华东是现残存扬子鳄的最后地区，所发现史前扬子鳄遗存地点也最多，表明这一地区的生态环境最适宜扬子鳄栖息。
2.2.1 上海
上海市有扬子鳄遗存发现。
上海出土的新石器时代1 100件动物遗骸（大部分呈亚化石，距今约5 000年[8]），代表20个以上物种，其中在闵行区马桥发现有鼍（Alligator sinensis Fauvel）尾椎骨（所有特征与馆藏现生已知骨架较前的尾椎相同）、龟、鲤、裸顶鲷、刺鳍鱼、裂齿鲨等标本（黄象洪等，1978），证明这一带曾是扬子鳄分布地带。
2.2.2 江苏
江苏省出土的两处扬子鳄遗存年代较早，反映其在这一带繁衍的历史久远。
●南京市：在南京市浦镇的长江北岸，离江岸约8km的猪头山的东坡发现有中新世短吻鳄（有称“钝吻鳄”）牙齿未定种（Alligator sp.）等脊椎动物化石（周明镇等，1964）。现代分布于我国长江下游的扬子鳄，不论从地理分布或地质时代上说，都是一个孤立的种。在我国的新第三纪和更新统中还未有过关于这一类化石的记录，浦镇的地点正在这一属现代分布的范围内，虽然由于材料太少，还看不清它和扬子鳄的关系，但这是我国第一次发现的新生代晚期的鳄类化石，为了解我国扬子鳄的历史提供了有价值的线索。
●宿迁市：位于淮河中游、洪泽湖西岸的泗洪县双沟镇下草湾村的下草湾遗址，所发现中新世脊椎动物化石中也有短吻鳄遗存（周明镇等，1964）。表明当地扬子鳄存在之久远。
2.2.3 浙江
浙江省目前仅见处于宁绍平原的余姚市一地有扬子鳄遗存出土。
余姚市河姆渡新石器时代遗址发掘出的动物群中有鳄标本，经与中华鳄（即扬子鳄Alligator sinensis）对比，“牙齿相比较十分相近，但比中华鳄的牙齿粗壮”，“在目前标本不太完整的情况下，暂时将它们定作中华鳄的相似种（Alligator cf.sinensis）。”“中华鳄于1879年定名，属猛鳄亚科。这个科的主要特征是：头部较宽，吻端圆钝，齿不等大，下颌的第4齿嵌入上颌的洞内。该亚科重要的属是鳄属（Alligator），它只有两个现生种，其中之一是我国产的中华鳄或称扬子鳄”（魏丰等，1990）。这是距今较近的扬子鳄遗骸之一。
2.2.4 安徽
安徽省是现存野生扬子鳄的主要分布地，从迄今所发现的年代相距数千万年至7 000多年前的鳄遗骸，表明当地扬子鳄栖息之久远。
●蚌埠市：1986～1992年，三次发掘位于淮河中游蚌埠市淮上区小蚌埠镇双墩村北侧一个台地上的双墩遗址，确定其是距今7 300多年的新石器时代台地遗址，有鱼、鸟、爬行和哺乳类动物50多个种类遗骸，其中就有扬子鳄上颌骨等遗存（安徽省文物考古研究所等，2008）。
●安庆市：出土于怀宁县丁花屋的中—晚古新世（距今约5 700万年前）的怀宁始猛鳄（Eoalligator huiningensis Young，1982）化石[9]，尽管只是头骨前部和不完整的下颌标本（图3.5、图3.6），但也可以从钝吻等显著特征看出其与扬子鳄较密切的联系。
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图3.5 怀宁始猛鳄（右视）
图3.6 怀宁始猛鳄（左视）[10]
●巢湖市：1974～1980年，和县善厚镇陶店村汪家山北坡的龙潭洞发掘出似扬子鳄（Alligator cf.sinensis）等50多种中更新世脊椎动物化石[11]。
2.2.5 山东
山东省虽然是历史上扬子鳄分布较北的省级行政区，但发现其遗存的地点却最多。
●聊城市：2000年以来，茌平县教场铺村西北发现的教场铺遗址进行多次发掘，出土有属龙山文化（公元前2500～前2000年）的动物遗骸37种，其中有“鳄”（动物考古课题组，2011）。根据标本年代与我国“鳄目”以及其周边爬行纲动物情况综合考虑，窃以为是扬子鳄。
●东营市：广饶县五村乃一处新石器时代大汶口至汉代文化遗存，出土的动物遗存中就有扬子鳄残骸及适应暖湿流水的软体动物（山东省文物考古研究所等，1989）。
●潍坊市：1984年，在临朐县尧山乡山旺村发掘出土中新世一近于完整的头骨、破碎的下颌、部分头后骨骼，经鉴定为鲁钝吻鳄（Alligator luicus sp.nov.）。山旺标本在形态上最为接近的是产于北美Nebraska早中新世晚期组的Aiigator mcgrewi，与扬子鳄确实存在许多相似之处，但也有所差异。似乎暗示沟通了北美与亚洲两大陆钝吻鳄之间的联系（李锦玲等，1987）。临朐县城南约5km的西朱封村龙山文化（约公元前2500～前2000年）遗址中发现有随葬的扬子鳄骨板（中国社会科学院考古研究所山东队，1990；高广仁等，1991）。
●枣庄市：枣庄市峄城区出土有距今4 500年左右的扬子鳄遗存[12]。
1978～1979年，中国社会科学院考古研究所与滕州市博物馆联合组成考古队，对滕州市北辛遗址进行了发掘清理，出土了陶器、石器、骨器、蚌器、角器等各类文物2 000余件，值得注意的是还发现有扬子鳄腹甲。据遗址获得的含碳标本14C测定，距今约为7 345年[13]，属新石器早期（中国社会科学院考古研究所山东队等，1984）。此外，滕州市前掌大遗址也出土距今3 500年左右的扬子鳄骨板、鳄皮制品等遗存（高广仁等，1991）。
●济宁市：兖州市王因镇新石器时代遗址第③、④文化层中发现扬子鳄遗骸，据14C年代测定，王因遗址第③层的年代为5 950年±125年（4 000 B.C.），说明保存鳄残骸的地层年代应当是距今6 000年左右；同时，这些材料至少代表20个扬子鳄个体，这批材料个体大小不等，分布零散且范围较广，又与当时人们食后抛弃的其他动物残骸一同弃置于灰坑中，说明这些鳄很可能是被当时当地居民在距离遗址不远的河流或湖泊中捕获的。说明扬子鳄在当时并非是由外地输入的罕见珍贵动物，而是当时习见的动物之一（周本雄，1982）。兖州市西桑园村乃北辛文化遗址，也出土一些被焚烧过的扬子鳄残骸及骨板（高广仁等，1991）。
汶上县苑庄镇东贾柏村发现的东贾柏遗址，也是一处原始社会早期系北辛文化类型，距今7 000年左右的文化遗存。当地出土有扬子鳄头骨、腹甲、骨板以及一些亚热带动物遗存（高广仁等，1991）。这不仅表明当时扬子鳄分布比较广泛，而且反映当地气候较为温暖湿润。
泗水县金庄镇尹家城村南的一座山东龙山文化大型墓葬中，曾发现鳄骨板40余枚以及鳄制品（于海广，1982；山东大学历史系考古专业教研室，1990）。
●泰安市：大汶口遗址处于泰安市与宁阳县交界处，1959年对一处集中的新石器时代晚期[14]氏族公共墓地进行发掘，其中出土数量众多的“骨板”，如在墓10出土的就达84枚，由其大小、厚薄、骨缝的结构及具矩形的式样观察，很接近我国的扬子鳄腹部前边的骨板（李有恒，1974）。由于当时可参考的资料不多，故有“为大汶口一带当时有鳄类生活”与“作为一种交换品或礼品由外地带入大汶口的”两种推测。现根据较多的扬子鳄遗存分布情况，可以认为是当时大汶口一带有扬子鳄栖息。
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