重大行政决策合法性审查的制度构造所面临的第一个问题就是审查主体的设置问题，即到底应当由谁来具体负责对决策方案的合法性进行审查，这事实上也关系该项制度能否顺利有效运行以及其审查结果是否具有权威性。
早期，由于中央层面的一些政策文件仅仅对重大行政决策合法性审查制度进行了简单提及，并没有规定其具体的审查主体，所以导致各地方的立法实践对这一问题基本上也都是采取了一种回避的态度。比如，《湖南省行政程序条例》（2008年）第34条第3款规定：“决策承办单位应当对重大行政决策方案草案进行合法性论证。”其只是笼统地指出由决策承办单位来负责，但并没有指出具体由哪一机构、哪些人员来进行。事实上，从整个文本的内容来看，决策承办单位似乎承担了重大行政决策程序中的绝大部分任务，仅具有很强的象征意义。
2008年6月18日，国务院向社会颁布《国务院关于加强市县政府依法行政的决定》，其中明确指出：“市县政府及其部门作出重大行政决策前要交由法制机构或者组织有关专家进行合法性审查，未经合法性审查或者经审查不合法的，不得作出决策。”这是中央层面首次正式确定重大行政决策合法性审查的主体。受此影响，各地方的立法也纷纷对此加以规定，但基本上都是对国务院这一规定的直接挪用。比如，《广州市重大行政决策程序规定》（2010年）第23条规定：“政府法制机构在进行合法性审查时，认为有必要的，可以邀请相关专家进行合法性论证……”可以看出，这一模式存在两个非常明显的问题：一是没有实质上明确重大行政决策合法性审查的主体，既可以由法制机构单独进行，也可以由法制机构组织有关专家合作进行；二是没有对专家的外延进行明确，既可以是法学领域的，也可以是非法学领域的，既可以是实务界的律师，也可以是一些学者。
2014年10月23日，十八届四中全会审议通过中共中央《关于全面推进依法治国若干重大问题的决定》，在“健全依法决策机制”一节中明确指出：“积极推行政府法律顾问制度，建立政府法制机构人员为主体、吸收专家和律师参加的法律顾问队伍，保证法律顾问在制定重大行政决策、推进依法行政中发挥积极作用”。其有两个进步：一是明确了以法制机构为主体，政府法律顾问为辅的合法性审查主体模式；二是由“专家”到“政府法律顾问”，不仅明确了参与者的外延，而且制度化程度也更高。受此影响，已经有45个地方立法规定政府法律顾问应当参与重大行政决策的合法性审查工作。[23]比如，《德州市重大行政决策程序规定》（2017年）第18条规定：“政府应当建立政府法制机构人员为主体、吸收专家和律师参加的法律顾问队伍，健全法律顾问参与重大行政决策工作机制，保障法律顾问在重大行政决策中充分发挥作用。”(www.xing528.com)
需要指出的是，由于中央政策文件都没有对法制机构的具体指向进行明确，因此针对法制机构，各地方的立法实践实际上存在两种基本模式。一是采取决策主体法制机构审查模式，即由决策承办单位自己内部的法制机构负责重大行政决策的合法性审查工作。比如，《苏州市重大行政决策程序规定》（2013年）第15条第2款规定：“承办单位法制机构应当从决策主体权限、程序、内容等方面进行合法性审查，并形成审查报告。”《上海市重大行政决策程序暂行规定》（2016年）第14条规定：“决策机关应当将决策草案及相关材料交本机关的法制机构进行合法性审查。”二是采取一级政府法制机构审查模式，即统一由所属一级政府的法制机构负责重大行政决策的合法性审查工作。比如，《鞍山市人民政府重大行政决策程序规定》（2016年）第21条规定：“重大行政决策事项承办单位向市政府法制机构报送重大行政决策方案进行合法性审查时，应当一并报送下列材料，并对材料的真实性、完整性负责……”《西安市政府重大行政决策程序规定》（2015年）第20条规定：“政府办公厅（室）接到决策承办单位递交的材料后，经审核认为材料齐备的，将材料移送政府法制机构进行合法性审查……”[24]
可见，虽然随着中央政策的变化，我国重大行政决策合法性审查的主体也有所调整，但仍都是以法制机构为主体的。如此，实践中，很多学者基于中立性、独立性的要求对这些模式展开了激烈批评。其中，有些学者认为，行政系统中的行政决策的作出非常频繁，可以尝试在行政系统内部设立一个专职机构，专门负责重大行政决策的合法性审查工作；有些学者则认为，法制机构在行政系统中的独立性、中立性以及专业性都无法得到充分有效的保障，因此应当发挥政府法律顾问在重大行政决策合法性审查中的主导作用；还有些学者认为，独立性是制约重大行政决策合法性审查制度发挥作用的最大瓶颈，法制机构在面对重大行政决策方案时，往往只能被动选择签字画押。因此，可以授权社会组织（主要是学术团体、协会等）或者律师事务所负责重大行政决策的合法性审查工作。[25]
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