腐乳发酵利用豆腐坯上培养出来的毛霉或根霉，前期培菌及腌制期间由外界侵入的微生物的繁殖，以及配料中加入的各种辅料，如红曲的红曲霉、面曲的米曲霉、酒类中的酵母菌等所分泌的各种酶类，在发酵期间，特别是在后期发酵阶段产生极其复杂的生物化学变化，促使蛋白质水解成可溶性的低分子含氮化合物；淀粉糖化，糖分发酵生成酒精、其他醇类以及有机酸，同时辅料中的酒类及添加的各种香辛料也共同参与合成复杂的酯类，最后形成腐乳特有的颜色、香气、味道和体态.使成品细腻、柔糯可口。
腐乳发酵的生物化学变化主要是蛋白质与氨基酸的消长过程，蛋白质水解成氨基酸不仅仅在后期发酵进行，而是从前期培菌开始到腌制、后期发酵每一道工序，都发生着变化。经毛霉菌进行前发酵后，在毛霉等微生物分泌的蛋白酶作用下，豆腐坯中的蛋白质部分水解而溶出，此时可溶性蛋白质和氨基酸含量均有所增加，水溶性蛋白质的增加大大超过氨基态氮的增长。蛋白质在发酵完成后，只有40%左右的蛋白质能变成水溶性蛋白质，其余蛋白质虽然不能保持原始的大分子状态，但还不到能溶于水的小分子蛋白质状态。因为蛋白质大多被水解成小分子，虽然不溶于水但存在的状态改变了，在口感上就感到细腻柔糯。
腐乳发酵中除蛋白质的变化外，还有各种辅料参与作用，如淀粉的糖化，糖分发酵成乙醇和其他醇类以及形成有机酸；同时辅料中的酒类及添加的各种香辛料等合成复杂的酯类，最后形成腐乳所特有的色、香、味、体。
腐乳的发酵，一方面依靠装坛（装瓶）之前所获得的各种微生物酶来进行，另一方面在发酵过程中有些耐盐的微生物产生的酶来促进发酵的进行。为了加快发酵的进行还可添加酶制剂。实验证明毛霉菌只生长在豆腐表面，不能深入到豆腐块内部，而实验证明，0.3 mol/L食盐溶液即能较快地将结合在细胞上毛霉所产生的蛋白酶洗出。因此毛坯腌制后大量的蛋白酶随腌出的盐水流失，只有部分保留下来也不足使用，所以补充酶制剂是一个非常好的方法。在制造青腐乳时豆腐坯表面覆盖干荷叶以加速发酵的进行就是一个实例。因为荷叶表面存有大量枯草杆菌，这些菌在低度盐汤中适当增殖，产生的蛋白酶促使发酵顺利进行。另外也可以利用腌坯的盐水配汤从而更充分的利用随盐水流失的蛋白酶。
（二）腐乳的色、香、味、体
1.色
腐乳按颜色分类可以分为红腐乳、白腐乳、青腐乳和酱色腐乳。红腐乳表面呈紫红色；白腐乳表内颜色一致，呈黄白色或金黄色；青腐乳呈豆青色或青灰色；酱色腐乳内外颜色相同，呈棕褐色。
腐乳的颜色由两方面的因素形成。一是添加的辅料决定了腐乳成品的颜色。如红腐乳，在生产过程中添加的含有红曲红色素的红曲；酱腐乳在生产过程中添加了大量的酱曲或酱类，成品的颜色因酱类的影响，也变成了棕褐色。二是发酵作用使颜色有较大的改变，因为腐乳原料大豆中含有一种可溶于水的黄酮类色素，在磨浆的时候，黄酮类色素便会溶于水中，在点浆时，加凝固剂于豆浆中使蛋白质凝结时，小部分黄酮类色素和水分便会一起被包围在蛋白质的凝胶内。
腐乳在汤汁中时，氧化反应较难进行。在后期发酵的长时间内，在毛霉（或根霉）以及细菌的氧化酶作用下，黄酮类色素也逐渐被氧化，因而成熟的腐乳就呈现黄白色或金黄色。生产实践证明，如果要使成熟的腐乳具有金黄色泽，应在前发酵阶段让毛霉（或根霉）老熟一些。当腐乳离开汁液时，会逐渐变黑，这是毛霉（或根霉）中的酪氨酸酶在空气中的氧气作用下，氧化酪氨酸使其聚合成黑色素的结果。为了防止白腐乳变黑，应尽量避免离开汁液而在空气中暴露。有的工厂在后期发酵时用纸盖在腐乳表面，让腐乳汁液封盖腐乳表面，后发酵结束时将纸取出，再添加封面食用油脂，从而减少空气与腐乳的接触机会。(www.xing528.com)
青腐乳的颜色为豆青色或灰青色，这是硫的金属化合物形成的，特别是硫化钠就是豆青色的，是由脱硫酶产生的硫化氢作用生成。
2.香
腐乳的香气主要是在发酵后期产生的，香气的形成主要有两个途径：一是生产中所添加的辅料对风味的贡献；二是参与发酵的各微生物的协同作用。
腐乳发酵主要依靠毛霉（或根霉）蛋白酶的作用，但整个生产过程是在一个开放式的自然条件下进行的，在后期发酵过程中添加了许多辅料，各种辅料又会把许许多多的微生物带进腐乳发酵中，使参与腐乳发酵的微生物十分复杂，如霉菌、细菌、酵母菌产生的复杂的酶系统。它们协同作用形成了多种醇类、有机酸、酯类、醛类、酮类等，这些微量成分与人为添加的香辛料一起构成腐乳极为特殊的香气。
3.味
腐乳的味道也是在发酵后期产生的。味道的形成有两个渠道：一是由生产中所添加的辅料而引入的味，如咸味、甜味、辣味、香辛料味等；另一个来自参与发酵的各微生物的协同作用，如腐乳鲜味主要来源于蛋白质的水解产物氨基酸的钠盐，其中谷氨酸钠盐是鲜味的主要成分。另外霉菌、细菌、酵母菌菌体中的核酸经有关核酸酶水解后，生成的5′-鸟苷酸及5′-肌苷酸也增加了腐乳的鲜味。淀粉经淀粉酶水解生成的葡萄糖、麦芽糖形成腐乳的甜味。发酵过程中生成的乳酸和琥珀酸会增加一些酸味。
青腐乳的味道与红、白、酱腐乳有很大的不同，青腐乳是“闻着臭、吃着香”。闻着臭是嗅觉感受，而吃着香是味觉感受，这两种感受综合起来，许多人会体会到青腐乳带来的享受。若是我们抛开臭味而只尝味道，也就是用舌面的味蕾来分辨则会觉得，青腐乳的味道鲜咸浓厚并且后味绵长，与众不同。红腐乳的谷氨酸含量最高，因此红腐乳的鲜味纯正浓厚，而青腐乳中谷氨酸含量低而丙氨酸含量高，所以青腐乳的鲜甜味道是由丙氨酸决定的，丙氨酸具有甜味而且浓度高时有酯香味。青腐乳的臭味是一种很独特的味道。
4.体
腐乳的体表现为两个方面：一是要保持一定的块形；二是在完整的块形里面要有细腻、柔糯的质地。这两者要实现，首先在腐乳的前期发酵过程中，毛霉生长良好，菌丝生长均匀，不老不嫩，能形成坚韧的菌膜，将豆腐坯完整地包住，在较长的后期发酵过程中豆腐坯不碎不烂，直至产品成熟，块形保持完好。前期发酵产生的蛋白酶，在后期发酵中将蛋白质分解成氨基酸。氨基酸的生成率要控制在一定的范围内。因为氨基酸生成率过高，腐乳中蛋白质就会分解过多，固形物分解也多，造成腐乳失去骨架，变得很软，不易成形，不能保持一定的形态。相反，生成率过低，腐乳中蛋白质水解过少，固形物分解也少，造成了腐乳成品虽然体态完好，但会偏硬，粗糙、不细腻，风味也很差。可见腐乳的前期培菌阶段是一个十分重要的阶段，既要掌握毛霉菌的生长情况，又要控制这些菌丝在后期发酵中的作用。由细菌发酵的腐乳由于没有菌丝体的包裹，成熟后外形不呈块状，但质地非常细腻、柔糯。豆腐乳发酵成熟后腐乳中的各种成分及其百分比决定了腐乳的体态，特别是蛋白质发酵后的变化非常关键。
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