由于蒲鲜万奴叛蒙自立，蒙古与东夏的“蜜月期”仅持续到1224年。自1225年起，二者关系不断恶化。蒲鲜万奴看到高丽软弱可欺，屡屡犯边高丽，试图通过打击高丽让其顺服，高丽高宗十二年（1225）正月，东夏国还蓄意栽赃蒙古使者着古在出使高丽回国途中“为盗所杀”[64]是高丽一方所为，实则是东真兵作祟，目的是挑拨离间高丽与蒙古的关系。东夏国的上述做法主要是为了防止蒙古和高丽形成夹击之势对自己不利。窝阔台即位后，亲率蒙古大军与金军主力部队在三峰山（今河南省禹县西南）决战，大败金军，占领了华北地区。蒙古继而开始用兵东北地区，1231年首先出兵高丽，高丽王�遣其弟怀安公请降[65]。东夏政权自然成为蒙古要歼灭的对象。
1233年春，蒙古皇子贵由、亲王按赤带、国王塔思等人率领大军，取道高丽，由东南部攻入东夏境。9月，蒙古大军攻至东夏国南京，南京地势险要，“城坚如立铁”，蒙古大将石抹查剌“命偏将先警其东北，亲奋长槊大呼，登西南角，摧其飞橹，手斩陴卒数十人，大军乘之，遂克南京”[66]。随后蒙古又用兵东夏上京开元城，占领恤品、曷懒等地，蒲鲜万奴被擒，东夏国遂亡。至此，蒙军悉平东土，占据了金之东北故地。
据《高丽史》记载，蒙古灭万奴的第二年（1234）二月，“蒙兵留百余骑于东真，余皆引还”[67]。蒙古统治者仅凭一百余骑来控制所占据的拥有广大疆域的东夏国地区，实属困难，所以只能让原有东夏人继续存在，对其进行羁縻统治。此间，一部分东夏遗民被当作蒙古汗国的一支地方武装力量，常常与蒙古协同作战，对高丽东北部地区进行扰边和攻城略地的活动，如高宗二十二年（1235）九月，“丙子蒙兵引东真兵攻陷龙津镇”“戊寅东真兵陷镇溟城”[68]（这部分内容详见本书第三章第四节内容）。现存资料中有关东夏国遗民诸事的记载直至1287年，《高丽史》载：忠烈王十三年九月庚子，“东真骨嵬国万户帖木儿领蛮军一千人罢戍还元”[69]。此后未见有史籍记载，东夏遗民逐渐纳入蒙元的南京万户府统辖之下。蒲鲜万奴自金宣宗贞祐三年（1215）三月叛金，于当年十月据东京脱金自立，始建大真国。贞祐四年（1216）十月，万奴辗转东北地区的东部和北部地区，经“伪降” 蒙古，又于正大元年（1224）叛蒙自立。再到与蒙结怨反目，终至哀宗天兴二年（1233）被蒙所灭，作为封建性质的地方割据政权宣告结束，共历十八余载。但东夏遗民仍然留存至十三世纪末。(www.xing528.com)
东夏国灭亡后，在东夏遗民保持一定自治权期间，东夏遗民与高丽发生了一定程度的政治往来，主要是高丽多次与东夏遗民交涉推刷进入女真地区的高丽流民。这源于蒙古汗国对高丽国的军事征服，高丽国对国内百姓征收较重的赋税，加上日本倭寇对高丽沿海的侵扰，致使高丽的百姓破产，某些地方出现了“贫民因纳税而鬻子”[70]的情况，他们丧失土地，流离失所，导致“失业民多饿死”[71]。于是一些高丽百姓为求生存，越界进入女真人的居住地，这也是十三世纪后半期到十四世纪中叶，高丽流民大规模迁入元朝各地的主要原因。此外，随着高丽臣服元朝，和平时期到来，在客观上对高丽流民迁入元朝统治区创造了有利条件。由于诸多高丽百姓流入元统区和女真地，高丽人口大量流失，在一定程度上造成高丽国内劳动力的缺失。因此，高丽政府不得不在国内反复进行“田民辨正”和“安辑”[72]等工作，并多次向元廷和东夏遗民区要求刷还其民（推刷高丽流民问题详见本书第三章第四节）。十四世纪后半期，随着元朝势衰，部分高丽人返回高丽，而大部分人仍留居在女真地区。他们的子孙后代与女真人和平相处，并最终融合。东夏国灭亡后，他们或留居原住地，或流入朝鲜半岛，与辽阳行省北部、东部和南部各地区其他民族融合。
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