计算机诞生以后，特别是20世纪50年代末高级语言出现以后，软件在计算机技术发展中的作用和地位越来越重要，关于计算机程序法律保护的思考和实践也在不断发展。对软件到底适用什么样的知识产权保护，这样的研究和实践一直在进行着。
一种观点认为，计算机软件和文字作品之间存在极大的相似性，都是用语言进行的创作，用人类语言书写的文字作品是记录事实、抒发情感，而用计算机语言编写的程序是表达逻辑、执行命令，计算机程序和文字作品一样，一旦被非法复制，都会侵犯创作者的权利。因此，计算机软件应当采取版权保护模式。利用版权来保护软件有如下优势：一是版权保护方便快捷，成本较低，版权适用自动保护的原则，一经产生法律就会自动承认权利人的权利，无须审批，必要时登记注册即可。二是版权对保护对象要求较低，只要求具有原创性，没有专利的“新颖性、创造性和实用性”的要求，这样可以最大限度地对软件的源程序和文档予以保护。三是版权保护有利于创新，版权只保护软件的表达形式，不保护软件的创作思想，有利于软件的创新发展。
也有学者认为，计算机软件是具有“作品性”和“技术性”双重特性的混合体，技术性是计算机软件不可忽视的一个方面，必须与文字作品相区别，在法律保护制度方面有所体现，因此应该用专利权进行保护。例如，文字作品的产品展现和其语言是统一的，一部小说创作以后，它就以其语言予以展现传播，产品和语言不可分离；而软件则不同，软件的产品展现和其语言往往是分离的，软件产品是计算机语言写就的源代码经过编译之后生成的可执行程序，产品和语言是可分离的，软件创作者一般不会传播源代码，仅仅是传播编译好的软件，对软件的侵权主要是对可执行程序的非法复制传播和使用行为。采用版权保护，不能有效体现计算机软件适用工业生产的特点，保护期限过长与软件产业的发展规律不适应，版权保护的侵权制裁措施太轻与软件较高的经济价值和极易复制的特点不匹配，版权的非公开性不利于创新等。因此，他们主张用专利保护软件：一是专利能够保护创造性思想，软件产品的核心构思和逻辑可以较好地得到保护；二是专利的公开性有利于减少重复开发，促进创新；三是专利的独占性能够极大地调动权利人开发软件的积极性；四是专利的保护期限短于版权，符合软件产业的发展规律。但是，反对观点认为，专利审查周期太长，与软件迭代生命周期较短的特点不符，往往一个专利还没有申请到，软件已经有了新的进展，而且，专利审查技术性要求较高，专业性非常强，实践中不具有可操作性，现有的专利系统无法检索所有的在先技术，“新颖性”无从判断。
版权保护还是专利权保护的讨论和研究一直没有停止，但从实践来看，当今世界通行的做法，以版权保护最为普遍。
此外，随着20世纪70年代软件的商业化发展，对软件采取商标保护成为一种普遍实践，商标权保护与版权是工业产权中的不同类型，版权属于工业产权中的智力成果，商标权属于经营标志，两者不存在非此即彼的关系，没有冲突。此外，不管是专利保护，还是版权保护，都不能够完全满足软件保护要求，软件权利人还普遍以商业秘密作为辅助手段予以保护。(www.xing528.com)
基于软件的这种特点，也有观点认为软件的保护既适用工业产权法保护又适用版权法保护，应综合考虑版权保护、专利保护、商业秘密保护等模式，建立新的适用于计算机软件的知识产权保护制度。
软件知识产权保护制度的比较见表2-1。
表2-1 软件知识产权保护制度的比较
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