奔袭，乘胜进围成都，并很快攻进城内，击杀王谦。
奇兵突袭，迂回包抄，摧枯拉朽，锐不可当！
前后不到一月，梁睿即奔袭数千里，击溃王谦几十万军队，平定巴蜀叛乱。
事实上，王谦刚开始造反时，也不是没有胜算。(www.xing528.com)
他的部下，刺史高阿那肱是个高人。他为王谦提出了上、中、下三策：
总管亲率精锐部队进军散关，直捣长安，巴蜀军民知道您这是忠于朝廷、为国勤王，必然同心协力为您效死，这是上策；
出兵南郑，掠地河南，然后静观天下之变以定进退，这是中策；
坐守成都，拥兵自卫，这是下策。
高阿那肱的策略，实在是高。尤其是他的上策。从当时的政治与军事形势看，由于朝廷四方出兵作战，长安必定空虚，加之杨坚新政，朝中文武大臣未必心服，如果王谦能倾全力出散关直捣长安，必能引起人心混乱从而乘隙突进，大功定可告成；即使不能很快攻占长安，也会迫使杨坚收缩东部战线兵力，从而给尉迟迥减轻压力，尉迟迥一旦腾出手来进军关中，杨坚腹背受敌，不亡何待？
就是他的中策，也是可行的：王谦如能完全采纳高阿那肱的中策，将主力摆在巴蜀与关中之间的咽喉南郑，北进则可威胁长安，南向则能据有河南，再与司马消难、尉迟迥联兵呼应，梁睿来犯则不可能直入腹心，且有后顾之忧。
但是，王谦偏偏就采取了下策。
与此同时，湖北的司马消难也在王谊的频频进攻之下节节败退，最后率残部投降陈国。
针对杨坚的叛乱，至此全部平定。
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