十六国、北朝时期，尤其在十六国这一百多年中，北方经常处于战乱，人民流离失所，典籍损失严重，据《魏书·儒林传》记载：“自晋永嘉之后，运钟丧乱，宇内分崩，群凶肆祸，生民不见俎豆之容，黔首惟睹戎马之迹，礼乐文章，扫地将尽。”[27]在这种社会条件下，官府藏书不可能有较大发展，不过，一些少数族统治者也做了一些恢复文化、收集典籍的工作。如后赵统治者石虎，曾派国子博士到洛阳抄写石经，藏于秘阁。前秦苻坚统一北方后，广修学宫，招纳学生，在宫中置博士授经。他亲到太学，“问博士经典，乃悯礼乐遗阙。时博士卢壶对曰：'废学既久，书传零落，比年缀撰，正经粗集，惟《周官礼注》未有其师’”[28]。可见苻坚也曾使人编抄过经书。苻坚是十六国时期接受汉文化较多的少数族统治者，他比较注意文化事业，可是其博士王寔仍然说：“自刘、石扰覆华畿，二都鞠为茂草，儒生罕有或存，坟籍灭而莫纪，经沦学废，奄若秦皇。”[29]后来，刘裕进攻后秦，攻下长安，仅收集到四千卷图书。可见十六国以来，北方图书损失之严重。
前凉统治者重视图书的搜集，故宫中多有藏书。史载张寔曾“遣督护王该送诸郡贡计，献名马方珍、经史图籍于京师”[30]。
北凉统治者沮渠蒙逊也收集过图书。元嘉三年（426），他派世子兴国去刘宋索书，宋文帝给了《周易》及子集诸书四百七十五卷。沮柒蒙逊还向宋司徒王弘求《搜神记》，王弘抄了一部给他。[31]另从《魏书》卷五二《阚驱传》所载骃“典校经籍，刊定诸子三千余卷”来看，其中央机构的藏书自然不在少数。另，北凉曾向刘宋朝廷进献凉州书；事载《宋书·氐胡传·沮渠蒙逊传》。
进入北朝后，北魏统一北方近百年。北魏统治者的文化程度较高，受汉文化的影响也较深，在他们向中原发展势力的过程中，不断搜集图书。皇始二年（397）十月，道武帝拓跋珪败后燕慕容德部，“获其所传皇帝玺绶、图书、府库、珍宝，簿列数万”[32]。北魏迁都平城（今山西大同东北）后，道武帝问博士李先：“天下何出最善，可以益人神智？”李先说：“惟有经书，三皇五帝治化之典，可以补王者神智。”道武帝又问：“天下书籍，凡有几何？朕欲集之，如何可备？”李先答道：“伏羲创制，帝王相承，以至于今，世传国记，天文秘纬不可计数。陛下诚欲集之，严制天下诸州郡县搜索备送，主之所好，集亦不难。”道武帝于是再次搜求图书，班制天下，经籍稍集“[33]。文成帝太安（455〜459）年间，秘书郎高谧认为当今“坟典残缺，奏请广访群书，大加缮写”[34]，文成帝采纳了他的意见。北魏孝文帝迁都洛阳后，他在实行汉化政策的同时，也注意了官府藏书的发展。太和十九年（495），孝文帝颁诏：“求天下遗书，秘阁所无、有裨益时用者加以优赏。”[35]此外，魏宣武帝于永平三年（510）亦“诏重求遗书于天下”[36]。北魏长时间的统一与安定，为文化事业的恢复和发展提供了客观条件，加上统治者对图书不断地搜求，国家藏书数址日益增加。(www.xing528.com)
北魏末年，爆发了各族人民大起义，北魏王朝分裂为东魏和西魏。西魏政权曾搜集过图书，据《周书·寇雋传》载：大统五年（539），“时军国草创，坟典散逸，俊始选置令史，抄集经籍，四部群书，稍得周备”。后来，北齐和北周分别取代了东、西魏。在这几十年的动乱中，北朝官府藏书，损失较大。北齐建立后，在东魏官藏基础上，继续求书，使官藏有所增加，“后齐迁邺，颇更搜聚，迄于天统，武平，校写不辍”[37]。北齐官府藏书大约三万卷，剔去重杂，有价值的只有五千卷。
577年，北周灭北齐，北方再次出现统一局面。北周宫廷藏书很少，到保定元年（561）才有八千余卷，后有所增加，也不过一万卷。灭北齐后，总共一万五千余卷，比南朝官藏少得多。
北朝的藏书处所，北魏有秘阁、东观；北齐有仁寿殿、文林殿、麟趾殿；北周有虎门殿、麟趾殿等。其官府藏书机构与南朝相仿，北魏由秘书省管理，秘书省有秘书监、秘书丞、秘书郎及校书郎等职；北齐时，将秘书郎改为秘书郎中，并增设了秘书校书郎、秘书正字等职；北周由秘书监兼领著作监，监下设秘书校书郎。
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