三峡工程是全球发电量最大的水利枢纽工程，其大坝蓄水后沿江而上所形成的三峡水库是典型的河道型水库，自1997年开始蓄水后其水位逐步上升。1997年11月大坝合龙后，水位蓄水至75 m，库区内一切景观未受影响；2003年6月二期工程后，水位提高到135 m；2006年水位进一步提高到156 m；2009年三峡工程竣工，2010年开始试验性175 m蓄水，至此形成总面积1 084 km2，总库容达393亿m3的三峡水库。库区范围自三峡大坝至上游重庆市江津区共长668 km，重庆市主城区长江、嘉陵江等水体均处于大坝回水区内。
三峡大坝175 m试验性蓄水后，为了兼顾蓄水、防洪及发电等功能性需求，在每年的枯水季（10月—次年2月），大坝将蓄水至175 m，从而保证发电的需求；而在每年的3月至5月，为了应对即将到来的丰水期，水位将降至145 m。在库区145 m低水位运行时，重庆主城区长江及嘉陵江等河流均处于自然流态；而在175 m高水位运行时，主城区河段均由自然流态变为典型的类湖泊流态[1]。在175 m蓄水期间，由于水位较高、流量较小，因此流速十分缓慢，水体中营养盐的滞留时间大为增加；在水文特征大幅变化的背景下，水体的纳污及自净能力也出现了较大变化[56]。(www.xing528.com)
三峡库区水体由于营养盐含量本身较高，同时流速的变缓使得营养盐进一步富集，为藻类的生长提供了适宜环境[6]。当前，三峡库区内次级河流的水环境问题较为严重，许多河流交汇回水区和库弯区曾出现甲藻、隐藻、衣藻等藻华现象[57]。近年来的监测结果表明，三峡库区重庆市境内的70多条次级河流中，约有30%以上的水环境质量未能达到地表水环境质量标准。其中总氮、总磷超标的河流主要有：濑溪河、龙宝河、梅溪河、梁滩河、苎溪河、小安溪河、五桥河、龙溪河等，在这类水体中由于营养盐较为充足，能够满足藻类大量生长的需求，因此富营养化发生的趋势有所增加[5]。库区内的次级河流藻华在三峡大坝蓄水前较少出现，然而从2003年5月一期蓄水后，藻华现象开始逐渐增多。2004年2月在长江秭归江段坝前发生甲藻“藻华”，藻类峰值密度达到2.73×106个/L；2004年7、8月和2005年4月香溪河下游以及河口区也分别发生严重的隐藻和硅藻藻华[58]。枯水期由于流量较小，为了满足发电的需求，在此期间库区将会逐步蓄水至175 m，受回水的影响，许多水体的流速变得更加缓慢，进一步导致库湾和部分支流污染物扩散较慢，N、P等营养盐含量迅速升高，泥沙沉降，水体悬浮物含量降低，水体各层得到了充足的光照[59]。另一方面，由于硅藻等喜低温的特性，使得香溪河及高岚河库湾在早春多次爆发小环藻和拟多甲藻藻华[60]。2006年9月二期蓄水后，最高蓄水水位提升至156 m，由于水位升高，库区进一步向上游扩展，长江干流库尾已达重庆市区郭家沱附近。随着水位的进一步提高，库区各级支流河口水文条件复杂化，云阳小江、大宁河以及嘉陵江等支流也陆续出现了藻华现象，冬春季一般为硅藻藻华，而夏秋季以隐藻、绿藻、蓝藻藻华居多[61]。随着水体水文条件的变化和富营养情况的加剧，在2008年大宁河甚至爆发了冬季蓝藻藻华，打破了蓝藻藻华多在水温较高的夏秋季发生的一般规律，充分预示着在复杂水文水利条件下，三峡库区水体藻华爆发的不确定性，以及各级支流从富营养化程度较低的硅-绿藻型向富营养化程度较高的硅-蓝藻型水体转变的趋势[62]。
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