1994年，《监狱法》出台，其第1条明确规定了立法目的在于“正确执行刑罚，惩罚和改造罪犯，预防和减少犯罪”，同时明确了“惩罚和改造相结合、教育和劳动相结合”的原则。1995年，国务院在国发〔1995〕4号文中正式确立了“惩罚与改造相结合，以改造人为宗旨”的监狱工作方针。此后，我国传统监狱学理论关于惩罚和改造的关系更多停留在“惩罚是手段、改造是目的”[19]的论断上，而“改造”与“矫正”相比，则更颇具政治意味，以致有人指出，改造乃是中国语境下“人为的”以“意识形态”政治权力输进模式。[20]
对监狱惩罚功能进行准确定位是事关监狱行刑方式和发展方向的基础性的刑事哲学问题，也是监狱作为刑罚执行机构存在的价值所在。把惩罚作为一种实现改造目的的手段究竟是否准确？或许因习惯使然，该命题在实践中并没有引起广泛而深入的思考，也就形成了一种默认和定势。笔者认为对于惩罚与改造的关系，应从监狱惩罚功能的本质出发重新进行界定，以使两者准确反映监狱“使罪犯顺利回归社会”的终极目标。(www.xing528.com)
从监狱行刑模式的演变来看，人类一直在孜孜追求一种有效的行刑方式，这种有效性所要实现的是“报应、预防和矫正三种目的的统一”。[21]这里的报应，也就是报应主义所强调的惩罚。与此同时，这样一个事实却毋庸置疑，就是任何一种纯粹强调某一目的的行刑模式均因自身的弊端而最终失败。当民众对于监狱的惩罚学会“血债只能用血来还”时，以恶制恶的报应主义导致的只能是无休止的恶性循环；而主张通过发挥矫正功能以预防犯罪的预防主义，尽管制定了庞杂的监狱制度，但并没能有效阻止重新犯罪的上升，人们对期望值近乎迷信的监狱矫正功能愈加产生了怀疑。于是，以“行刑价值的多元化和行刑方法的专业技术主义”为突出特点的“综合刑”应运而生，[22]该行刑方式强调的其实也就是“惩罚与改造”的“有机结合”。但该种结合的有机性是否就是以惩罚为手段、改造为目的呢？再回到监狱惩罚功能的本质来看，监狱是先有惩罚功能，而后衍生出改造功能的，“改造是监狱在人类文明艰难史演变中嫁接而来的，是（惩罚）本质机能产生出来的主要功能”。[23]惩罚是改造的必要前提和基础，而非改造的手段，诸如狱政管理、劳动、教育、心理矫治等才是改造的手段和方法。当然，就惩罚和预防功能的关系来看，惩罚作为实现预防目的的手段是符合逻辑的。此外，改造是监狱行刑的目的吗？显然不是，前文已述，“刑罚的终极目的是使罪犯顺利回归社会”，也就是实现罪犯的再社会化，改造或矫正只能是作为实现这一目的的手段，而非目的本身。综上，“以惩罚为手段、改造为目的”的传统说法显然存在逻辑上的不当，基于实现罪犯再社会化这一终极目的，“以惩罚为前提、以改造为手段”无疑是监狱惩罚和改造功能定位的本质回归。
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