格致书院初创并迁址于太平巷总管前

十九世纪六十年代初，随着基督教传教范围的扩大，美部会在城内于山北麓（沿太平巷）租地划界，建房筑屋，作为福州差会的办事机构和传教士聚集地，人们俗称为“洋界”。同时，男校格致书院由原址保福寺迁至于山北麓的太平巷总管前。男女校正式分设，女校继续留在保福山，改名为文山女子中学。

同治三年（1864），格致书院全体男生迁入新校舍。新校舍位于金粟台西，地处偏僻，差会沿街巷左侧建造一座“L”形白砖楼（名“圣教楼”），学校再迁新楼上课。大约1889年，又在观巷前衕尽头山坡上建起一座砖木结构的三层大楼，取名“林肯楼”。可安堂也在1889年建成，楼前大门屋顶上方盖有钟楼；又在可安堂上坡盖一座三室一厅的平房，作为学校办公室和主理宿舍。此阶段相继由摩怜（麻林）和夏察理任学校主理。

光绪十六年（1890），美部会派弼履仁接任主理，直到1910年。弼履仁是美国哈佛大学教育学博士和著名汉学家，学校开始实行主理负责制。弼履仁在格致书院前面冠以“榕城”二字，以区别美部会在国内其他各地办的格致学校。他扩建校园，增添教学与实验设施，并参照美国高等院校实行全日住读，封闭管理和严格考试制度。

弼履仁手定“真学源流”四字作为校训，并审定汉文校歌。校歌开头为“冶南开道，于麓育英”，表达格致初创于南台，迁址于山北麓。弼履仁主政十年里，将校园空地充分利用，盖了20间平房教室，有体育和图画教室。又接受美国人史密斯捐的巨款，修建一座红砖三层教学楼，取名“思维讲堂”。大楼建成后，又在于山北麓山坡地段平整出运动场。当圣教医院建成后，格致书院的师生可到医院免费就诊。(www.xing528.com)

书院所用教材除国文各科外，多采用美国的英文原版课本，由美籍教员任教，连体育教员带操也用英语喊口令。书院的学杂费比福州其他学校贵许多，学生以银元缴费。如西文系学生要交学杂费高达45元银元，而当时的工人月工资不足10元银元。书院在管理上亦有特色，上午四节课，下午三节课，晚上两节晚自修课，每周授课五天半。学生在校期间只能在校内活动。

弼履仁的精英教学模式，想让学生毕业后都能直接插入国内名校和美国大学的三年级续读，标准很高。